Князь Константин Острожский умер в 1608 году. Как он и опасался, его сын Януш начал насаждать в своих имениях церковную унию, и типография прекратила свое существование. Однако ее издания получили широкое распространение на обширных территориях и еще долгое время считались образцовыми, не раз переиздаваясь в Московском царстве, на Украине и в Белоруссии.
Типография во Львове в отличие от всех остальных была собственностью самого Ивана Федорова. Прямым наследником первопечатника являлся его сын — Иван Друкаревич. Имеется упоминание и о других детях Ивана Федорова, ко времени его смерти несовершеннолетних (поскольку львовский магистрат официально назначал им опекуна, можно предположить, что они были рождены в законном браке, то есть после отъезда из Москвы Иван Федоров женился вторично), но о них никаких дальнейших сведений нет.
Иван Друкаревич знал и любил книжное дело, но получить отцовское наследство он не смог. Дело в том, что ввиду постоянной нехватки денег Иван Федоров не раз закладывал и типографское оборудование, и часть выпущенных книг. К моменту смерти первопечатника значительная часть типографского имущества находилась в закладе у нескольких ростовщиков.
Типографию решило выкупить Львовское Успенское братство — национально-религиозная общественная организация, в которую входили львовские горожане православного вероисповедания. Вероятно, членом Успенского братства был и Иван Друкаревич. Деятельность братства была направлена на противостояние католической (а затем и униатской) пропаганде и защите православных от притеснений со стороны властей. Братчики основали во Львове православную школу, содержали больницу и хотели иметь собственную типографию. Братчиков поддержал львовский епископ Гедеон Балабан. Он обратился с посланием «ко всему православному христианству», призывая жертвовать деньги на выкуп типографии Ивана Федорова «со всеми належачими штуками».
Деньги были собраны, и типография стала собственностью братства.
Однако вскоре произошел конфликт между братством и Гедеоном Балабаном. Епископ притязал на принадлежавшие братству Онуфриевский и Уневский монастыри. Кроме того, он пытался руководить деятельностью братчиков, тогда как они считали себя подчиненными не епископу, а непосредственно митрополиту. Обе стороны апеллировали к польскому королю, конфликт был решен в пользу братства. Однако в ходе конфликта некоторые особенно активные члены братства пострадали от произвола епископа, в том числе и Иван Друкаревич. Балабан засадил сына первопечатника в яму и, как писали в своей жалобе братчики, «на смерть уморил». Произошло это в конце 1584-го или в начале 1585 года, то есть через год с небольшим после смерти Ивана Федорова.
Братская типография не только использовала типографское оборудование Ивана Федорова, но и опиралось на его опыт. Братство намеревалось издавать книги самого разного содержания, и прежде всего книги, необходимые для школьного обучения. «Купили друкарню той же школе потребную», — говорится в одном из документов. У церковных властей братство просило разрешения «друковати невозбранно священные книги церковные <…>, но и училищу потребные и нужные, сиречь грамматику, пиитику, риторику и философию». Вместе с типографией братство приобрело и книги, напечатанные Иваном Федоровым. К ним относились как к особой ценности. В 1625 году братство, продавая известному культурно-религиозному деятелю Петру Могиле «Апостол», особо оговорило, что эта книга «друку старого Ивана Москвитина».
Ученик Ивана Федорова Гринь после смерти учителя отошел от типографского дела. В одном документе есть упоминание о жившем во Львове художнике Грицко, который был призван к ответу за нарушенное обещание жениться, данное им поповской дочке Химке. Некоторые исследователи предполагают, что упомянутый Грицко и есть непутевый ученик первопечатника.
Типографские материалы Ивана Федорова использовались Львовской братской типографией, а затем и другими украинскими типографиями вплоть до первой четверти XIX века.
В настоящее время многие предприятия и учреждения, связанные с книгоизданием, носят имя Ивана Федорова. Именем первопечатника названа одна из старейших и лучших типографий в России (ныне Издательско-полиграфический холдинг «Иван Федоров») в Санкт-Петербурге, издательско-полиграфический техникум (ныне колледж) носит его же имя, в 2010 году в связи с 80-летием со дня основания имя Ивана Федорова получил Московский государственный университет печати (бывший Полиграфический институт) — крупнейший в стране вуз, готовящий специалистов в области полиграфии и издательского дела. И еще одно свидетельство уважения к памяти первопечатника: в 2009 году Русской православной старообрядческой церковью Иван Федоров был причислен к лику святых, как «Святой праведный диакон Иоанн, словенским книгам печатник». День его памяти 5 декабря по старому стилю.