В споре с еретиками и вольнодумцами Геннадий неизменно отстаивал мысль о надвигающемся конце света. Еретики же считали, что народ обратится к ним, когда увидит их правоту. Жизнь подтвердила их прогнозы. Семитысячный год прошел, а мир существовал, как и прежде. Геннадий тем не менее избежал посрамления в споре с новгородцами. Еретиков постигла суровая кара. Тот, кто уцелел, томился в тюрьмах. Впрочем, ожидания Страшного суда не прошли бесследно. Описывая смятение умов в те годы, Иосиф Санин сетовал на то, что православные продолжали искать ответ на одолевшие их сомнения у еретиков: «Ныне же и в домех, и на путех, и на торъжищих иноци, и мирьстии, и вси сомняться, вси о вере пытают, и не от пророков… но от еретиков… и от проклятых на соборе от Протопоповых (протопопа Алексея. — Р.С.)… учеников… и от самого того сатанина сосуда и дияволова митрополита (Зосимы. — Р.С.) не выходят…»
Разделавшись со своими критиками, Геннадий ввел в своей епархии ряд новшеств. По наблюдению А. И. Никитского, архиепископ в целях церковного освящения власти великих князей московских впервые вменил в обязанность новгородскому духовенству ежедневно молиться в своих храмах за государя, а кроме того, постарался внушить новгородцам почтение к московским угодникам. В подтверждение своей мысли историк сослался на описание крестного хода в Новгороде. Описанию этой церемонии скупой на слова летописец посвятил много страниц. Во время первого шествия 8 декабря 1499 г. архиепископ, остановившись у Чудного креста, отслужил молебен московскому чудотворцу Петру, у Петровских ворот — митрополиту московскому Алексею. Программа богослужений не устроила новгородское духовенство. Самые видные члены местного собора — архимандрит Юрьевский, игумены Антониевский, Хутынский и многие другие — отказались участвовать в крестном ходе. Спустя неделю Геннадий вновь устроил шествие и на этот раз служил молебен не одним московским угодникам, но и местному святому Варлааму Хутынскому. На этот раз новгородские иерархи сочли возможным для себя участвовать в церемонии. Вслед за тем владыка «игуменов, и попов, и дьяконов по тому ж благословил и прочь отпустил и наказал им, чтобы Бога молили о государех великих князех… по вся дни каждо у своей церкви молебны пети».
Трудно поверить, что новгородское духовенство стало впервые молиться за московского государя через 20 лет после присоединения Новгорода. А. И. Никитский упустил из виду одну существенную деталь: Геннадий обязал новгородцев молиться «за государей». В этом и заключалось главное новшество. 30 мая 1499 г. архиепископ ездил в Псков и организовал там торжественное богослужение, предписав псковичам молиться за великого князя Василия. Но местное духовенство категорически отказалось выполнять его приказ, заявив, что у Пскова один великий князь — Иван Васильевич. Псковичи и новгородцы не могли понять, почему Иван III пожаловал сыну от второго брака титул великого князя Новгородского и Псковского, опасались, что подобные новшества окончательно порушат псковскую и новгородскую старину. Новгородцы негодовали на своего владыку также и за то, что тот старался заменить местных святых московскими чудотворцами. Геннадию удалось покончить с неповиновением новгородского собора лишь после того, как он отдал дань их местным святыням.
Соборное судилище
С тех пор как борьба с ересью приобрела династический привкус, узел династических противоречий окончательно запутался. Ортодоксы, прежде нисколько не сомневавшиеся в законности тверской ветви династии, испытывали растерянность и все чаще обращали взоры в сторону Софьи.