Протоигумена монастыря Климента Сарницкого заподозрили в злонамеренном уничтожении плиты. Однако протоигумен отверг обвинения, собрал очевидцев и в их присутствии составил протокол о том, что плита рассыпалась сама собой.
Польский историк Станислав Пташицкий со слов Климента Сарницкого рассказывал: «Осенью производился ремонт всей церкви, сделана перестилка пола… Старые камни убирались, но не археологами, а простыми рабочими, под присмотром монастырской братии. Лом каменщика коснулся камня Федорова. Отец игумен свидетельствует, что песчаник, выветрившийся через 300 лет, не выдержал напора лома и рассыпался в кусочки. Не удалось их собрать в единое целое и, таким образом, единственный наглядный памятник волею непостижимой судьбы исчез с лица земли».
Однако и после этого встречались люди, утверждавшие, что видели плиту.
В 1901 году археолог Григорий Александрович Воробьев сообщил, что видел плиту по-прежнему в церкви Святого Онуфрия «недалеко от главного входа… под лавками», но не справа, как утверждали очевидцы до этого, а слева.
Во время Первой мировой войны в 1914 году после вступления во Львов русских войск журналист Арнольд Семенович Ходоровский (А. Ардов) опубликовал в журнале «Нива» рассказ о том, как преемник Климента Сарницкого игумен монастыря Мелетий Лончила, «не очень старый иеромонах», показал ему плиту в церковном дворе. «С левой стороны у старинной тяжелой двери монастырской часовни я действительно замечаю грязную, порядочно стертую плиту. Она вделана в стену. Вделана примитивно, без защиты или прикрытия. От этого плита все время подвергается действию влаги, размывающей вырубленную надпись. Прочесть надпись на плите сейчас уже невозможно. Если встать подальше, можно еще разобрать два-три слова».
Известие об этом всколыхнуло русскую культурную общественность, начался сбор средств для переноса плиты в Москву, но побывавший вскоре во Львове искусствовед и библиофил Василий Андреевич Верещагин сообщил, что «время этой плиты не пощадило».
Но в 1923 году на основе свидетельства Мелетия Лончилы луцкий епископ Иосиф составил акт, согласно которому надгробная плита действительно сохранилась и замурована около алтаря правой боковой часовни Онуфриевской церкви.
В 1924 году отмечали 350-летие начала книгопечатания на Украине. Научное товарищество имени Т. Г. Шевченко решило наконец выяснить обстоятельства, касающиеся плиты. Историк Иван Кревецкий встретился с Мелетием Лончилой. Тот подтвердил, что в 1887 году Климент Сарницкий показывал ему плиту длиной около метра, вделанную в пол церковного придела, и определенно заявил: «Вот плита первого русского Друкаря Ивана Федорова». Но затем в 1903 году архитектор Иван Левинский перестраивал церковь, при перестройке была поставлена новая стена, которая закрыла надгробие.
Кревецкий опубликовал в журнале «Старая Украина» чертеж с указанием местоположения плиты. Он утверждал, что в 1883 году была уничтожена лишь часть плиты, оставшаяся часть была вмурована в пол, а затем закрыта стеной.
В 1924 году во Львове была создана комиссия по розыску плиты, но розыски оказались неудачными.
Пропал и слепок, сделанный Уваровым. В послереволюционные годы архив Синодальной типографии и хранившиеся там раритеты были переданы в различные музеи, но слепка среди них не оказалось.
В 1970-х годах во Львове был изготовлен муляж плиты и установлен на территории монастыря.
В 1977 году в Онуфриевском монастыре был создан Музей Ивана Федорова. На здании надвратной церкви установили мемориальную доску работы скульптора Анатолия Галяна, во дворе — его же трехфигурную скульптурную композицию «Иван Федоров со своими помощниками».
В начале 1990-х годов здание монастыря было возвращено греко-католической церкви, музей выселен, мемориальная доска и скульптурная композиция демонтированы. Несколько лет экспонаты музея хранились в подвалах Львовской картинной галереи, а в 1997 году были перенесены в новое помещение (дворец Потоцких), где был открыт «Музей искусства старинной украинской книги».
Но в 1971 году, когда музей еще располагался в Онуфриевском монастыре, во время реставрационных работ под полом Онуфриевской церкви были обнаружены кости двух человек, одного — в возрасте 60–70 лет, другого — значительно моложе. Предположительно кости старика являются останками первопечатника. Судя по всему, первоначально эти кости были захоронены в гробу в земле, а в церковь перенесены значительно позже.
Львовский историк Игорь Зиновьевич Мыцко, работавший тогда в Музее Ивана Федорова и присутствовавший при обнаружении костей, пишет: «Все наблюдения дают возможность сделать следующие выводы: во время перестройки церкви Онуфрия, возможно в 1902–1903 гг. было выявлено захоронение. <…> Кости обоих покойников выбрали из захоронений, но часть из них осталась на месте или была выкинута вместе с землей. По каким-то соображениям монахи-василиане считали, что человек, костяк которого выявлен, имел право быть похороненным в помещении церкви. Найденные кости перенесли на новое место — между двумя кирпичными стенками, где ранее были двери в ризницу, и там сложили в определенном порядке, возможно, повторив положение костяка в захоронении. Вместе с костями старшего мужчины на новое место попало и некоторое количество костей из одновременно нарушенного захоронения молодого человека <…>. Вопрос о принадлежности найденного <…> костяка какому-то конкретному лицу остается открытым».