Алексей и Денис занимали ответственные должности в главных кремлевских соборах. Нет никаких данных о том, что до своих новых московских назначений они были связаны с новгородским плебсом. Затруднительно отнести к плебейской части духовенства Гавриила — протопопа Софийского собора в Новгороде или Захария из псковского монастыря. Помимо Алексея, Дениса и Гавриила, Иосиф Волоцкий называет в числе главных еретиков Григория Тучина, «его же отець бяше в Новегороде велику власть имеа». Сын новгородского посадника Тучин принадлежал к верхам новгородского боярства.
Новгородскую ересь рассматривают обычно как явление, возникшее исключительно на русской почве. Но налицо были и зарубежные влияния. Знакомство с Опытом испанской инквизиции позволило Геннадию сформулировать обвинения против новгородских вольнодумцев. Книжники Софийского дома использовали католические трактаты для обоснования гонений на «жидовствующих». Дьяк Дмитрий Герасимов в 1501 г. завершил перевод с латинского антииудейского трактата де Лиры, а к 1504 г. — аналогичного сочинения Самуила Евреина.
В Москве ересь возникла как под влиянием новгородских еретиков, так и вследствие более тесного общения с Западом. По мнению одних историков, московский кружок еретиков был связан с феодальной знатью и играл реакционную роль. Другие исследователи считают, что столичный кружок отражал идеологию передовых слоев дворянства.
Оценка взглядов новгородских и московских еретиков затруднена тем, что судить о них приходится преимущественно на основании сочинений их гонителей, в словах которых трудно отличить клевету от истины. Последователь Геннадия Иосиф Санин старался представить еретиков членами секты единомышленников. На самом деле на процессах 1488–1490 гг. судили людей, придерживавшихся различных взглядов. Общее обвинение в ереси служило скорее всего лишь средством расправы с ними.
Московский кружок еретиков отличался по своему составу от новгородского. Но едва ли можно согласиться с тем, что первый в отличие от второго был светским. В перечне главных новгородских еретиков, составленном И. Саниным, по крайней мере треть — светские лица. Среди них боярин Г. Тучин, Гридя Клочь, Лаврет, Мишук Собака, Юрка Долгова, Евдоким Люлиш, Самсонка, Васюк Сухой. В свою очередь, весьма видную роль в московском кружке еретиков играли протопоп Алексей и поп Денис, перебравшиеся из Новгорода в столицу. По словам Санина, к числу еретиков принадлежал новый глава церкви Зосима.
Среди святителей XV в. Зосима был одной из колоритнейших фигур. Он выступил как провозвестник нарождавшегося самодержавия. В «Изложении Пасхалии», написанном после собора 1490 г., Зосима сравнивал самодержца Ивана III с другим столпом православия — византийским императором Константином и обосновывал мысль о том, что Москва превратилась во второй Константинополь — «новый Иерусалим». Прославил Бог царя Константина, писал Зосима, а теперь «сродника его, иже в православии просиавшего, благовернаго и христолюбиваго великого князя Ивана Васильевича, государя и самодержца всея Руси, нового царя Константина новому граду Констянтину (Константинополю. — Р.С.) — Москве…». Сочинение Зосимы вскоре было переработано в Троице-Сергиевом монастыре. В переработанном варианте Москву сравнивали с «новым Римом». Со временем эта идея легла в основу теории «Москва — третий Рим».
В Новгороде в ереси были обвинены лица промосковской ориентации. В Москве вольнодумцы и еретики выступали как апологеты грядущего самодержавия. Готовя суд над еретиками, Геннадий представил собору «пыточные речи», компрометировавшие дьяка Курицына и других москвичей. Зосима не допустил суда над дьяком и другими московскими еретиками, за что вскоре сам подвергся подлинной травле.
Нифонт, епископ Суздальский, занял самую непримиримую позицию по отношению к еретикам. Именно поэтому собор 1490 г. постановил послать в заточение к нему главного еретика Захария. После собора Иосиф Санин обратился к своему единомышленнику Нифонту с крайне резким обличительным посланием, направленным против Зосимы. Монастырь Санина находился в Волоколамске, на территории удельного княжества, и был подведомствен новгородскому владыке Геннадию. Поэтому Иосиф не опасался кары со стороны митрополита. Послание Иосифа показывает, что разногласия в церковном руководстве достигли после собора неслыханной остроты. Иосиф без обиняков объявил Нифонту, что ныне на московском святом престоле сидит «злобесный волк», «первый отступник в святителях в нашей земли», «иже сына Божия попра и пречистую Богородицю похули… и икону Господа нашего Иисуса Христа и пречистыа его матере… болваны нарицая… и всех Святых писаниаотмеще: Нет, деи, втораго пришествиа Христова, нет, деи, царства небеснаго святым! Умер, деи, ин, что умер, — по та места и был».