' В России, куда двери для него были закрыты и где стоял стон мучеников за веру, ему, тем не менее, рисовалась картина обширной деятельности по созданию великой Евангельской церкви — сначала в Петербурге, а затем и по всей стране.
Он молился об осуществлении этой мечты и верил в то, что она станет явью, и эта вера вдохновляла его, заставляла его радоваться при мысли о возвращении на родину.
В это время из России неожиданно пришло сообщение о преследованиях духоборов в Закавказьи. Под влиянием учения Льва Толстого, они стали отказываться служить в армии, сжигали ружья и говорили, что всегда будут так поступать с оружием. Последовали ответные меры правительства, которые делались всё жёстче. И в конце-концов духоборы решили навсегда покинуть Россию, перебравшись в Канаду, которая согласилась их принять.
Первая партия духоборов — в количестве 1150 человек — выехала с Кавказа морем. По пути среди них возникла эпидемия дизентерии, и их высадили на Кипре.
И вот осенью 1898 года, Проханов, будучи в Париже, получил письмо от Е. Брукса — руководителя комитета английских квакеров, который предлагал ему поехать на Кипр, чтобы помочь больным духоборам. Там нуждались в человеке, который владел бы русским и английским языками. И. С. П. согласился — тем более, что Кипр приближал его к родине. В Париже с ним встретился Сергей Толстой, сын писателя, чтобы договориться о времени отъезда Проханова на Кипр, а затем приехал один из духоборов, чтобы сопровождать его.
Сев на корабль в Марселе, они поплыли вдоль берегов Италии и Сицилии, украшенных апельсиновыми и лимонными рощами. На два дня корабль задержался в Александрии, и Проханову представилась возможность съездить в Каир. Так побывал он на берегах Нила, в библейской земле Гошен, увидел пирамиды.
...На Кипре поселение духоборов находилось далеко от моря, и несколько часов Проханову и его спутнику пришлось ехать на ослах, под жгучими лучами солнца. Кругом, куда ни глянь, — лишь песок и песок... Трудная это была дорога.
Но вот показались вдали пальмы, лимонная роща — это благодаря воде, скрытой там в глубинных слоях. Среди зелени видны были небольшие деревянные бараки — жилища больных духоборов. Неподалеку от поселка уже выросло кладбище...
Сразу же принялся Проханов за дело: чистил и убирал, раздавал лекарства, ухаживал за больными. Через три недели он сам заразился дизентерией и едва не умер. Но Господь услышал его молитвы, исцелил и сохранил его. Страждущим духоборам Проханов продолжал служить чуть не до самого отъезда их в Канаду. Со слезами благодарили они его за христианскую помощь.
В конце ноября 1898 года, приготовившись ко всему и поручив себя Господу, Проханов выехал пароходом в Константинополь. Поскольку у него не было никаких документов, турецкие таможенники задержали его и передали в русское консульство; чиновники же из консульства под надзором отправили И. С. П. русским пароходом в Одессу.
Трогательные моменты пережил он во время этого короткого плаванья: вновь услышал родной язык, а когда опустились сумерки — вечернюю песнь-молитву, которую пели русские матросы...
— Что же будет дальше? — думал он.
Сразу же по прибытии в Одесу, Проханова отвезли к градоначальнику, князю Шувалову. Долгое время просидел он в одиночестве, в какой-то комнате и чего только не передумал! Но вот в комнату вошёл князь. Внимательно, но молча осмотрел его и, не говоря ни слова, вышел. Затем появился чиновник и сообщил Проханову, что его отправят во Владикавказ, где ему предстоит жить под надзором полиции. На другой день он уже снова был на корабле. Севастополь, Ялта, Новороссийск... Оттуда поездом во Владикавказ.
Возникает вопрос, что послужило причиной такого снисходительного обращения властей с Прохановым?
Лишь после узнал он, что жестокий противник сектантов генерал-губернатор Коханов, который отправил в ссылку его отца, незадолго до его приезда был неожиданно снят. Не всемогущая ли Божья рука действовала тут, задержав И. С. П. на Кипре до отстранения Коханова от власти!
Вскоре и полицейский надзор был снят с Проханова, и он снова стал свободным гражданином.
Посещение отца в ссылке. Поступление на службу. Женитьба.
Итак, после снятия с поста генерала Коханова преследования иноверцев на Кавказе несколько смягчились. На совместных молитвенных собраниях верующие благодарили Господа и за это, и за возвращение Проханова, которому не могли нарадоваться. С дерзновением проповедывал Проханов и на этих собраниях, и на собраниях молокан.
Вскоре, получив на это разрешение властей, он собрался в Елисаветградскую губернию, где в поселке Герюсы проживали в ссылке его отец и другие верующие братья.