По сведениям поздней любекской хроники, русские власти поначалу осыпали печатника милостями, но позднее отобрали все имущество, а самого утопили в реке. Известие о казни Готана не поддается проверке.
Споры об иконах
В письме епископу Нифонту в 1488 г. Геннадий изложил все известные ему случаи кощунственного обращения новгородцев с иконами и крестами и сделал вывод, что виноваты во всем еретики: «Еретикам ослаба пришла, уже ныне наругаютца христианству — выжут кресты на вороны и вороны; многие видели: ворон, деи, летает, а крест на нем вязан деревян, а ворона, деи, летает, а медян». В деревне на р. Ояти священник и дьякон дали христианину «крест-тельник древо плакун» с вырезанным на нем непристойным изображением. Крестьянин, надевший крест, заболел и умер. Этот случай богохульства Геннадий также постарался связать с ересью.
Помощником священника, осквернившего крест, был некий дьякон, о котором владыка сообщал: «…а сказываетьца племянник Гриди Клочу еретику». В заключение архиепископ обличил подьячего Алексея.
Этот последний, живя у себя в новгородском поместье, «напився пиян, влез в чясовну, да, сняв с лавицы икону — Успение Пречистые», осквернил ее, «а иные иконы вверх ногами переворачивал». По утверждению Геннадия, общее число поруганных и испорченных «безъименно» (неизвестно кем), но явно по наущению еретиков икон нельзя было и сосчитать: «…а что пакы безъименних, ино и числа нет, кое резаны, а не весть». Подобного рода факты должны были подкрепить утверждения владыки насчет широкого распространения в Новгороде «жидовства», повинного в иконоборчестве.
С нескрываемым подозрением Геннадий относился к некоторым иконам местного письма, почитаемым новгородцами. Гнев пастыря вызвала икона из церкви Спаса на Ильине: «Стоит Василий Кисарийский, да у Спаса руку да ногу отрезал, а на подписи написано: Обрезание Господа нашего Иисуса Христа».
Неизвестно, какое отношение имела эта икона к еретикам. Но владыке надо было доказать вину крамольного Новгорода в целом. Среди новгородских священников нашелся ренегат — поп Наум, донос которого Геннадий поспешил отослать в Москву. Наум оговорил четырех еретиков. Его обвинения против Гриди, дьяка Борисоглебской церкви, были столь шатки, что в Москве их признали неосновательными: «Гридя-диак не дошел ещо, по правилом, градские казни, потому что на него один свидетель, поп Наум». О себе Наум показал, что он из «жидовства» «в христианство опять… захотел», а в доказательство полного раскаяния представил в Софийский дом «тетрати», по которым еретики «молились по-жидовскы» с псалмами «на их обычай». Отослав «тетрати» вместе с доносом Наума в Москву, Геннадий пояснил в своих письмах, что новгородцы-еретики «недостойно служат литургию». Как видно, и в этом последнем случае осуждение московского святителя вызвали какие-то особые черты новгородского богослужения и обрядности.
После разбирательства в Москве трех беглых священников наказали палками и вернули в Новгород, где их повторно «били по торгу кнутьем». Архиепископ не хотел, чтобы дело заглохло, и с удвоенной энергией продолжал розыск. В ход были пущены пытки. Сын попа Григория Самсонка не выдержал допросов и оговорил многих людей.
Полученные таким способом показания вызвали сомнения у членов московского собора, и Геннадию пришлось оправдываться ссылкой на участие в розыске слуг великого князя. «А яз ли того Самсонка мучил? — писал владыка. — Ведь пытал его сын боярский великого князя, а мой только был сторож». Показания Самсонки носили сенсационный характер. Поповский сын утверждал, будто в ереси повинны московский дьяк Федор Курицын, доверенное лицо Ивана III, видные придворные священники протопоп Алексей и поп Денис и другие лица.
Иван III претендовал на роль высшего судьи и в светских, и в церковных делах. Обвинение в ереси лиц из его окружения было для него неприятным сюрпризом.
Конечно, никто не посмел назвать еретиком великого князя. Но и покровительство еретикам считалось тяжким грехом.
Новгородские наместники Захарьины деятельно помогали Геннадию в борьбе с его недругами-новгородцами, объявленными еретиками. Они лично участвовали в пытках заподозренных новгородцев, снимали допросы. Невзирая на помощь наместников, розыск в Новгороде протекал негладко. Новгородцы искали защиты у великого князя. Явившись в столицу, они били челом Ивану III «на Геннадиа архиепископа о том, что, рекши, он… (их) имал, и ковал, и мучил изо имениа, да грабил животы» их. Может быть, корысть и сыграла свою роль в преследовании еретиков. Но важнее было другое. Прежде владыка не мог управлять вольным городом, не уважая местных святынь и не пользуясь авторитетом у духовенства и населения. Теперь, когда Новгород утратил свою политическую вольность, затеянные гонения помогли ему покончить с вольнодумством паствы и привести Новгород в одну веру с Москвой.