С началом войны на входном фарватере были установлены фугасы с электрическим подрывом.
Сил, имеющихся в крепости, было недостаточно для надёжной обороны всего района, ведь противник мог захватить и другие районы на побережье, поэтому требовались маневренные силы, которые мог предоставить флот. Хотя Николаевск создавался как база флота, после переноса главного порта во Владивосток здесь постоянно базирующихся морских сил не было (для минных постановок могли применяться только плавсредства крепости). С началом войны возникла необходимость в переброске в Николаевск-на-Амуре боевых кораблей для атак флота противника в море. В качестве боевых единиц были избраны миноноски, построенные после Русско-турецкой войны 1877—1878 гг. Десять из них были переброшены с Балтики, а четыре из Владивостока (всего в разное время во Владивостоке находились 9 миноносок). Девять из них имели аппараты для торпед (мин Уайтхеда), а пять — для метательных мин. Каждая из миноносок помимо минных аппаратов имела по два 37-мм орудия. Их водоизмещение составляло 23 т. Максимальная скорость, достигнутая на испытаниях, составляла 13 узлов. Недостатками миноносок были чрезмерная для устья Амура осадка и выступавшие на 76 см ниже киля руль и винт. Из-за одного винта была низкая манёвренность. Миноноски Сибирской флотилии имели неподвижные ТА, что снижало их боевые возможности. Поскольку миноноски были уже устаревшими кораблями, в США заказали партию из 10 моторных катеров фирмы Никсона. Но до конца боевых действий они на Дальний Восток не попали и после войны были оставлены на Балтике. Рассматривался вопрос о переброске на Амур теплоходов «Вандал» и «Сармат» с Волги для превращения в плавучие батареи. Кроме миноносок в Николаевске во время войны находились транспорты «Тунгуз» и «Камчадал», в мирное время занимавшиеся охраной природных ресурсов региона. Эти пароходы был вооружены 4-фунтовыми орудиями.
На Амур была отправлена и подводная лодка лейтенанта Яновича, переоборудованная из педальной подводной лодки Джевецкого{127}. Переоборудование лодки производилось за счёт Особого комитета по усилению флота на добровольные пожертвования. Из его средств были выделены 11 тыс. рублей. На эту лодку установили бензиновый двигатель мощностью 14 л.с. (для этого в корпус врезали дополнительную 2,5-м вставку, увеличив длину корпуса в полтора раза), и она участвовала в обороне устья Амура. Для неё из числа матросов Сибирского флотского экипажа дополнительно отправили на Амур трёх человек — они и стали первыми тихоокеанскими подводниками, ведь остальные моряки попадали на лодки ещё на Балтике{128}. По специальности это были сигнальщик, марсовый и строевой матросы. Остальные чины — минно-машинный квартирмейстер, минный квартирмейстер и минные машинисты — были из состава 8-го флотского экипажа. Лодка Яновича (катер малой видимости) «Кета»[20] не могла полностью погружаться под воду, для работы бензинового двигателя на поверхности должен был оставаться всасывающий патрубок подачи воздуха к мотору. Из-за этого её иногда называют полуподводной лодкой. Но лодка могла погружаться на несколько минут под воду (за это время она проходила 4 — 5 каб.), погружаясь на глубину до 8 м, используя для работы двигателя запас воздуха из корпуса лодки. Однако такие нырки приводили к опасному разрежению атмосферы в лодке и считались нежелательными. После испытаний силовую установку на лодке заменили более мощной. Планировалось вооружить подводную лодку 37-мм орудием, но, по данным исторического отчёта её командира, на ней были установлены два двигателя по 60 л.с., две торпедных решётки и пулемёт.
20
Иногда встречается написание названия этого корабля как «Кэта» в соответствии с принятой в начале XX века орфографии. В источниках приводятся различные данные по двигателям и вооружению. Например, в книге