Нерідко Виговський сам писав лист чи універсал від імені гетьмана, а Хмельницький тільки ставив підпис. Відомий український історик Т. Крип’якевич встановив ряд таких документів. Характерно, що гетьман часто навіть не диктував універсал чи лист, а обмежувався стислими розпорядженнями Виговському. Так, за свідченням московського посла В. Унковського, гетьман вислухав його скарги щодо конфліктів на кордоні і наказав Виговському написати з цього приводу листа до миргородського полковника Мартина Гладкого. У свою чергу Виговський нерідко полишав суто писарську працю на підлеглих. Посол Януша Радзивила шляхтич Мисловський, перебуваючи в Чигирині у березні 1651 р., побачив, як Виговський диктував комусь універсал від імені Хмельницького про спорядження човнів. Звичайно, збереглися й документи (універсали, листи), видані особисто Виговським. Таких документів тільки з часів Національно-визвольної війни дійшло понад 25, тобто більше, ніж документів будь-якого іншого керівника відродженої Української держави середини XVII ст., за винятком самого Богдана Хмельницького (близько 600), котрий гетьманував 10 років. Що стосується документації Виговського-гетьмана, котрий тримав булаву набагато коротший час (майже 3 роки), то київський дослідник Андрій Бульвінський нарахував їх щонайменше 136 документів.
За короткий час Виговський зробив з Генеральної канцелярії потужну і високоефективну інституцію України-Гетьманщини, вона стала важливою складовою частиною державного апарату. Ця установа відігравала роль міністерства закордонних справ і певною мірою міністерства справ внутрішніх. Вона стала тим генератором, який згідно з волею гетьмана та ради Війська Запорізького приводив у рух численні приводні ремені державної машини. Саме сюди стікалася військово-політична інформація з усіх кінців України й зарубіжних країн, тут зустрічали й відправляли численні посольства, тут приймалися важливі рішення, що нарівні з військовими перемогами визначали долю Національно-визвольної війни українського народу. Як вірно відзначав І. Крип’якевич, Виговський «організував державну канцелярію, яка прийняла все діловодство як у внутрішньому правлінні, так і в закордонних справах…» За Б. Хмельницьким же зберігався «контроль основних державних справ, а їх виконання, в тому числі все листування, довірив (він) Виговському».
Щоб створити і керувати такою потужною машиною як Генеральна канцелярія, потрібен був величезний талант адміністратора і політика. І хоч створювали цю машину спочатку Богдан Хмельницький та Іван Креховецький, саме Виговський розбудував її і поставив на рівень європейських канцелярій. Не випадково уряд писаря Війська Запорізького був піднятий зусиллями Виговського на друге місце після гетьманського, не випадково з цього моменту західні джерела називають генеральних писарів Війська Запорізького канцлерами.
На жаль, склад і функціонування Генеральної канцелярії в роки Національно-визвольної війни і нині залишаються недостатньо вивченими, насамперед через фрагментарність джерел. Можна, однак, визначити коло найближчих співробітників Виговського. Серед них бачимо, наприклад, зятя Івана Виговського Михайла Гунашевського. «Секретарем Виговського» називають деякі джерела Силуяна Мужиловського, видатного дипломата Української держави, який очолював посольства до Московської держави, Молдавії, Швеції та інших країн. Мужиловський походив з білоруської православної шляхти, був сином видатного борця проти польсько-католицької експансії, православного письменника-полеміста Андрія Мужиловського, який навіть розглядався як один із кандидатів у київські митрополити по смерті Йова (Борецького). На початку 30-х рр. ХVІІ ст. Силуян разом із братом (ймовірно з Григорієм, проповідником та полемістом) вчився у Києво-Могилянському колегіумі і вже тоді міг близько познайомитися з Виговським. В. М’ясківський у своєму щоденнику занотував, що під час переговорів у Переяславі (лютий 1649 р.) на бік українських повстанців перейшов Соболь – писар А. Киселя, «немолодий, знаючий справи й стан Речі Посполитої», якого Хмельницький затримав при собі, бо той гарно пише, а до того ж належить до його віри, і якийсь Ярмолович, литвин (білорус – Ю. М.), котрий поїхав до Хмельницького і став Іудою, а ми не стереглися його на порадах».
Інші джерела вказують, що у Генеральній канцелярії працювало 12 шляхтичів, які перейшли до Хмельницького, але називають ім’я тільки одного з них (П’ясецький). Можливо, в часи Національно-визвольної війни у канцелярії працював і «підписок» Виговського Федір Погорецький, писар Захар Шийкевич, майбутній генеральний писар Лівобережної Гетьманщини в 60-х та 80—90-х рр. XVII ст. Тут же працювали грек Іван Мануйлов та серб Василь Данилов, причому останній служив Війську Запорізькому ще з 1647 р. i навіть жив при Виговському.