В рисунках мягкими материалами - соусом и углем, используя их вместе или по отдельности, Шишкин претворяет живописную трактовку мотива в черно-белом варианте. Работая на грунтованной тонированной бумаге, он применяет тональные приемы, действуя растушкой или кистью (при работе мокрым соусом). Дополнительные световые эффекты в такие рисунки он вносил мелом, белилами или способом процарапывания, проскребания верхнего слоя грунта. Совокупность всех этих материалов и приемов представляет рисунок «Паутина в лесу» (первая половина 1880-х), где растушка эффектно передает тонкие переходы сумрака, а проскребание использовано для изображения невесомой, едва заметной паутины.
К шедеврам графики Шишкина относятся рисунки, сделанные в Крыму в 1879 году, в которых он работает предельно лаконично, используя широчайший спектр приемов, добиваясь законченности при сохранении самого непосредственного взгляда на натуру.
Стадо овец в лесу. 1865
Бумага, тушь, перо. 36 х 53 см
Муромский художественно-исторический музей
Паутина в лесу. Первая половина 1880-х
Бумага грунтованная тонированная желтая, соус, мокрый соус, угольный карандаш, растушка, проскребание. 45 х 30,2 см
Государственная Третьяковская галерея, Москва
В графических листах Шишкина брала начало его живопись. Именно от главенства рисунка идет характерная для него суховатая манера письма, сдержанность цветового строя. Тончайшая отделка ранних рисунков перешла в стремление к строгой законченности картины. В натурных рисунках карандашом 1870-1880-х годов Шишкин чаще всего уже нацелен на картину - поэтому рисунки содержат не случайный, а отобранный мотив, способный развиться в живописную композицию. И благодаря этому рисунки становились эскизами будущей работы. Одним из таких глубоких по замыслу и емких по форме (при очень маленьком размере) эскизов является рисунок «Кама» (1882), в котором дается детальный план будущей грандиозной картины. В технике наброска художник становится более свободным от натуры, беглые и точные линейно-штриховые приемы дополняются живописными светотеневыми разработками, выполненными растушкой. Многие рисунки-наброски второй половины 1870-1880-х годов - «Березовая роща», «Лесной завал», «Сосны на плоскогорье» - вдруг открывают в Шишкине необычайно привлекательные возможности плоскостно-декоративной трактовки природного мотива.
Одним из лучших карандашных рисунков Шишкина, в котором счастливо соединились природа наброска, верность натуре и художественное обобщение, стал рисунок «Пор-Порог» (1889), созданный во время поездки в Петрозаводск. В маcштабе панорамного пейзажа художник выразительно передает свободными меловыми линиями на желто-коричневой бумаге пенящуюся воду реки, пересеченной порогом.
Кама. 1882
Бумага, графитный карандаш. 12,2 х 19,5 см
Государственная Третьяковская галерея, Москва
Пор-Порог. 1889
Бумага желто-коричневая, графитный карандаш, растушка, мел. 31,4 х 47,5 см
Государственная Третьяковская галерея, Москва
Кама. 1885
Травленый штрих, мягкий лак, пропечатывание 15 х 27 см
Государственная Третьяковская галерея, Москва
В конце 1860-х годов в Артели художников Шишкин возобновил свои занятия литографией, вместе с другими живописцами участвовал в издании литографированного альбома «Художественный автограф» (1869-1870). В то же время он все более глубоко изучал искусство офорта, слушал лекции А.И. Сомова об офорте. Небольшая мастерская, в которой работали художники, стала основой Общества русских аквафортистов, образованного в 1871 году. Шишкин явился одним из его учредителей и благодаря своим знаниям и таланту рисовальщика помогал художникам овладевать офортом.
Но если для большинства художников того времени офорт был только средством репродуцирования живописи, то Шишкин открыл для себя в нем самостоятельную область художественного творчества. Техника офорта, требовавшая от художника трудолюбия, серьезных навыков и затрат времени и тем отталкивавшая других живописцев, вполне отвечала характеру Шишкина. Он с удовольствием работал с металлом, гравировал и резал, выскабливал, шлифовал, нагревал, наносил на печатную форму кислоты, смолы, краски, лаки.