З огляду на це уряд вирішив діяти самостійно. Спершу були заарештовані запорізькі посли, після чого на Січ було відправлено наказ повернути все награбоване. За невиконання наказу погрожували стратити послів та припинити виплату грошей з царської казни. Запоріжжя відповіло відкритим бунтом, звернувшись до хана по допомогу. Більше того, загострилася ситуація на фронті: отримавши новини з батьківщини, багато запорожців почали переходити на бік шведів. Щоб зупинити цей перехід, Шереметьєв наказав розформувати бойові частини, а самих козаків відправити на будівництво ладозького каналу. Ситуація виходила з-під контролю.
До Мазепи знову направили посла і знову за порадою, що робити з бунтівниками. Гетьман посів помірковану позицію, висловивши думку, що варто лиш посилити гарнізон фортеці, поблизу Січі, але саму Січ не чіпати. По-перше, не вистачить сил для її взяття; по-друге, в такому випадку запорожці остаточно перейдуть до хана, а у разі руйнування Січі ще й перейдуть у його володіння, де спричинятимуть ще більші труднощі, ніж були до того. І в цьому розрахунку керманич Гетьманщини знову виявився абсолютно правим.
А ситуація з козаками розв’язалась ще простіше. На Січі замість попереднього отамана, через якого все це почалось, обрали Костя Гордієнка. Турки теж не палали бажанням воювати. Замість войовничо налаштованого візиря Алішана Гусейна, котрого усунули, був поставлений більш прагматичний Мегмет-паша, який одразу вирішив докласти максимальних зусиль, щоб не допустити нової війни. У такій ситуації конфлікт із Запорізькою Січчю зводився нанівець, тому, коли туди був направлений спеціальний посол для приведення козаків до присяги царю, вони відмовились, посилаючись на те, що вже одного разу присягали йому й досі не зрадили цю присягу.
Та це був далеко не кінець. Наступного року поширились чутки про можливий похід запорожців разом з татарами на самого Мазепу. Ніби на підтвердження своїх планів, запорожці атакували московський роз’їзд, побили стрільців та забрали коней. Запорізька проблема набирала обертів, про це свідчать листи Мазепи до Петра, у яких він пропонував вирішити конфлікт мирним шляхом, однак якщо не вдасться і запоріжці не погодяться на мир, пропонувалось атакою на Січ примусити їх до цього. Січ підкорилась і без застосування сили, однак на цьому неприємності не скінчились.
Тим часом Північна війна розгорялась із новою силою. Зазнавши поразки під Ригою, Август ІІ «впустив» до Речі Посполитої Карла ХІІ. Сприятливу ситуацію використали деякі польські магнати (на чолі яких стояли представники роду Сапєг) для переходу на бік шведів. Завдяки такому стану речей за дуже короткий час здалися два головних міста держави — Варшава і Краків. Король звернувся по допомогу до царя, який знову ж таки надав її за рахунок козаків корпусу Миклашевського. Вони розвернули бойові дії на білоруських землях.
Незабаром після завершення операції гетьману стало відомо про зв’язки Миклашевського з каштеляном Михайлом Казимиром Коцелем, який був палким прихильником ідеї федеративного союзу України, Польщі і Литви. Очевидно, що такий проект передбачав розрив з Московією та війну з нею ж. Для гетьмана у той час така перспектива була надто небезпечною. Додав проблем і полтавський полковник Іван Іскра, який вів переписку з татарами про союз та війну з московитами. Розуміючи всю небезпеку, яку становили такі дії полковників, Мазепа добився дозволу усунути обох, але не відряджати до Москви. Розірвавши прямі зносини своїх підданих з поляками, яким він ніколи не довіряв, гетьман… був змушений налагодити їх особисто.
У зв’язку із загостренням ситуації в Речі Посполитій Мазепі було надіслано інструкцію: розпочати переписку з номінальним київським воєводою Потоцьким, а згодом і з іншими коронними гетьманами. Більше того, поляки самі оголосили про своє бажання воювати проти шведів саме з Мазепою. Перед гетьманом відкрилася спокуслива перспектива утвердити свій титул «гетьмана обох берегів» у дійсності. І шанс не забарився.
Уже в березні 1704 року надійшов наказ виступити на Правобережжя для допомоги Августу в боротьбі проти його опозиції. Перетнувши кордон, гетьман став обозом на Київщині, звідки відправив далі вглиб тільки полковника Апостола з кількома тисячами війська. Поява багатотисячного війська лівобережного гетьмана змінила політичне розташування сил на Правобережжі на користь Августа. Поляки висловлювали щирі надії, що гетьман не тільки залишиться на їхній території, а піде далі вглиб країни, щоб розправитись з непокірною королю шляхтою. Та він не поспішав цього робити, лиш надіславши кілька підрозділів до коронного та московського війська. Саме ці підрозділи, зокрема корпус полковника Мировича, змусили шведські війська відступити зі Львова, який вони взяли 6 вересня 1704 року. Але й тут не обійшлось без проблем. Мирович скаржився Мазепі на ставлення до них із боку поляків та московитів, які використовували їх для «чорнової» роботи. Додав хмизу у вогонь випадок з перепідпорядкуванням козацьких частин командиру Паткулю, який зневажливо поставився до козацької старшини й запровадив військову муштру на німецький манір. Дійшло навіть до того, що у Познані невдоволений муштрою полк був оточений саксонськими частинами і роззброєний. Мирович із гіркотою писав Мазепі про знущання, яких козаки натерпілись за час перебування під польською орудою. Ясна річ, що гетьман не міг так просто залишити цю справу і після повернення до Батурина написав до Малоросійського приказу, заявляючи про категоричне невдоволення позицією та поведінкою Августа ІІ стосовно козаків. Та цей лист, як і інші намагання Мазепи пом’якшити долю своїх підлеглих, не отримав позитивної відповіді. Москва й далі дивилась на козацьку Україну як на свій додаток, за рахунок якого можна вирішувати власні проблеми.