Геннадий предъявил новгородским священникам-еретикам совершенно такие же обвинения (в двурушничестве и тайном «жидовстве»), какие в те же самые годы испанские инквизиторы предъявляли крещеным евреям в Испании. Фактически владыка склонился к тому, чтобы использовать опыт католической инквизиции и таким путем покончить с очагами вольнодумства на Руси. В письме 1490 г. он не только сформулировал главное обвинение в духе испанской инквизиции, но и наметил формы судопроизводства, которые позволяли достичь цели. Геннадий Гонзов дал епископам дельный совет: «Да еще люди у нас простые, не умеют по обычным книгам говорите: таки бы о вере никаких речей с ними не плодили; токмо того для учинити собор, что их (еретиков. — Р.С.) казнити — жечи да вешати». Владыка предлагал избегать богословских прений на соборе. Еретиков надо было лишить возможности отстаивать свои взгляды и сразу послать на казнь.
Однако осуществить намеченный сценарий суда не удалось.
Митрополит Геронтий умер в Москве 28 мая 1489 г. Старшим иерархом церкви в течение года и четырех месяцев оставался архиепископ Геннадий Гонзов. Он пытался использовать ситуацию, чтобы ускорить расправу с еретиками. В письме к собору Геннадий настаивал на том, чтобы члены собора «владыки (митрополита. — Р.С.) бы есте не спешили ставить доколе ереси не искорените».
Если бы планы всеобщего искоренения ереси увенчались успехом, Геннадий и его единомышленники получили бы шанс окончательно забрать руководство церкви в свои руки. Но обстоятельства не благоприятствовали архиепископу.
После смерти Геронтия московские власти прислали Геннадию вместо вызова на собор одну за другой две грамоты: одну — об избрании митрополита, другую — о поставлении коломенского епископа. Геннадий писал в ответ: «Прислал князь великий ко мне грамоту, а митрополит — другую о поставлении коломенского владыки, а безыменно кого, а велят ми отпись дати безыменно же, какову Геронтию митрополиту взяли у мене». Цель посылки в Новгород «безымянных» грамот была предельно ясна.
Старшему после митрополита иерарху церкви пришлось без обсуждения согласиться на избрание лица, не названного в царской грамоте по имени. В грамоте к новому митрополиту Геннадий писал, что «хотел того велми, чтобы мне быти на твоем поставлении», но государь ему «к Москве ехати не велел за своими делы…». Геннадию запретили ехать на собор и фактически отстранили от участия в выборах главы церкви.
26 сентября 1490 г. Иван III и собор поставили на митрополию симоновского архимандрита Зосиму Брадатого, принадлежавшего к числу недругов Геннадия. Зосима начал с крайне недружественного жеста в отношении Геннадия. Он потребовал от него «исповедания», что обидело последнего.
Разгром думы
В январе 1499 г. самодержец объявил об опале на князя И. Ю. Патрикеева, двух его сыновей, Василия и Ивана, и зятя С. Ряполовского. Бояре осуждены были на смерть. Перед нами не набор случайных имен, а правящий круг, осуществлявший управление государством на протяжении многих лет.
Двоюродный брат государя князь И. Ю. Патрикеев носил боярский чин в течение 40 лет, из которых 27 занимал пост наместника московского (этот пост он унаследовал от отца). Патрикеев возглавлял думу и принадлежал к ближайшему окружению государя. Когда строители приступили к починке старого великокняжеского дворца в Кремле, Иван III переселился на подворье к Патрикееву. К кругу высших руководителей государства принадлежал зять Патрикеева князь С. Ряполовский, за особые заслуги получивший титул «слуги и боярина». Ряполовские спасли детей Василия Темного в годы смуты.
Благодаря «молениям» митрополита Патрикеевй избежали смерти. Их постригли «в железах» (в кандалах) и разослали по монастырям в заточение. «Слуга» Ряполовский был обезглавлен палачом на льду Москва-реки на пятый день после ареста. Вскоре же казнен был боярин князь Василий Ромодановский из рода Стародубских князей.
Историки потратили много времени и остроумия на то, чтобы объяснить, что произошло в Москве. Одни связывают казни с династической борьбой, другие — с неудачами во внешней политике. Патрикеевы и Ряполовский были сторонниками замирения с Литвой. Они не смогли добиться от литовцев признания за Иваном III титула государя «всея Руси».