Спустя два года, после увольнения А.И. Куинджи, Академия художеств вновь предложила Шишкину занять место профессора - руководителя пейзажной мастерской, и в ноябре утвердила его в этой должности. Но состояние здоровья не позволило художнику включиться в нелегкий процесс преподавательской работы.
Из учеников Шишкина выросли пейзажисты, хотя и менее значительные, но все же оставившие свой след в русской живописи: А.Н. Шильдер, Н.Н. Хохряков, В.К. Менк, О.А. Лагода-Шишкина, В.А. Бондаренко, а также Н. Химона, В, Рущиц, А. Борисов, начинавшие у Шишкина и затем перешедшие в мастерскую А.И. Куинджи. Но если взглянуть более широко, у Шишкина так или иначе учились все русские пейзажисты - каждый по-своему.
Кама близ Елабуги. 1895
Холст, масло. 108 х 177 см
Нижегородский государственный художественный музей
Корабельная роща. 1898
Холст, масло. 165 х 252 см
Государственный Русский музей, Санкт-Петербург
Этюдные сезоны 1896 и 1897 годов Шишкин провел на станции Преображенское под Петербургом. Здесь написано много солнечных этюдов - «Роща у пруда. Преображенское», «Сосны. Солнечный день» и др. Эти места так понравились ему, что он решил купить здесь участок земли для дачи. Но планам Шишкина уже не суждено было осуществиться.
Последним завершенным художником произведением стала великолепная «Корабельная роща» (1898). В ней он словно вернулся в свои прежние годы - так напоминает она картину «Сосновый бор. Мачтовый лес в Вятской губернии». Это и было возвращением на родину, так как эскиз к этой картине назван Шишкиным «Корабельная Афонасовская роща близ Елабуги».
Сосна. Мерикюль. 1894
Холст, масло. 110 х 83 см
Государственный Владимиро-Суздальский историко-архитектурный музей-заповедник
Неугасаемый творческий дух проявился в этом полотне, убежденность в правильности избранного пути.
На протяжении жизни он создавал пейзажи, рождающие ощущение величия родины, ее единственности и незаменимости. Могучие леса на полотнах Шишкина - это та же «богатырская» тема, которая была столь характерна в целом для искусства второй половины XIX века.
Справедливы были слова В.М. Васнецова, обращенные к Шишкину в 1896 году: «Если дороги нам картины природы нашей дорогой и милой Руси, если мы хотим найти свои, истинно народные пути к изображению ее ясного, тихого и задушевного облика, то пути эти лежат и через Ваши смолистые, полные тихой поэзии леса. Корни Ваши так глубоко и накрепко вросли в почву родного искусства, что их никем и никогда оттуда не выкорчевать»89.
Главной его задачей, может быть, не оформленной словесно, но просматриваемой в его творческой эволюции, было приобщение максимально большого числа соотечественников - художников и зрителей - к миру природы, без которого немыслимо понятие родины. Он воспитывал в зрителе любовь к природе, а в конечном счете - и к самой жизни. При этом не должен быть упущен патриотический смысл его образов. «Мой девиз? Быть русским. Да здравствует Россия!» - написал художник в 1893 году в ответ на вопрос анкеты в газете90. Шишкин был причастен ко многим важным процессам в искусстве второй половины XIX века. Его работы стали олицетворением торжества не только национальной темы, но и национальной формы в русском искусстве.
В парке. 1897
Холст, масло. 82,7 х 110,4 см
Государственная Третьяковская галерея, Москва
8 (20) марта 1898 года Иван Иванович Шишкин скончался в своей мастерской за мольбертом, на руках у своего последнего ученика Г.И. Гуркина, начиная свою новую картину. Не изменяя себе, не отступаясь от своих главных художественных принципов, Шишкин сумел необыкновенно достойно завершить свой творческий путь крупными значительными произведениями. Новый XX век начался без него, но с его огромным творческим наследием, которое бережно хранила его дочь, художница-пейзажистка Ксения Ивановна Шишкина. И его произведения никогда не уходили из классического фонда русского искусства. «Верстовой столб русской пейзажной живописи», - говорил о нем Крамской.