Рядом с чином «боярин» появился низший думный чин «окольничий». Княжеская знать имела право сразу получить боярство, старомосковская нетитулованная знать обычно начинала службу в чине окольничих.
Вместе с Боярской думой в России народились первые общегосударственные учреждения — Казна и Дворец. Казна служила хранилищем для сокровищ и денег, а также княжеского архива. Казначей хранил государственную печать, иначе говоря, возглавлял княжескую канцелярию. Он возглавлял финансы страны и входил в состав думы. Дворецкие управляли дворцовыми (личными) владениями великокняжеской семьи. Их важнейшая функция заключалась в том, чтобы снабжать княжескую семью продовольствием и денежными средствами.
Великий князь Иван III все дела решал с думой. При этом знатные бояре отнюдь не были послушными и безгласными исполнителями его воли. Смута второй четверти XV в. упрочила власть Боярской думы. Василий II Темный не раз возвращался на московский трон, пользуясь поддержкой думы. После смуты старшие бояре нашли сторонника в лице коронованного великого князя Дмитрия-внука.
При обсуждении дел члены думы и придворные не стеснялись возражать государю. Дворянин И. Берсень-Беклемишев, сделавший неплохую придворную карьеру, вспоминал на склоне лет, что Иван III любил и приближал к себе тех, кто возражал ему: «против собя стречю любил и тех жаловал, которые против его говаривали». Как писал Андрей Курбский, Иван III был «любосоветен» и ничего не начинал без длительных и «глубочайших» советов с боярами — «мудрыми и мужественными сигклиты». В действительности взаимоотношения монарха с могущественной знатью не были идиллическими. Первый серьезный конфликт имел место осенью 1484 г., когда Иван III «поймал» бояр Василия и Ивана Тучко-Морозовых. Вотчины опальных были отобраны в казну и возвращены лишь через три года. Конфликт с Морозовыми стал значительным событием в истории двора. Иван IV помнил о раздоре, унизившем его деда, и всю вину за произошедшее возлагал на бояр. Братья Тучко, писал царь в одном из своих писем, «многая поносная и укоризненная словеса деду нашему великому государю износили». Случай с Морозовыми доказывал, что государь до поры до времени терпел возражения бояр, но при подходящей возможности жестоко расправлялся со строптивыми советниками.
В дни похода на Новгород В. Б. Тучко вместе с И. Ю. Патрикеевым продиктовал новгородцам условия капитуляции. Во время «стояния на Угре» Иван III послал боярина В. Б. Тучко к мятежным братьям для примирения с ними, а затем поручил ему сопровождать жену с детьми на Белоозеро. В случае гибели государя Тучко должен был обеспечить безопасность вдовы.
Конфликт в верхах разрастался, и современники склонны были приписать беду пагубному влиянию на великого князя «греков».
Московское боярство постоянно пополнялось знатными выходцами из соседних государств: царевичами из Орды, членами литовской великокняжеской династии и пр. Как правило, они получали щедрые земельные пожалования от московских государей. Члены византийской императорской семьи появились на Руси впервые. По своей знатности они далеко превосходили прочих пришельцев из-за рубежа. Тем не менее им пришлось познать немало унижений, когда они пытались укорениться в Москве.
В Италии у Софьи оставались брат Андрей и племянница Мария Палеолог. Великая княгиня выписала Марию в Москву и выдала ее замуж за Василия, сына белозерского князя Михаила Верейского. Согласно византийским обычаям, византийские императрицы держали личную канцелярию, могли распоряжаться своими драгоценностями и пр. Выдавая племянницу замуж, Софья передала ей в приданое свое украшение — «саженье» с каменьями и жемчугом. Как повествуют московские официальные летописи, Иван III вздумал одарить «саженьем» Елену Волошанку по случаю рождения внука. До Софьи «саженье» носила первая жена государя Мария Тверская, и украшение должно было остаться в собственности старшей тверской ветви династии. Не найдя «саженья» в кремлевской казне, Иван III якобы пришел в страшный гнев и велел провести дознание. После розыска московские власти арестовали итальянского финансиста, объявленного пособником Софьи, а заодно взяли под стражу двух ювелиров, по-видимому, переделавших «саженье» для Марии Палеолог. Семье Василия и Марии Верейских грозила опала, и они поспешно бежали за рубеж, в Литву. История с «саженьем» поражает своей несообразностью. Женское украшение не имело значения княжеской регалии и не принадлежало к числу самых ценных вещей великокняжеской сокровищницы. «Саженье» было не более чем поводом к фактическому изгнанию из страны Василия Верейского и Марии Палеолог.