1878 г. Геологические исследования в восточной части Ферганского хребта и на побережье оз. Чатыр-Кёль (четвертое путешествие по Средней Азии).
1879 г. Геологические исследования в Западном Гиссаре, по р. Аму дарье и в Кызылкумах (пятое путешествие по Средней Азии).
1880 г. Геологические экскурсии в Семиреченской области (районы Сергиополя, Копала, оз. Иссык-Куль); изучение Зеравшанского ледника (шестое путешествие по Средней Азии). Награжден высшей наградой Русского географического общества — Константиновской медалью. Опубликовал книгу «Курс геологии».
1881 г. Избран членом Совета Русского географического общества.
Геологические исследования на Кавказе.
1882 г. Старший геолог Геологического комитета (до 1897 г.).
1883 г. Изучение минеральных вод в районе г. Липецка. Преподаватель физической географии в Историко-филологическом институте (до 1892 г.).
1884 г. Геологические исследования в Калмыцких степях. Обследование Кавказских минеральных вод.
1884 г. Преподаватель геологии в Институте инженеров путей сообщения (до 1902 г.).
1885 г. Геологическое исследование Калмыцких степей. Изучение соленых озер Крыма. Опубликовал книгу «Туркестан» (т. I). Награжден за нее премией Минералогического общества. Опубликовал (совместно с Г. Д. Романовским) «Геологическую карту Туркестанского края» в масштабе 30 верст в дюйме. Председатель отделения физической географии Русского географического общества (до 1902 г.).
1886—1887 гг. Руководил работами по изучению геологии Закаспийской области в связи со строительством железной дороги. Руководил экспедицией по исследованию последствий Верненского землетрясения. Награжден полной Макариевской премией Академии наук за монографию «Туркестан» (т. I). Организует Сейсмическую комиссию в Русском географическом обществе.
1888 г. Опубликовал книгу «Физическая геология. Ч. II».
1890 г. Опубликовал книгу «Верненское землетрясение 28 мая 1877 г.», учебник «Краткий курс петрографии». Избран почетным членом Петербургского минералогического общества.
1891 г. Опубликовал книгу «Физическая геология. Ч. I». Преподаватель физической географии на Высших женских курсах (до 1902 г.).
1892 г. Гидрогеологические исследования в верховьях бассейна р. Дона.
Опубликовал учебник «Минералогия».
1893 г. Опубликовал «Каталог землетрясений Российской империи» (совместно с А. П. Орловым). Избран почетным членом Венского географического общества. Награжден Макариевской премией Академии наук за сочинение «Физическая геология».
1894 г. Геологические исследования в Астраханской губернии. Изучение соленых озер Крыма. Кавказских минеральных вод.
1895 г. Исследование геологии Главного Кавказского хребта в бассейнах рек Теберды и Чхалты.
1896 г. Член Совета Горного института. Ординарный профессор Горного института по кафедре геологии, геогнозии и рудных месторождений (до 1902 г.).
1897 г. Участвовал в VII Международном геологическом конгрессе в Петербурге. Избран членом Суда чести Союза взаимопомощи русских писателей.
1898 г. Участвовал в Комиссии по исследованию золотопромышленности в России. Избран почетным членом Норвежского Королевского общества.
1899 г. Изучал оползни в районе г. Одессы. Опубликовал книгу «Физическая геология. Т. 1» (2-е издание).
1899—1900 гг. Руководил геологическими изысканиями по трассе Кругобайкальской железной дороги.
1900 г. Командирован на Кавказ для изучения последствий Ахалкалахского землетрясения 19 декабря 1899 г. Участвовал в VIII Международном геологическом конгрессе в Париже.
1902 г. 10 января скончался в Петербурге.
Научные труды И. В. Мушкетона
{1 Звездочкой Отмечены работы, опубликованные в кн.: Собрание сочинений И. В. Мушкетова. СПб., 1910, вып. 1.}
Волынит. — Зап. Минерал, о-ва, ч. 7, с. 320—329.*
Успенский золотой рудник Новикова в Южном Урале. — Зап. Минерал, о-ва, ч. 8, с. 43—48.*
О горной породе волынит. — Там же. Проток., с. 138.
Минералогическая коллекция Уральского о-ва любителей естествознания. — Зап. Уральск, о-ва любителей естествозн., т. 1, вып. 2, с. 115-116.