25 марта 1796 г. выходит высочайший указ на имя Брюса, с повелением конфисковать 6 книг, названных Платоном во второй категории; Новикову и владельцам других вольных типографий строжайше запрещалось издание книг такого рода, под опасением не только конфискации их, но и лишения права содержать типографии (47. см. Сборн.).
27 марта 1786 г. именной указ Брюсу: о запрещении продавать книги, исполненные «странными мудрствованиями». В указе говорилось о присланных московским архиепископом примечаний на книги и московским губернатором их росписи. Повелеваем: те, которые обозначены в списке, если они окажутся в лавке Новикова, оставить запечатанными и запретить их продажу до дальнейшего рассмотрения и приказания; прочие книги распечатать и продажу их дозволить; Новикову и другим содержателям вольных типографий в Москве строжайше подтвердить приказ, чтобы они остерегались издавать книги, наполненные «подобными странными мудрствованиями, или лучше сказать сущими заблуждениями», под опасением не только конфискации этих книг, но и лишения права содержать типографию или книжную лавку, а кроме того «законного взыскания» (далее приводится список книг, которые опечатаны и запрещены, всего шесть, среди них «Апология или защищение вольных каменщиков», «Парацельса Химическая Псалтирь» и др.). Беда-ошибка Новикова состояла в том, что, кроме книг, конфискованных и опечатанных в университетской лавке, были такие же и на складе Новикова, и он не заявил о них, а позднее, с согласия «товарыщи», считая, что гроза минула, передал их книготорговцу Кольчугину, который стал продавать их, что Новикову позже припомнили.
27 июня 1787 г. выходит именной указ Синоду. О запрещении светским типографиям и книжным лавкам печатать и продавать молитвенники или книги церковные, к православной вере относящиеся, изданные не от Синода; о том, что закон о вольных типографиях нимало не противоречит приказам о печатании церковных книг только в духовных типографиях. Закон о вольных типографиях относится лишь к книгам светским, а не к церковным. Поэтому следует подтверждение, чтобы церковные книги печатались только в синодальных типографиях или других, состоящих под Ведомством Синода. Если откроют книги, изданные не в синодальных типографиях, следует опечатать их и отдать на сохранение Синоду (29). Об этом же идет речь в Сенатском указе того же времени, изданном по инициативе Синода, распространявшемся по всей стране (29–31). Ряд других приказов на ту же тему, разосланных по всем городам и уездам (47). Книги реквизировались и отправлялись в Синод.
Все подобные распоряжения шли в одном направлении, но Новикова непосредственно, как будто, не касались. Тем более, что на место Брюса, в Москву был назначен довольно добродушный Еропкин, которому до масонства и Новикова не было дела. Но Екатерина не успокаивалась. По ее инициативе, после истечения срока аренды, газета «Московские ведомости» отобрана у Новикова. Дела «Типографической компании» идут всё хуже. Накапливаются огромные долги. А тут начались события французской революции с её ужасами, обострившие российскую обстановку. Начинается массовый отказ от связи с масонами (от них отходит и Карамзин). Многочисленные аресты, допросы, истязания, пытки. Борьба с масонством переходит совсем на иной уровень. К ней подключается Начальник Тайной канцелярии С. И. Шешковский, сыскных дел мастер и кнутобоец (ум. в 1793 г.). Радищев называл его «великим инквизитором России». 9 февраля 1790 г. на место Еропкина назначают А. А. Прозоровского, фронтового генерала, крайне грубого, невежественного, ненавидевшего просвещение, посланного для обуздания Москвы. Потемкин в письме Екатерине так характеризовал Прозоровского: понадобилась старая пушка; она будет стрелять в вашу цель, так как своей не имеет; «Только берегитесь, чтобы она не запятнала кровью в потомстве имя Вашего Величества» (50). Прозоровский постоянно чернил имя Новикова, но быть инициатором его ареста не хотел. На вопрос Екатерины: почему он не арестует Новикова? Прозоровский отвечал: стоит лишь ей приказать. Екатерина колебалась: «нет, надо найти причину» (51). Причина вскоре нашлась. В 1788 г. появилась книга «История об отцах и страдальцах Соловецких, якоже за благочестие, святые церковные законы и предания пострадали, тут же челобитная монахов Соловецкого монастыря к царю Алексею Михайловичу, повесть о Белом клобуке и другие статьи», в духе раскольничьей литературы. Она, кроме прочего, противоречила указу 27 июня 1787 (напечатана не в синодальной типографии). Неизвестно, кем и где она была издана. Но нашелся повод приписать ее мартинистам. 13 апреля 1792 г. указ Екатерины Прозоровскому: недавно в продаже появилась книга, напечатанная церковным шрифтом, содержащая разные раскольничьи сочинения, противные духу православия и правительству; заглавный лист выдран, но в других подобных книгах значится. что издана в Гродно; можно полагать, что она печаталась в Москве, скорее всего у Новикова, который, как слышно, завел у себя в подмосковном имении типографию, независимую от Московской. Предписываю командировать в подмосковную типографию одного из советников судебных палат и из заседателей верховного земского суда, которые там произведут внезапный обыск; если будет найдена упомянутая книга или церковные шрифты, это послужит достаточным доказательством, что Новиков ее издатель; тогда он должен быть лишен права содержать типографию и подвергнуться взысканию за нарушение законов. Для открытия истины следует Новикова взять под присмотр и допросить, а также исследовать, каким образом, не получив никакого наследственного значительного имения, он считается теперь владельцем весьма достаточным; и может ли доказать при этом свое бескорыстное поведение. Прозоровскому предписано донести обо всем, что откроется, «обстоятельно и немедленно» (51). Прозоровский, не открывая причины, поручил доверенному лицу купить книгу; тот привез какую-то книгу о раскольниках, но не ту, которая требовалась, и все найденные экземпляры «Новой Киропедии», которая конфисковалась прежде. Прозоровский решил, что Новиков ее вновь перепечатал. Появилась причина для ареста. 22 апреля три человека, по приказу Прозоровского, отправились в подмосковное имение Новикова Авдотьино и произвели там обыск. Все бумаги и книги были конфискованы. Но в доме не оказалось никаких признаков типографского производства, церковных шрифтов. Новиков потрясен обыском. У него начинаются спазмы, обмороки. Он просит об исповеди и причащении. В просьбе ему отказано. Но всё же сочли положение его опасным, в город не повезли, оставили в Авдотьино, под присмотром городничего. Сами же, с конфискованными книгами и бумагами, отправились в Москву, где передали их 23 апреля Прозоровскому.