Первым агентом русской разведки в Японии был французский подданный Анри Обер, инспектор Русско-китайского банка на Дальнем Востоке, первое донесение из Иокогамы от которого было получено в мае 1904 г. Наиболее ценным информатором был корреспондент газеты «Фигаро» Бале, рекомендованный Павлову французским консулом. Благодаря французским дипломатам с ним осуществлялась связь. То есть Бале был явно двойным агентом, действовавшим с разрешения французских властей и поставлявший информацию как России, так и Франции. Имея возможность бывать в портах, на верфях, где ремонтировались японские корабли, и т.п., он мог поставлять данные о мобилизационных планах; потерях, как сухопутных войск, так и флота; отправке войск в Корею и Маньчжурию; о состоянии береговой обороны; о ходе ремонта повреждённых кораблей и перемещениях кораблей 1-го и 2-го рангов. Сведения об этом он получал как из личного наблюдения, так и бесед с высокопоставленными чиновниками и руководителями военного и военно-морского ведомства. Всего за девять с половиной месяцев им было передано 30 обширных донесений{113}. Наблюдение в Гонконге вел консул К.Ф. Бологовский, в прошлом выпускник Морского корпуса 1890 г.
Он в основном отслеживал передвижения японских морских офицеров в Европу и британские владения в Центральной Азии. Удалось также получить сведения, что о состоянии русской эскадры в Порт-Артуре японцы получают сведения от британской агентуры (журналистов), передаваемые через китайские джонки.
К сожалению, деятельность агентурной разведки понесла непоправимый урон из-за преступной беспечности и нераспорядительности штаба наместника в Мукдене, оставившего при отступлении в марте 1905 г. японцам документы, позволившие им вскрыть большую часть агентурной сети (шифры и сведения о заграничных агентах). Пришлось в апреле отзывать самых информированных агентов Обера и Бале из Японии, а других информаторов «заморозить». Утрата шифра привела к приостановке переписки с сухопутным военным командованием. Причём вред, нанесённый этой ошибкой, был тем неприятнее, что агентурная сеть в Японии оказалась парализована именно в момент приближения к японским берегам 2-й Тихоокеанской эскадры. Была разгромлена и агентурная сеть уполномоченного Министерства финансов и члена правления Русско-китайского банка статского советника Л.Ф. Давыдова; японцы до середины июня арестовали до 20 его агентов, часть их впоследствии была казнена. Хотя русской агентуре удалось получить некоторые сведения, представляющие интерес для планирования военных действий, и даже провести несколько диверсий в тылу японской армии, её действия не могли дать (в силу хотя бы специфики своей деятельности) данных, необходимых морскому ведомству для контроля за обстановкой у российских берегов. Обращает на себя внимание малый объём данных о перевозках в Японию, что затрудняло планирование действий крейсеров на коммуникациях.
Как отмечают в своих воспоминаниях участники Русско-японской войны, разделение ответственности за военно-морские базы между морским и сухопутным ведомствами и несогласованность их действий привели к полному пренебрежению развитием сети наблюдения за прилегающими водами и связи между кораблями в море и обороняющими берег войсками{114}.