Дело изменилось с 1762 г, после воцарения Екатерины II, благоволившей Миллеру, его журналу. Но вскоре последний прекратился. В начале 1765 г. Миллер назначен главным надзирателем Воспитательного Дома в Москве. Перед отъездом он выразил желание, чтобы журнал продолжался и без него, обещал целиком снабжать его материалами. Но Ломонсов такое предложение оспорил, вместо издания журнала предложил выпускать 4 раза в год сборник экономических и физических сочинений. Академия с ним согласилась. В итоге не осталось журнала, не появилось и сборника.
Подобным же образом Ломоносов относился к журналу «Трудолюбивая пчела» Сумарокова, единственному частному журналу. До 1759 г. Сумароков — наиболее деятельный сотрудник «Ежемесячных сочинений». Затем, после какой-то ссоры с Миллером, он подает заявление в канцелярию Академии о разрешении ему журнала; просит печатать его в академической типографии. Академическая канцелярия (Тауберт и Ломоносов) высказываются против: за Сумароковым есть еще долг академической типографии; кроме того Академии нет времени рассматривать его пьесы и стихи, а если в них «какая противность» окажется, «кто будет в ответе?» Но Разумовский разрешил и журнал, и печатанье его в академической типографии (Сумароков принадлежал к партии Разумовского, делавшей ставку на Екатерину, еще не императрицу, в противность партии Шувалова, фаворита Елизаветы, в которую входил и Ломоносов). «Трудолюбивая пчела» даже посвящена была великой княгине Екатерине Алексеевне, которая в немилости у Елизаветы. Это придавало журналу оппозиционный характер, делало его враждебным для всех сторонников Шувалова, для Ломоносова. Наблюдение за журналом поручили академику-астроному Никите Попову. И уже 22 апреля 1759 г. Сумароков жаловался в канцелярию Академии на цензора, обвиняя его в нетрезвой жизни и в придирках к журналу. Сумароков просит назначить нового цензора, на что Разумовский согласился. Цензорами стали два академика. Один из них, Котельников, тщетно просит уволить его от цензурных обязанностей (29).
Попов был назначен цензором, видимо, не без влияния Ломоносова. Когда наблюдающие за «Трудолюбивой пчелой» с майской книги 1759 г. сменились, в журнале стали появляться материалы, направленные против Ломоносова, которые, вероятно, Попов не пропускал. Выпады в адрес Ломоносова содержались в статье Тредьяковского «О мозаике» (Ломоносов — пайщик стекольного завода). Ломоносова высмеивала пародия Сумарокова «Вздорные оды». Печатались и иные материалы такого рода. Ломоносов обратился в Президиум Академии с просьбой о запрещении нападок на него. Он сам стал вмешиваться в цензуру содержания «Трудолюбивой пчелы», в дела журнала, помимо назначенных цензоров. По его распоряжению в типографии остановлено печатание «Вздорных од». Он жалуется Шувалову на статью «О мозаике». Сумароков, в свою очередь, обращается к Шувалову с жалобой на самозванное цензорство Ломоносова. Всё это происходит в 1759 г. В результате всех этих свар «Трудолюбивая пчела» просуществовала всего два года.