Во главе «дворовой» Думы стояли выдающиеся по своему положению представители знати: потомок Гедимина, один из последних служилых князей юго-восточной Руси Федор Михайлович Трубецкой и представитель наиболее знатного рода потомков Рюрика, суздальских князей, князь Иван Петрович Шуйский. Вместе с ними в состав особого двора Ивана IV вошел и ряд их родственников. Это были те представители знати, которые уже в годы опричнины дали царю доказательства своей преданности. Федор Михайлович Трубецкой в 1570 году был принят в опричный двор, а Шуйские в начале 70-х годов сумели породниться с опричной верхушкой: князь Дмитрий Иванович Шуйский женился на дочери самого Малюты Скуратова Екатерине. Хотя Трубецкие благополучно сохранили за собой свое родовое княжество с центром в городе Трубчевске, а Шуйские сумели получить от царя не только свои родовые вотчины, но и часть владений своего казненного сородича, князя Александра Борисовича Горбатого, они, по существу, принадлежали уже к новому типу знати — знати «служилой», которая своей карьерой была обязана царским милостям и ради их сохранения готова была оставаться послушным орудием в руках своего государя.
Этим довольно узким кругом лиц присутствие знати в составе особого двора Ивана IV и ограничивалось. Представители всех других наиболее знатных княжеских и старомосковских боярских родов остались в земщине.
Главную роль в управлении и особым «государством» царя, и страной в целом играли в последнее десятилетие правления царя думные дворяне, которые все вошли в состав его особой дворовой Думы. Думные дворяне, по существу, составляли ее основную часть: в 1575 — 1577 годах в состав этой Думы входило двое бояр, четверо окольничих и восемь думных дворян. Думные дворяне не только сопровождали царя в походах как воеводы царского полка и командовали стражей, обеспечивавшей безопасность правителя, но и выполняли важные поручения царя, связанные с ведением военных действий, участвовали в важных переговорах с иностранными послами. Когда с конца 70-х годов обстановка на военных фронтах стала меняться для России в худшую сторону, царь постоянно посылал думных дворян для наблюдения за воеводами, в способности или желании которых выполнять его приказы у царя были сомнения.
Наиболее видной фигурой среди думных дворян был Богдан Яковлевич Бельский. Итальянский иезуит Антонио Поссевино, побывавший в России в начале 80-х годов XVI века, записал, что Богдан в течение 13 лет жил в спальне у царя. Попасть сразу в число наиболее доверенных, близких слуг царя молодому сыну боярскому, несомненно, помогли родственные связи — он был племянником Малюты Скуратова. В начале 70-х годов Богдан был рындой — входил в число молодых юношей, которые на торжественных приемах стояли с топориками перед царским троном. По традиции рындами начинали службу при дворе молодые аристократы из самых знатных фамилий. Поэтому назначение рындой молодого родственника Малюты было для него знаком особой царской милости. О том, что молодой сын боярский уже в это время занимал видное место в окружении царя, свидетельствует такая важная деталь: в 1571 году на свадьбе царя с Марфой Собакиной, где его дядя Малюта был «дружкой» невесты, Богдан мылся в «мыльне» вместе с самим Иваном IV. В последующие годы карьера его развивалась стремительно: к 1573 году он стал стольником, в 1576 году вошел в число думных дворян, в 1578 году получил важный придворный чин оружничего. Большего для такого худородного человека, как Богдан Бельский, царь сделать не мог.
Об особом доверии Ивана Васильевича к Бельскому говорит тот факт, что под надзором Богдана Яковлевича готовились лекарства для больного монарха. У современников не было сомнений в особом, исключительном расположении царя к Бельскому. Англичанин Горсей называл Богдана Яковлевича «главным любимцем прежнего царя», а младший современник, дьяк Иван Тимофеев, писал, что «сердце царево всегда о нем несытне горяше». Царь осыпал своего любимца щедрыми пожалованиями. Худородный сын боярский из Белой превратился в могущественного магната, владельца не только поместий, но и вотчин во многих уездах страны. Даже его слуги давали в монастыри такие богатые вклады, измерявшиеся десятками рублей, которые обычно могли себе позволить лишь члены «добрых» боярских родов.
