Патриарх Иоаким в своей слободе на Козьем болоте, откуда тек ручей в речку Пресню, неподалеку от прудов, которые там были, приказал вырыть несколько прудов, из коих один существует до сих пор и называется Патриаршим. В 1681 году на Пресне был выстроен государев дворец и при нем каменная церковь Воскресения, отчего государево село стало называться Новым Воскресенским. В том же году сюда была перенесена деревянная церковь Николы Чудотворца «с Курьей ножки», близ Поварской.
В это царствование построена Дмитрием Калошиным близ Девичьего поля церковь Неопалимой Купины. Этот боярин особенно чтил икону Неопалимой Купины, находившуюся в Святых сенях перед Грановитой палатой. Однажды он попал в царскую немилость, хотя и не знал за собой никакой вины, и стал молиться перед этой иконой о небесном заступничестве. Богоматерь, явившись царю во сне, известила его о невинности опального. Освободившись от своей невзгоды, боярин в благодарность за это построил Неопалимовский храм.
27 апреля 1682 года удар колокола на Иване Великом возвестил Москве о кончине царя Феодора Алексеевича. Во дворец отправились патриарх Иоаким с архиереями и бояре. Собравшиеся прежде всего поклонились усопшему царю, а затем целовали руки его двум братьям царевичам Иоанну и Петру Алексеевичам. Приходилось решать вопрос, кому наследовать престол после бездетного Феодора. Старший его брат был болезнен, подслеповат и слабоумен (скорбен главою). Десятилетний Петр был крепок телом и уже обнаруживал замечательные способности. Немедленно духовные лица и бояре собрались, для решения вопроса, в передней палате. Большинство бояр, прибывших на случай смятения в панцирях, было на стороне Петра, но немало было и на стороне Иоанна. Чтобы прекратить недоумение, по совету патриарха было решено предложить это дело людям всех чинов Московского государства. В Москве находились призванные Феодором (по вопросу о податях и отправлении выборной службы) выборные люди. Народ собрался перед церковью Спаса за «золотой решеткою» и на предложенный патриархом вопрос провозгласил царем Петра. Он находился в это время у гроба брата. Освященный собор и бояре нарекли его здесь царем. Патриарх благословил государя-отрока крестом, и его посадили на трон. Бояре, дворяне и люди всяких чинов принесли ему присягу, поздравляли его с восшествием на престол и целовали царскую руку.
На другой день происходило погребение царя в Архангельском соборе. Тело его несли в санях стольники, а за ним в других санях несли молодую вдовствующую царицу Марфу Матвеевну Апраксину. За гробом шел царь-отрок. Но рядом с Петром, вопреки обычаю, шла девица-царевна Софья. Она громко голосила и покрывала своими воплями причитанья целой толпы черниц. Ей было 25 лет, она отличалась дородством и еще при покойном брате покинула терем и, владея немалым образованием, принимала участие в делах правления. По окончании погребения царевна Софья, возвращаясь во дворец, всенародно вопила: «Брат наш, царь Феодор, нечаянно отошел со света отравою от врагов. Умилосердитесь, добрые люди, над нами, сиротами. Нет у нас ни батюшки, ни матушки, ни брата-царя. Иван, наш брат, не избран на царство. Если мы чем перед вами или боярами провинились, отпустите нас живых в чужую землю, к христианским королям».
Это показывало, что Софья уже в этот момент готовилась вырвать правительственную власть из рук Нарышкиных и овладеть ею. Ее агенты с первых же дней стали шнырять в Стрелецких слободах, за Москвой-рекой: в приходах Троицы в Вишняках, Петра и Павла на Калужской улице и Казанской у Калужских ворот, в Земляном городе, у Пимена в Воротниках, у Сергия в Пушкарях, у Троицы на Аистах, у Николая Чудотворца в Воробине, у Спаса в Чигасах за Яузой.
Мы не станем описывать известные подробности Стрелецкого бунта, отмеченного кровавыми явлениями и утихшего к концу мая 1682 года государственным переворотом, выразившимся провозглашением первым царем Иоанна, вторым — Петра, а правительницей Софьи. Упоминаем бунт раскольников, опиравшихся на стрельцов и дошедших до дерзкого требования, чтобы цари венчались по старым обрядам. Памятниками этого Смутного времени в Москве явились столб на Красной площади, поставленный, по требованию стрельцов, с именами убитых ими бояр и с перечислением мнимых их вин, и гробница убитого тогда перед Красным крыльцом боярина Матвеева у Николы на Столпах.
Смута еще не улеглась, а венчание на царство обоих государей было совершено 25 июня. Все происходило по установившемуся обряду. Первым лицом при коронации был князь Василий Голицын. Перед возложением на государей венцов патриарх, облаченный в саккос митрополита Фотия, спросил царей, «како они веруют и исповедают Отца и Сына и Святаго Духа?» Государи в ответ на это прочитали вслух символ веры. Коронационный обед по установившемуся обычаю происходил в Грановитой палате.
Недолгое и смутное время правления царевны Софьи не могло оставить по себе многих памятников в Москве.
В ноябре 1682 года в Кремле произошел большой пожар; сгорели выстроенные Феодором деревянные хоромы Петра Алексеевича и царевен; загорелся Успенский собор, на котором сгорела медная кровля и в главах оконницы; все значительные иконы и мощи были вынесены в Архангельский собор на то время, пока шли работы по восстановлению первопрестольного собора. В возобновленном Успенском соборе патриарх поставил епископа Луцкого и Острожского Гедеона (князя Святополка-Четвертинского) в митрополита Киевского и Галицкого. Через три года на месте погоревших были выстроены новые деревянные хоромы для царя Петра и его матери (при дворце в садовом пруду Петр пускал маленькие кораблики), а для царевны Софьи и других меньших царевен были возведены трехэтажные каменные палаты, в нижнем этаже которых была устроена, по приказанию Софьи, комната, «где сидят с боярами и слушают всякие дела». В то же время на кормовом дворе, возле верхнего Красного сада и новых хором царя Петра, построена церковь Свв. Петра и Павла. Для подкрепления Верхоспасского собора в Меньшой Золотой палате были подведены под своды крестообразные каменные «перететивы». Были возобновлены Грановитая, Золотая (средняя), Ответная и другие палаты. Вообще перед единодержавием Петра Кремль достиг апогея своего величия. Царские дворцы находились в самом цветущем состоянии, какого не достигали ни в одно из предыдущих царствований. В это время обширность и великолепие дворцов вполне выражали характер царской жизни, во всем ее блеске и пышности.
В 1686 году было окончено строительство церкви во имя святителя Алексия в Чудовом монастыре по чертежу, данному Феодором Алексеевичем. Цари Иоанн и Петр Алексеевичи собственными руками перенесли мощи святителя Алексия из храма Михаила Архангела во вновь построенную церковь, где они стоят и ныне. Царевна Софья участвовала, вопреки обычаю, в этом торжественном шествии. При большом звоне во все колокола правительница вышла с обоими царями из дворца и прошла с ними в Чудов монастырь. Здесь она во время службы стояла рядом с ними, а когда цари вместе с патриархом понесли угодника, она одна из всего царского семейства следовала за ними. С этих пор она не пропускала уже ни одного торжества или крестного хода, чтобы показаться народу. Этим она старалась достичь того, чтобы все привыкли смотреть на нее, как на свою царицу и самодержицу.