В столице произошли уличные беспорядки. Чернь разграбила дворы Глинских, перебила их вооруженных слуг «бесчисленно», а заодно уездных детей боярских из Северской Украины, ошибочно приняв их за людей правителя. Царю пришлось «утещи» со всем двором в подмосковное село Воробьеве. Но село оказалось для царской семьи ненадежным убежищем. На третий день мятежа московский палач созвал на площадь огромную толпу. Погорельцы громко кричали, что Москву «попали колдовством», что виною всему бабка царя «Волхова» Анна: она вынимала из людей сердца, мочила их в воде и той водой, летая сорокой, кропила город. Разъяренная толпа «скопом» двинулась в Воробьево, чтобы разделаться с ненавистными временщиками. Появление толпы повергло царя в ужас. По словам Ивана, его жизни грозила опасность, «изменники наустили народ и нас убити». Боярам с трудом удалось успокоить чернь и убедить людей, что Глинских в Воробьеве нет. Вооруженная толпа беспрепятственно вернулась в столицу.
В бунте участвовали как низы – «черные люди», так и дети боярские и московские – «лучшие люди», как называли богатых горожан. В конце концов, волнение улеглось, и власти овладели положением в столице. Московские события показали царю Ивану поразительное несоответствие между его представлениями о своих возможностях и подлинным положением дел. С одной стороны, царю внушали, что его власть самодержавна и идет от Бога. С другой стороны, первые же шаги самостоятельного правления поставили его лицом к лицу с бунтующим народом, поднявшим руку на царскую семью. Не раз безнаказанно посягавший на чужую жизнь, Иван впервые должен был всерьез задуматься о собственном спасении и спасении близких людей.
Мятеж в Москве привел к отстранению Глинских от власти. На свадьбе Ивана IV в феврале 1547 года Глинские играли самую видную роль. На свадьбу брата царя Юрия 3 ноября они не были приглашены. На третий день после свадьбы Юрия князья Михаил Глинский и Иван Пронский побежали в Литву. Прошло четыре месяца со времени убийства Юрия Глинского. За это время конюший Михаил Глинский должен был убедиться, что править государством без поддержки Боярской думы невозможно. Царю Ивану недоставало власти, чтобы заступиться за Глинских.
Дума своевременно узнала о побеге двух видных бояр. Вдогонку был немедленно отправлен боярин князь Петр Шуйский, недруг Глинских. В последующей истории много неясного. Беглецы направились к литовскому рубежу из своих ржевских вотчин. До Литвы было рукой подать, но они все же не пересекли границу. Шуйский с дворянами догнал их в великих тесных и непроходимых местах. Вместо того чтобы продолжать путь, бояре отправились в Москву, намереваясь первыми явиться к царю с повинной. Их оправдания сводились к тому, что они поехали молиться к Пречистой на Оковец, но съехали в сторону (границы), не зная дороги. Михаилу Глинскому не удалось пробраться во дворец. Он был перехвачен Шуйским на пути к Кремлю и арестован.
Дума произвела розыск и признала дядю царя виновным. Отъезд за рубеж считался тяжким государственным преступлением. Но благодаря ходатайству митрополита и заступничеству Ивана опальные избежали тюрьмы. Однако дума отняла у Михаила Глинского титул конюшего.
Правительство Глинских пало, и с его падением закончилась целая полоса политического развития Русского государства, известная под названием «боярское правление». Правители могли бы справиться с кризисом, если бы располагали прочной поддержкой находившихся в столице дворян и посадских верхов. Восстание обнаружило непрочность их власти в обстановке недовольства, охватившего не только низы, но и верхи. Властям пришлось задуматься над тем, как покончить с дворянским оскудением. Уступки дворянству оказались неизбежны. Обнажившийся социальный антагонизм ошеломил власть имущих, на время ослабил боярские распри и во многом определил характер последующих реформ.
В формировании мировоззрения Ивана, как полагают, большую роль сыграл митрополит Макарий, «по чину» занявший место наставника царя. Высокообразованный человек, но посредственный писатель, Макарий обладал качеством, которое помогло ему пережить все боярские правительства и в течение 20 лет пользоваться милостями Ивана. Он старался сообразовать свои действия с запросами светской власти и выступал глашатаем «самодержавия». Глава церкви венчал «на царство» Ивана и придал новый блеск сильно потускневшей в годы боярского правления идее «богоизбранности» русских самодержцев. Глава церкви внес большой вклад в разработку идеологии самодержавия, которая была прежде уделом книжников, а затем получила практическое осуществление в деяниях Грозного.