Итак, К. Мерецкова арестовали 23 февраля 1941 г. Обвинялся он по ст. 58, пункты 1 «б», 7, 8, 11 УК РСФСР. Все обвинения относились к числу тягчайших, в том числе принадлежность к антисоветскому военному заговору, сотрудничество с разведкой иностранного государства, а именно Германии. На предварительном следствии Кирилл Афанасьевич виновным себя признал. Да и как было не признать, если к нему применили весь набор «физического воздействия». Устраивали ему и очные ставки с другими подследственными. Одна из таких очных ставок состоялась 15 июля (три недели спустя после ареста) с арестованным генерал-полковником А. Д. Локтионовым, который до ареста был командующим войсками Прибалтийского Особого военного округа (на территории вошедших в состав СССР Латвии, Литвы и Эстонии). В начале 30-х годов, в бытность К. А. Мерецкова начальником штаба Белорусского военного округа, Александр Дмитриевич Локтионов был там начальником ВВС.
На данной очной ставке К. А. Мерецков обвинял А. Д. Локтионова в принадлежности к военному заговору, последний же это упорно отрицал. Вполне возможно, что присутствие и поведение Мерецкова на очной ставке в какой-то мере поколебали позицию Локтионова на отрицание своей вины, ибо в тот день, не выдержав пыток, он признал себя виновным. Как проходила эта очная ставка, рассказал в 50-е годы бывший следователь Наркомата госбезопасности В. Г. Иванов. Он поведал, что 15 июля 1941 г. начальник следственной части наркомата Л. E. Влодзимирский со своим заместителем Шварцманом и помощником Родосом в его присутствии проводили очную ставку между А. Д. Локтионовым и К. А. Мерецковым.
По словам В. Г. Иванова, арестованный генерал армии выглядел, по тюремным меркам, неплохо, но, по его (Иванова) мнению, не владел собой. Локтионов же, только что избитый, был весь в крови, и его вид удручающе действовал на Мерецкова, которого и привели на очную ставку для того, чтобы он выступал в роли разоблачителя Локтионова, который отрицал свою виновность и участие в заговорщической организации. Владзимирский, Шварцман, Родос и, конечно же, сам Иванов (не мог же быть он сторонним наблюдателем, когда его начальники «обрабатывали» его подследственного!), по очереди и все вместе продолжали избивать Локтионова на глазах Мерецкова, который убеждал Александра Дмитриевича подписать все, что от него хотели следователи. Локтионов катался от боли по полу, кричал, но отказывался подписывать протокол с признанием своей антисоветской деятельности.
— Кирилл Афанасьевич, ну ведь не было этого, не было, не было! — умоляюще протягивал он руки к Мерецкову, но замолкал, встретившись с измученным и потухшим взглядом последнего. Так продолжалось некоторое время. Наконец Локтионов сказал то, что от него требовали следователи НКГБ, — он заявил, что был с 1934 г. сообщником Уборевича. Выдавив из себя эти признания, Локтионов спустя несколько минут от них отказался, и его снова начали бить.
И вдруг все изменилось! Внезапно, стремительно, как по волшебству, Кирилл Афанасьевич из преисподней вырвался на свободу! То был удивительный случай, когда органы госбезопасности выпустили свою жертву, не полностью насытившись ее кровью. Это было своего рода исключение из правил, не характерное для почерка органов госбезопасности тех лет. И чтобы такое свершилось, нужны были чрезвычайно влиятельные силы или чья-то властная рука, по меньшей мере не ниже наркома госбезопасности или НКВД. Но для наркома госбезопасности В. Н. Меркулова, так же как и для наркома внутренних дел Л. П. Берии генерал армии К. А. Мерецков большого интереса не представлял, ибо они не руководили боевыми действиями на фронтах Великой Отечественной войны. В условиях войны, притом так неудачно начавшейся для СССР, военачальник Мерецков мог представлять интерес только для И. В. Сталина – Верховного Главнокомандующего.