Богдан Бельский был не просто любимцем царя, взысканным его милостями человеком, которому Иван IV глубоко доверял. Он был советником царя, с мнением которого тот считался при решении государственных дел. Из подробных записей «Разрядных книг» о походе Ивана IV в Ливонию в 1577 году видно, что, когда во время похода, в целом протекавшего успешно, возникали затруднения, царь для их устранения неоднократно обращался именно к Богдану Яковлевичу. С конца 70-х годов Бельский стал принимать участие в переговорах с иностранными послами. С этого времени ни одни важные дипломатические переговоры не обходились без его участия, и есть все основания считать Богдана Бельского одним из главных руководителей русской внешней политики России конца 70-х — начала 80-х годов XVI века.
Другим ближайшим советником царя в эти годы стал Афанасий Федорович Нагой. Его жизненный путь до возвышения по милости царя существенно отличался от жизненного пути Богдана Бельского. В отличие от худородного Бельского, Афанасий Нагой происходил из «доброго» рода тверских бояр, которые после присоединения Твери в 1485 году стали служить великим князьям Московским. При обычной системе продвижения, принятой при формировании русской правящей элиты в первой половине — середине XVI века, у него были все основания рассчитывать на получение видного, но не первостепенного места, подобно своему отцу, увенчавшему карьеру получением чина окольничего в 1547 году. Уже в конце 50-х годов Афанасий получил важное поручение — провести податные описания земель в Ливонии, занятых русскими войсками.
Блестящая карьера Афанасия Нагого началась в 1563 году, когда он был отправлен с дипломатической миссией в Крым. Нагой должен был возобновить в Крыму связи, прерванные во второй половине 50-х годов по инициативе русской стороны. Миссия носила предварительный характер — Нагой подготавливал почву для приезда в Крым «великих послов» с «поминками», которые должны были заключить мирный договор между Россией и Крымом. В обстановке, когда Ливонская война постепенно превращалась в большой международный конфликт и вопрос о том, как удержать Крымское ханство от присоединения к противникам России, приобрел особое значение, подобное поручение могло быть дано лишь человеку, о дипломатических способностях которого дьяки Посольского приказа имели достаточно высокое мнение.
Добиться договоренности между государствами не удалось, приезд больших послов для заключения договора откладывался, в результате Нагой задержался в Крыму на долгие десять лет. Эти годы стали временем острого кризиса в русско-крымских отношениях, когда дело дошло до большой войны и крымская орда спалила Москву. Положение русского посланника в Крыму стало в этих условиях очень трудным. За время своей миссии Нагому вместе со всеми посольскими людьми неоднократно приходилось находиться в заточении в «жидовском городе» Кырк-ере (ныне Чуфут-кале) под стражей верных хану караимов. Добиться установления мира Нагому не удалось, но эта задача едва ли была посильной для любого другого русского дипломата того времени. Немалым успехом, однако, было то, что, несмотря на строгие условия содержания, Нагому постоянно удавалось собирать и пересылать в Москву обширную информацию о планах хана и крымской знати, направленных против Русского государства, об их сношениях со Стамбулом, Ногайской ордой, недовольными русской властью народами Поволжья. Эта деятельность получила в Москве высокую оценку: по приказу царя в 1571 году Афанасию Федоровичу и его товарищу по посольскому делу Федору Андреевичу Писемскому было послано «жалование из опричнины». Хан, имевший определенные представления об этой невыгодной для него стороне деятельности русского посланника, неоднократно угрожал «выбить» его из Крыма и летом 1573 года привел угрозу в исполнение.
Деятельность Афанасия Нагого протекала вдали от двора, а родственники не могли оказать ему какой-либо протекции, они не были приняты в опричнину, да и в земщине находились явно на второстепенных ролях. Они стали получать более видные должности лишь после приближения Афанасия Федоровича к царю. Его возвышение, очевидно, следует связывать с теми дипломатическими способностями, которые он обнаружил во время своей долгой крымской миссии. Вскоре после возвращения Нагого из Крыма польский трон снова стал вакантным, и царю потребовалось иметь в кругу близких советников опытного дипломата, каким, несомненно, стал Афанасий Федорович после десятилетнего пребывания в Крыму. В особом дворе царя Нагой занял одно из самых высоких мест. В походе дворового войска на Калугу в 1576 году он занимал пост второго дворового воеводы, а первым был сам глава дворовой Думы князь Федор Михайлович Трубецкой. О доверии царя к Нагому красноречиво говорит тот факт, что когда князь Федор Михайлович Трубецкой и некоторые его родственники какими-то поступками вызвали недовольство царя и от них потребовали присягу на верность у гробницы митрополита Петра, то именно Афанасий Нагой был прислан из Александровой слободы, чтобы привести князей к присяге. О близких связях между царем и его советником свидетельствует и заключенный в 1580 году последний брак царя Ивана с племянницей Афанасия Нагого Марией.