Едва монарх достиг совершеннолетия, участились столкновения его с думой. Иван предпринимал энергичные попытки избавиться от боярской опеки в полном соответствии с завещанием отца.
Осенью 1545 г. государь велел урезать язык Афанасию Бутурлину «за его вину, за невежливые слова». Дума выразила неудовольствие. В ответ князь наложил опалу на бояр «за их неправду, на князя Ивана Кубенского и на князя Петра, на Шюйского, и на князя Александра Горбатого, и на Федора на Воронцова, и на князя на Дмитрея Палецкого».
В тот период Кубенский фактически возглавлял думу. Он был не только дворецким, но и близким родственником Ивана IV. Его мать была сестрой Василия III. Курбский так характеризовал боярина: «Муж зело разумный и тихий, в совершенных уже летех».
Фактически великий князь объявил опалу всему руководству Боярской думы. В конце концов конфликт был улажен благодаря вмешательству митрополита Макария. В декабре опала с бояр была снята.
В 1546 г. дума просила государя возглавить поход на южную границу Руси. Прибыв в Коломну, он расположился лагерем со «своим полком» под Голутвеным монастырем. На границу были вызваны новгородские пищальники (стрельцы). Истощив свои припасы и испытывая нужду в продовольствии, они решили просить помощь у государя. Толпа из пятидесяти пищальников подстерегла Ивана за стенами Коломны. Но князь не пожелал выслушать их челобитье, так как покинул лагерь, чтобы «на прохлад поездити потешитися». Челобитчики явились некстати, и царь велел свите прогнать их. Люди своенравные, новгородцы не подумали подчиниться приказу государя. Они оказали сопротивление придворным: начали «бити колпаки и грязью шибати». Дворяне пустили в ход сабли и стали стрелять из луков. Пищальники бросились бежать к посаду. Укрывшись за стенами, они открыли огонь из ружей. С обеих сторон было убито не менее десятка человек.
Достаточно было милостивого слова — простого обещания, чтобы спровадить жалобщиков с дороги. Но Иван еще не научился говорить с народом. В результате ему пришлось пробираться к своему стану в Коломне «иными местами», обходным путем.
На границе все было спокойно. Враг не появлялся, и государь предался потехам — «пашню пахал вешнюю и з бояры сеял гречиху и инны потехи, на ходулях ходил и в саван наряжался». Пока игры носили невинный характер, бояре скрепя сердце участвовали в них. В окрестных деревнях крестьяне приступили к пахоте, и государю с боярами нетрудно было заполучить лошадей и сошки. Если понимать летописную заметку буквально, на ходулях Иван ходил один. Старым боярам такая потеха была не к лицу. Что касается игрищ с саваном и покойником, они не могли вызвать у бояр ничего, кроме раздражения и гнева. Игра в похороны была, по существу, богохульным развлечением. Мнимого покойника обряжали в саван, укладывали в гроб и ставили посреди избы. Заупокойную молитву заменяла отборная брань. Под конец собранных на отпевание девок насильно заставляли целовать «покойника» в уста. Старые бояре не могли стерпеть такого бесчинства.
Уповая на родство, Кубенский пытался урезонить племянника. Тогда тот «с великие ярости» приказал схватить его вместе с боярами Федором Воронцовым и Иваном Воронцовым, сыном опекуна Михаила Воронцова. Всем им Иван велел отсечь головы «у своего стану перед своими шатры».
Вместе с Кубенским аресту подвергся боярин конюший Иван Петрович Федоров-Челяднин. Федоров спас голову ценой унижения. Все было готово для казни. Конюшего «в те же поры ободрана нага держали» перед шатром, но он «против государя встреч не говорил, а во всем ся виноват чинил».
Конюший был отправлен в ссылку. Но этим дело не ограничилось. Вскоре же Иван IV приказал убить двух своих сверстников, принадлежавших к знатнейшим фамилиям. В свое время фаворит Елены Глинской Иван Овчина жестоко расправился с опекуном Михаилом Львовичем Глинским. Месть обрушилась на голову его сына. Федора Овчинина предали мучительной казни — посадили на кол. Брата Овчинина, князя Ивана Дорогобужского, обезглавили на льду Москвы-реки.
Кровавая расправа со сверстниками не была следствием мальчишеской ссоры.
Современники засвидетельствовали, что их убили по повелению Михаила Глинского и матери его — княгини Анны. Глинские точно рассчитали удар. Они отняли у конюшего Федорова-Челяднина не только все его титулы, но и единственного наследника — пасынка князя Дорогобужского.
Прощение Федорова доказывало, что у великого князя не было никаких серьезных причин для расправы с боярским руководством. Дума не желала выпускать из своих рук бразды правления. Передача властных полномочий безответственному и жестокому подростку грозила большими бедами для государства.
Столкновение из-за мелких и случайных обстоятельств имело в действительности принципиальное значение.
Монарх не имел права казнить бояр без подлинного сыска и суда Боярской думы.
Иван грубо нарушил традицию. Много позже он попытался оправдать свои злодейства и пытался сослаться на «мятеж» новгородских пищальников. Выходило так, будто новгородцев подтолкнул к бунту Федор Воронцов, которого Иван приблизил после убийства Андрея Шуйского. Казнь Воронцова монарх объяснял его неблагодарностью: