Таким был интеллектуальный бульон, который напитал сознание Шмелева.
В 1896 году в университете ввели жесточайший устав — и на третьем курсе Шмелев отсидел две недели в Бутырской тюрьме за участие в демонстрации. Однако членом политических кружков он не был и, как вспоминал Алексей Ремизов в «Мышкиной дудочке», в университете держался белоподкладочников, сторонился нигилистов. Сам Ремизов, студент естественного отделения математического факультета, был арестован за участие в студенческой демонстрации в 1896 году, его выслали под надзор полиции в Пензенскую губернию, там вновь был арестован и провел в тюрьмах и ссылках шесть лет. Друг Шмелева по эмиграции, Константин Бальмонт, еще в гимназии увлекшийся, как Шмелев, идеей «Народной воли» и ставший, как Шмелев, студентом юридического факультета, за участие в 1897 году в студенческих беспорядках был выслан в Шую. Через два года, в феврале 1899 года, в студенческих беспорядках участвовал еще один студент юридического факультета — Максимилиан Волошин; его исключили и выслали из Москвы. Шмелев же исключения и высылки избежал, он продолжил учебу. Помимо юридических дисциплин, он слушал лекции по сравнительному языкознанию, по истории, а закончил университет с первой степенью, получив на выпускном экзамене высшую отметку.
В университете Шмелев стал писателем. В июльском номере журнала «Русское богатство» за 1895 год был напечатан его рассказ «У мельницы». Замысел рассказа возник, когда Шмелев проводил лето перед восьмым, последним, классом за рыбной ловлей. Тогда же у старой мельницы он познакомился с каким-то глухим стариком. И старик этот, и расщепленные ветлы, и омут, и запустенье — все породило ассоциации и с пушкинской «Русалкой», и с мельником из «Князя Серебряного» А. К. Толстого. На заре ловил подлещиков, и вдруг — «что-то во мне забилось, заспешило, дышать мешало». Готовясь позже к экзамену на аттестат зрелости, он вдруг почувствовал, что это состояние вернулось, он как бы увидел плотину, омут, мельницу, глинистые обрывы. Рассказ был написан за вечер и явно под влиянием тургеневских «Записок охотника». Он отнес его на Тверскую, в «Русское обозрение». Редактором журнала был приват-доцент Московского университета А. А. Александров, в редакции царил дух основателя журнала К. Леонтьева, даже пальма в кабинете редактора — от Леонтьева. Рассказ, конечно, не стал явлением в русской словесности, в «Биржевых ведомостях» от 20 июля рецензент М. Полтавский (М. И. Дубинский) обозвал его неестественным и лживым. Художественных текстов Шмелев не писал до 1905 года.
В университетские годы в жизни Шмелева произошло чрезвычайно повлиявшее на его судьбу событие. 14 июля 1895 года он женился на Ольге Александровне Охтерлони. Она была на два года моложе его, родилась в Орле. Ее отец, Александр Александрович Охтерлони, участник Крымской и Русско-турецкой войн, умер в 1893 году. Дед по отцовской линии, генерал-майор Александр Романович Охтерлони, тоже участник Крымской войны, — шотландский дворянин из королевского рода Стюартов, потому на гербе был изображен чертополох и белый вереск; его отец приехал из Шотландии при Екатерине II. Бабушкой Ольги Александровны была русская дворянка Варвара Ивановна Безобразова.