Императрица давно с подозрением относилась к московским масонам. В середине 1780-х гг. она решила активно выступить против них. Не писавшая с 1779 г. комедий, Екатерина в 1785 г. сочиняет их целых три. Все они направлены против масонов: «Обманщик» (мартинисты — мартышки), «Обольщенный», «Шаман Сибирский». Как на грех, Новиков в конце 1794 г., в прибавлениях к «Московским ведомостям», издание которых он арендует у Московского университета, публикует «Историю ордена иезуитов». Она не отрицательная. Новиков говорит об их заслугах, но и о притязаниях на мирскую власть. Те обратились с жалобой к Екатерине. Она запретила печатать «ругательную» «Историю…», а если она вышла, отбирать вышедшие экземпляры. Новиков, того не ведая, дал царице повод начать гонения на масонов.
Непосредственно гонения начались так. В 1784 г. московским главнокомандующим назначен Брюс, о котором уже шла речь, помимо прочего ненавидящий мартинистов. 23 декабря 1785 г. Екатерина отправила ему именной Указ. О ревизии книг, выходящих в вольных типографиях в Москве. Так как из типографии Новикова выходят многие «странные книги», Брюсу предписано приказать Губернскому Прокурору сделать роспись их, которую отослать, вместе с книгaми, московскому архиерею, имеющему особое от нас повеление «испытать Новикова в законе нашем, рассмотреть сами книги и что окажется донести нам и уведомить Синод». Екатерина распорядилась, чтобы Брюс договорился с архиепископом, который должен назначить несколько духовных особ (1-2-х). Они вместе со светскими цензорами должны рассмотреть книги, выходящие из типографий Новикова и других вольных, где что-либо касается веры или дел духовных, и для наблюдения, чтобы такие печатаемы не были, «в коих какие-либо колобродства, нелепые умствования и раскол скрываются» (27). Распоряжение было выполнено. При этом постоянными светскими цензорами назначены противники Новикова, Шварца и масонов (45)
11 января 1786 г. Новикова вызвали к архиепископу Платону, московскому митрополиту, для испытания в Законе Божьем. Платон уговаривает Новикова показать истину, ответить на 12 письменных вопросов. 15 января Платон пишет Екатерине, что Новиков признает все основные догматы православия, говеет и, хотя состоит в обществе франк-масонов, но в нем нет ничего, противного вере, закону и совести. Митрополит желал бы, чтобы было больше таких правоверных христиан, как Новиков.
23 января 1786 г. Екатерина дает Брюсу два новые указания: 1. установить контроль за больницами и школами, основанными масонами. 2. объявить, что разрешенные указом от 15 января 1783 г. типографии предназначены для печатанья полезных книг, а не тех, которые «для обмана и уловления невежд»; допросить Новикова о причинах, побудивших к их изданию. Новиков задержан, его допрашивают в губернском правлении, записывают заданные ему вопросы и его ответы. По существу начинается пересмотр указа о «вольных типографиях»
К марту архиепископ Платон и два других духовных цензора оканчивают рассмотрение конфискованных книг. О Новикове Платон продолжает отзываться весьма положительно. Книги же он делит на три категории; только в последнюю из них он заносит сочинения, по его мнению, зловредные, развращающие нравы, подрывающие религиозное чувство (46). Казалось бы именно на них власти должны были обратить внимание. Но придрались не к третей, а к второй категории (книги мистические, которые, по словам Платона, он не понимает и не берется судить о них). Следует отметить честность, смелость и благожелательность Платона (Левшина). Судя по всему, он не сочувствовал масонам, вряд ли не понимал, чего от него хочет Екатерина, но действовал так, как ему подсказывала совесть. Правда императрица относилась к нему благосклонно. Она сама его «открыла», отзывалась с похвалой об его проповедях. Умный, тактичный, находчивый, видный церковный деятель, знаток языков, законоучитель наследника, Платон мог многое себе позволить. А всё же далеко не каждый, даже в его положении, поступил бы так, как он.