Вторично к рассмотрению дела Д. П. Исакова военный трибунал ЗакВО вернулся 6–7 декабря 1940 г., на этот раз вынеся оправдательный приговор. Однако против такого решения «восстал» особый отдел Каспийской военной флотилии, заявив протест. Поэтому накануне Великой Отечественной войны Дмитрий Павлович на свободу не вышел. Не повезло ему тогда и в другом плане – в тюрьме он заболел, и ему была сделана урологическая операция, что не способствовало укреплению его здоровья.
Военная коллегия Верховного Суда СССР 21 марта 1941 г. приговор военного трибунала ЗакВО в отношении Д. П. Исакова отменила и направила дело на дополнительное расследование. Некоторое время оно (дело) находилось в Особом Совещании при НКВД СССР, откуда 20 января 1942 г. было отправлено в Главную военную прокуратуру Военно-Морского Флота для утверждения нового, а фактически старого, обвинительного заключения. Постановлением Главного прокурора ВМФ корвоенюриста Б. И. Алексеева от 23 февраля 1942 г. дело было прекращено. Однако и на сей раз Дмитрий Павлович не вышел на свободу – 30 июня 1942 г. заместитель начальника Управления особых отделов старший майор госбезопасности Н. А. Осетров обращается к Прокурору СССР В. М. Бочкову с просьбой об отмене постановления Главного прокурора ВМФ о прекращении дела Д. П. Исакова и освобождении последнего из-под стражи со следующей формулировкой – «в интересах государственной безопасности освобождать обвиняемых нецелесообразно». Вот так, ни меньше ни больше, «в интересах государственной безопасности»!..
Прокурор Бочков, совсем еще недавно занимавший пост начальника Особого отдела НКВД СССР, конечно же, пошел навстречу своим вчерашним коллегам, отменив постановление Главного прокурора ВМФ в отношении Д. П. Исакова. По его распоряжению дело в очередной раз отправили в Особое Совещание. При этом В. М. Бочков, ничтоже сумняшеся, определил Исакову меру и срок наказания – пять лет заключения в исправительно-трудовых лагерях. Этот срок и проштамповало ОСО в своем постановлении от 22 августа 1942 г. Наказание Д. П. Исаков отбывал в лагерях Молотовской (Пермской) области.
По отбытии срока наказания (с учетом предварительного следствия) Дмитрий Павлович 23 июня 1943 г. был освобожден из лагеря и направлен в распоряжение военкома г. Березники Молотовской области. Там его поставили на воинский учет, и он до окончательного выяснения своего положения в Наркомате ВМФ устроился на работу в Камское речное пароходство (пристань Березники) рулевым на речном трамвае. Неоднократно (через военкомат) Д. П. Исаков просил отправить его в действующую армию на любую должность в соответствии с его опытом и знаниями.
Нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов знал Д. П. Исакова по довоенной службе, и поэтому процесс восстановления его в кадрах флота надолго не затянулся. Приказом наркома от 10 сентября 1943 г. Дмитрий Павлович был назначен заместителем начальника тыла Амурской военной флотилии – командиром Хабаровского военного порта с присвоением воинского звания “капитан 1-го ранга”. Перед началом войны с Японией Д. П. Исаков занимал должность начальника тыла указанной флотилии. После окончания войны по протесту заместителя Прокурора СССР генерал-лейтенанта юстиции А. П. Вавилова судимость с Д. П. Исакова была снята.
В 1945–1947 гг. капитан 1-го ранга Д. П. Исаков исполнял обязанности начальника тыла Дунайской военной флотилии. Полностью он был реабилитирован постановлением Военной коллегии от 14 мая 1955 г.
Одним из заключенных, добившихся решения об отправке его на фронт, был бывший командир 9-й кавалерийской дивизии комдив Ушаков Константин Петрович, подлинный герой Гражданской войны. Бывший офицер старой армии, выходец из потомственных дворян, уроженец с. Гайворон Черниговской области, член ВКП(б) с 1920 г. по 1937 г. (исключен за связь с чуждым элементом и за притупление политической бдительности). Арестовали комдива Ушакова 22 февраля 1938 г. в Москве, куда он прибыл «искать» правду после освобождения его от должности командира 9-й кавдивизии. В марте 1938 г. К. П. Ушакова этапировали в Киев.
Активный участник Гражданской войны и борьбы с басмачеством в Средней Азии, К. П. Ушаков был в боях много раз ранен и фактически являлся инвалидом, о чем у него были соответствующие документы. Однако он не хотел уходить из армии и продолжал свою нелегкую службу в кавалерии. Комдив Я. А. Мелькумов, тоже отбывший свой срок в лагере, в книге «Туркестанцы» очень тепло отзывается об Ушакове и руководимой им кавалерийской бригаде, с которой он вместе громил басмачей в 20-е годы. За боевые подвиги К. П. Ушаков был награжден четырьмя орденами – тремя орденами Красного Знамени (знаки орденов №№ 3142, 315 и 18) и орденом Трудового Красного Знамени Узбекской ССР (знак ордена № 112).