На территории Японии находился целый ряд лагерей. Самый маленький по числу пленных — лагерь в Сидзуока (по 60 солдат и офицеров), самый большой — в Осаке — 17 597 человек{241}. Хотя за пленными ухаживали японские врачи (российских врачей, взятых в плен через Красный Крест, передавали России), но многих раненых выходить не удалось. Пленных умерших от ран и болезней хоронили близи расположения лагерей, обычно на местных кладбищах. Поскольку содержание каждой отдельной могилы обеспечить было нереально, после заключения мира были предпринят меры по упорядочению захоронений.
Руководством работами по перезахоронению на территории Японии занимались военные дипломаты полковник В.К. Самойлов и старший лейтенант А.Н. Воскресенский. В мае 1909 г. Самойловым было проведено с разрешения японского командования изучение тех мест, где находились могилы российских воинов. Проехав по территории Японии 10 000 вёрст, Самойлов составил карту расположения захоронений. Всего было установлено 59 мест захоронения российских воинов{242}. Всего в захоронениях находилось, по данным В. Гузанова, 484 тела (306 сухопутных чинов и 178 моряков){243}. По донесению полковника Самойлова, до начала поисков было известно о том, что в Японии похоронены 373 тела нижних чинов и неизвестны места погребения 3 нижних чинов, умерших на госпитальных судах. По сведениям Морского ведомства, в Японии находились захоронения 97 моряков, из которых 78 неизвестных, тела которых выброшены морем. Всего погребено 462 тела. Захоронения находились по всей Японии от Хиросаки на севере до Кумамото на юге. На островах Цусима и Оки в 34 местах находились захоронения выброшенных морем матросов, погибших в морских сражениях. Могилы содержались хорошо, но на островах без соответствующего наблюдения приходили в запустение. Планировалось перенести 230 тел на три главных военных кладбища; 218 в Нагасаки, для погребения в установленной там братской могиле, 4 могилы на о. Сикоку было признано более удобным перенести на кладбище в Мацуяме, 8 могил (1 из Оцу и 7 из Фусики) было ближе всего перенести на кладбище в Хамадера. На трёх главных кладбищах, таким образом, должно было находиться: в Хамадере[45] — 97 могил, в Мацуяме — 101 могила, и в Нагасаки, в деревне Инаса, — 248 могил, из них 30 отдельных. Кроме трёх названных кладбищ планировалось сохранить 12 отдельных захоронений, на которых уже сооружены памятники: близ г. Сайга (острова Оки), где местными жителями сооружён памятник на городском кладбище похороненным здесь неизвестным морякам, в г. Тойохаси, где на могиле двух нижних чинов сооружён памятник на средства капитана Гобято, и, кроме того, находящиеся на городских кладбищах могилы двух офицеров — поручика Ясевича близ Кумамото, где местными католиками был поставлен памятник и поручика Лазарева близ Сидзуока, где памятник сооружён местными православными. Кладбище в Хамадере содержится на пожертвования местных жителей, а кладбище в Мацуяме — собственность японского военного ведомства{244}. Перенесение праха 252 воинов было проведено с 20 по 25 июня 1909 г.{245}
Четырнадцатого сентября 1909 г. состоялось торжественное открытие и освящение памятника на кладбище в Нагасаки. Для проведения церемоний японским командованием были назначены корабли: крейсер 2-го ранга «Идзуми» и 4 эсминца. А также рота морского десанта, 2 батареи тяжёлой артиллерии (для перевозки гробов на лафетах) и морской оркестр из военно-морской базы в Сасэбо{246}. В Нагасаки на братской могиле был установлен памятник с надписью: «РУССКИМ ВОИНАМ И МОРЯКАМ, ПОГИБШИМ В БОЯХ И УМЕРШИМ В ЯПОНИИ В ВОЙНУ 1904—1905 годов. Сооружено в 1909 году». Далее шло перечисление 171 фамилии с указаниями дат смерти, а также надпись: «Моряков — Алексея, Якова и 79 — ИМЕНА ИХ-же ГОСПОДИ ТЫ ВЕСИ»{247}.
Пожертвованиями частных лиц и взносами государства на кладбищах сооружались памятники и культовые сооружения (церкви и часовни). Памятники сооружались как от имени российского правительства, так и от имени правительства Японии. Устанавливались они как на кладбищах, так и в некоторых местах боёв. Например, на месте гибели героя обороны Порт-Артура генерала Р.И. Кондратенко планировалось установить памятную плиту. Японские власти не только дали подобное разрешение, но и посоветовали изготовить её в России, поскольку это обошлось бы дешевле, чем на месте или в Японии{248}. В качестве памятников строились и кладбищенские церкви. Так, в Мукдене на кладбище был сооружён храм «Во имя Христа Спасителя» с иконой Спаса Нерукотворного — точной копией с образа в домике Петра I{249}. В Осаке в память павшим воинам была сооружена церковь во имя Покрова Пресвятые Богородицы, освящённая архиепископом Николаем. Памятником погибшим в японских водах морякам был также сооружённый в Санкт-Петербурге храм Спаса-на-Водах. В сооружении памятника принимала участие и царская семья. Так, «королева эллинов» Ольга Константиновна лично запрашивала у морского министра адмирала Григоровича списки погибших{250}. В этом храме на специальных досках находились списки моряков, погибших в боях на море во время этой войны.