Надо сказать, что, рассматривая оборонительные возможности корабля, С.О. Макаров очень мало внимания уделяет борьбе с пожарами. В отличие от непотопляемости — науки, основоположником которой он был, говоря о борьбе с пожарами, он практически не делает глубокой научной проработки и расчётов. Он лишь фиксирует такие положения, как уменьшение пожароопасности уборкой деревянных деталей с палуб вниз под броню и подготовки средств тушения пожаров, чтобы по меньшей мере ликвидировать возгорания сразу же после их возникновения. Хотя если на всех кораблях перед Цусимой даже это было выполнено, то потери были бы меньше. Живучесть, считал Макаров, обеспечивается исправлением повреждений, резервированием, эшелонированием и многими другими решениями, часть из которых он рассматривает. Разработки Макарова по непотопляемости можно свести в две группы: мероприятия по ликвидации пробоин и обеспечению непотопляемости пи постройке кораблей. Первая группа включает в себя борьбу с креном и ликвидацию поступления воды, вторая часть включает в себя создание системы магистральных труб, разработку таблиц непотопляемости, тренировку личного состава на УТС (учебно-тренировочных судах), испытания переборок наливом воды. В частности, Макаров предусмотрел необходимость спуска воды с палуб в трюм (гибель в Цусиме некоторых броненосцев связана с невыполнением этого требования). Макаров начал разработку проблем аварийной остойчивости, но они не могут считаться решёнными полностью и по сей день.
Принципами непотопляемости, сформулированными А.Н. Крыловым по идеям С.О. Макарова, являются:
1. Непотопляемость корабля обеспечивается его запасом плавучести, т.е. объёмом надводной части до верхней из водонепроницаемых палуб. Подразделение трюма на части переборками служит для использования запаса плавучести (Макаров требовал доведения водонепроницаемых поперечных переборок до верхней палубы, гибель в 1956 г. ЛК «Новороссийск» была ещё одним подтверждением этого требования).
2. Остойчивость при повреждениях обеспечивается соответствующим подразделением надводной части, подразделением трюма (двойного дна) и системой затопления отделений для выравнивания. Подразделение на отсеки должно определяться расчётом, критерий которого — чтобы корабль тонул не переворачиваясь (требование принимать воду внутрь корабля, чтобы он не утонул, с трудом нашло понимание в головах моряков того времени).
3. Всякое повреждение надводного борта уменьшает запас плавучести и остойчивости, желание обеспечить его — достигается изменением бронирования. Исходя из этого требования, была выдвинута идея, что броневая цитадель корабля обеспечивает не только защиту погребов и машин, но и служит для достижения непотопляемости корабля. Поэтому желателен сплошной бронированный борт по всей ватерлинии.
Для реализации идей Макарова были разработаны таблицы непотопляемости, позволяющие сохранить посадку затоплением отсеков.
Не менее важны и другие его разработки: пластыри, позволяющие ликвидировать большие поступления воды (таранные), специальные «намордники» (специальные кранцы по современной терминологии) на тараны, которые были внедрены им во время командования Средиземноморской эскадрой для защиты от навигационных аварий. Большое внимание уделял Макаров подготовке личного состава. Им было предложено создание УТС, он резко выступал против шаблона в проведении учений. В своей книге «Рассуждения по вопросам морской тактики» он приводит яркий пример аварии на броненосце «Гангут», когда пластырь в рекордный срок завели справа у ватерлинии (где его устанавливали на каждой тренировке). Но это было бы чудом, если бы он помог, ведь пробоина была слева у киля…
Макаров планировал изучение непотопляемости и занятия на моделях кораблей. Он сам проводил подобные эксперименты при проектировании «Ермака» и сравнении его с «Викторией».
К сожалению, не все идеи адмирала получили должную оценку руководства флота и не все из них нашли воплощение в конструкциях кораблей. До сих пор гибель многих кораблей связана с потерей ими остойчивости. Так, гибель советских ПЛА К-8 и «Комсомолец» связана с потерей не поперечной, а продольной остойчивости.