Геннадий тщетно добивался согласия Ивана III на расправу с еретиками. Великий князь не спешил с их арестом. Тогда московские сторонники Геннадия решили взять почин на себя. Во время службы в Архангельском соборе епископы изгнали из храма «еретика» попа Дениса, ссылаясь на грамоты новгородского архиепископа. В изгнании Дениса новый митрополит, как следует из текста приговора, не участвовал. Лишь наутро («в утрий день») епископы отправились на митрополичий двор и известили о своих шагах Зосиму и самодержца.
Иван III разрешил проведение собора «на еретиков» и «в свое место» прислал на собор бояр «князя Ивана Юрьевича Патрикеева, Юрья Захарича, Бориса Васильевича, дьяка своего Андрея Майка». И. Ю. Патрикеев возглавлял Боярскую думу. Вместе с братом Яковом Юрий Захарьин руководил разгромом Новгорода. Труднее установить личность Бориса Васильевича. Полагают, что то был Б. В. Кутузов.
Новгородский архиепископ Геннадий Гонзов наметил четкую схему суда над еретиками. Во-первых, он указал на то, что еретики имели одного вероучителя в лице некоего «жидовина», приехавшего в Новгород. Это замечание давало основание судить всех заподозренных как членов единой иудейской секты «жидовствующих». Во-вторых, архиепископ требовал расправы над всеми отступниками — московскими и новгородскими, при этом подчеркивал, что первые опаснее вторых, «ино Курицын — начальник тем всем злодеем». Однако Иван III и митрополит Зосима не допустили инициатора суда Геннадия на собор и постарались направить судебное разбирательство в новое русло.
Соборный приговор начинался словами проклятия новгородцам-еретикам и их «единомысленником, мудрствующим с вами». Таким образом, собор не использовал трафаретную формулу проклятия еретикам, «жидовская мудрствующим» вытекавшую из схемы Геннадия. Власти не позволили арестовать «начальника» всех злодеев — московского дьяка Ф. Курицына и других видных москвичей. Более того, они постарались придать разбирательству четко выраженную антиновгородскую направленность. Эта тенденция особенно заметна в поучении Зосимы «всему православному христьянству» по поводу ереси. Митрополит прямо назвал отступников «ересницами новгородскими», тогда как москвичи фигурировали в его поучении только как «московские свидетели» против еретиков. Для Зосимы главное значение имели два обвинения против новгородцев: они хулили Христа и не почитали московских чудотворцев Петра и Алексея, как и ростовского святого Леонтия.
Иван III не допустил гонений на Курицына не потому, что питал к еретикам особую симпатию. Он не желал допустить, чтобы суд бросил тень на членов династии. Иван III сам явился на собор в митрополичьи палаты, велел привести «свидетелей московских» и приказал «чести новгородские спискы» и грамоты Геннадия о ересях, что «они чинили в Новегороде». Такая установка привела к тому, что вопрос о московских еретиках отпал сам собой. Следуя воле государя, судьи выдвинули на роль главного обвиняемого не новгородских священников из кремлевских соборов, тесно связанных с Курицыным, а псковского монаха Захария. Это обстоятельство разрушило намерение Геннадия представить всех еретиков членами секты «жидовствующих». Геннадий обвинял Захария не в «жидовстве», а в стригольничестве. Стригольническая ересь процветала в Новгороде и Пскове с XIV в., и ее главное отличие заключалось в отрицании церковной иерархии, осуждении поставления святителей «по мзде», критике обрядов и некоторых догматов православной веры. Судя по обвинениям, Захарий исповедовал стригольническую ересь крайнего направления, заявившую о себе в начале XV в. Сторонники этого направления критически воспринимали некоторые положения Евангелия, выражали сомнения в божественной природе Христа. Критическое обсуждение догмата о рождении Богочеловека от Девы Марии воспринималось ортодоксами как хула также и на Богоматерь.
Суд предъявил суммарное обвинение всем еретикам без уточнения вины каждого в отдельности. Нетрудно заметить, что подавляющая часть этих обвинений касалась богохульств, совершенных в Новгородской земле и описанных Геннадием по большей части без указания на имена виновных. Еретики, утверждали судьи, «ругались» образу Христа, писанному на иконах, иконы «щепляли и огнем сжигали», «о землю били и грязь на них метали» или «в лоханю метали», крест «зубами искусали» и пр. Непочтение к иконам имело, по-видимому, то же происхождение, что и непочтение к московским чудотворцам. Массовые выселения из Новгорода не затронули духовное сословие и простонародье. В этой среде по-прежнему почитали своих святых, свои предметы культа. Московские пришельцы явились в Новгород со своей святыней, против которой новгородцы сохранили прочное предубеждение.