Одновременно с проверкой в Авдотьино, 22 апреля провели обыски и в Москве, в бывшем компанейском доме, в книжной лавке Новикова, в магазине его типографии, во всех вольных книжных лавках. Обнаружено 20 книг, не указанных в печатных каталогах, скрытно продававшихся, хотя и запрещенных в 1786-87 гг., а также 48 книг, напечатанных без цензурного дозволения. Лавки опечатали, хозяев их арестовaли. Один из них, Кольчугин, имевший 3 лавки, который служил кроме того приказчиком в одной из лавок Новикова, сразу признал, что получал от него книги, на 5 тыс. рублей (52). Остальные арестованные сперва не признавались, но потом тоже показали, что получали от Новикова книги, развозили их по ярмаркам и продавали.
23 апреля Прозоровский направил офицера с 12 гусарами в Авдотьино, с приказом караулить Новикова и доставить в Москву, как только тому станет лучше. Те 24-го прибыли в Авдотьино, застали Новикова в болезненном состоянии (обмороки), но его через два часа, в кибитке, под конвоем, отправили в Москву, сразу привезли к Прозоровскому и стали допрашивать (в результате нервного потрясения сын Новикова остался на всю жизнь больным эпилепсией; неизлечимо болела и дочь) (52). Новиков признал, что давал продавать Кольчугину запрещенные книги, в большинстве духовные, так как на них более спрос, но что он давал их для цензуры духовным лицам, а когда те отказались, то полицейским и университетским чиновникам. При допросе обнаружилось невежество Прозоровского: цифры в подстрочных примечаниях — ссылки на священное писание Прозоровский счел за тайные условные знаки: «вот под этими условными знаками скрываются ваши зловредные замыслы и преступные учения; но все это теперь откроется» (53). Передать дело Новикова в суд всё же не решились: слишком мало было доказательств его вины («сделанные ему допросы препроводить в суд нельзя», «надо делать новые в особой комиссии из доверенных лиц»). Обошлись без суда и новой комиссии. 10 мая Екатерина приказала Прозоровскому отправить Новикова в Шлиссельбургскую крепость. Он прибыл туда под сильным конвоем и помещен в каземат. Несколько раз его допрашивал начальник Тайной канцелярии С. И. Шешковский. Речь шла о масонах, разных политических подозрениях, о книгах Новикова, запрещенных в 1786 г. Тот отвечал, что книг он заново не перепечатывал, что переводчиков их не знает, что никаких других книг, кроме взятых под арест, не печатал, что имен авторов никогда не таил. Любопытно, что его никогда не спрашивали о той книге, которая была поводом для всей истории. Не выяснилось ничего, за что бы можно было предать его законному суду. Поэтому 1 августа 1792 г. выходит именной указ Екатерины: хотя Новиков не открыл тайных замыслов своих, но всех обвинений, изложенных в 6 пункте, достаточно, чтобы подвергнуть его «по силе законов тягчайшей и нещадной казни»; однако императрица, следуя свойственной ей человечности и желая оставить Новикову время для покаяния, ограничилась приказом «запереть его на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость» (53). Новиков пробыл там до воцарения Павла, который в первый же день вступления на престол приказал его освободить. За время пребывания в Шлиссельбурге Новиков превратился из крепкого человека в больного старика. Он поселился в Авдотьино, где умер в 1818 г.