В годы войны Н. Гудим получает свою первую награду — орден Св. Станислава 3-й степени. В формулировке награждения указано, что оно проведено за отличия во время военных действий, но награда дана без мечей (не за боевые заслуги). Но по окончании военных действий наш герой расстаётся с воздухоплаванием. Интерес к нему в ВМФ упал, воздухоплавательное имущество передаётся армии, а в ней основным назначением этой техники считалась служба в крепостях. Пассивная служба в крепости — не для деятельной натуры Гудима, а тут ещё одна напасть нашего флота наложила свой отпечаток — служба в береговых частях не позволяла выслужить необходимый для получения очередного морского звания плавательный ценз. Если офицер не набирал необходимого числа дней плавания, то вместо флотского лейтенанта он мог стать штабс-капитаном по Адмиралтейству со всеми вытекающими из этого ограничениями возможного продвижения по службе. По этой причине в сентябре 1905 г. по его просьбе мичман Гудим назначается вахтенным начальником крейсера «Россия», на котором он возвращается на Балтику. Тогда же он получает очередной чин лейтенанта. Опыт же использования аэростатов в морском флоте будет обобщён им и опубликован в виде статьи в журнале.
После прибытия на Запад корабль становится в длительный ремонт с модернизацией, а мичман Гудим находит себе новое интересное дело. Во время Русско-японской войны во Владивостоке вели боевые действия принципиально новые военные корабли — подводные лодки. Они охраняли город от возможного нападения флота восточной империи, и у Н. Гудима была возможность ознакомиться с этой военно-морской новинкой.
Тридцатого сентября 1906 г. в подводный класс был назначен новый слушатель, и 18 октября Н. Гудим прибыл в Либаву для обучения, начавшегося на следующий день. Уже в мае 1907 г. Гудим был назначен командиром подводной лодки «Скат», и 13 мая убыл во Владивосток с эшелоном нижних чинов. После прибытия в столицу Приморья 15 июня он вступает в командование подводной лодкой. Помимо своего корабля из-за недостатка офицеров приходится командовать и другими ПЛ, участвовать в комиссии по разбору беспорядков (выступлений солдат и матросов во время 1-й русской революции), совмещать командование кораблём с исполнением обязанностей штабного специалиста. Во время службы во Владивостоке Н. Гудим был награждён очередными наградами (орденом Св. Анны 3-й ст. и медалью за участие в Русско-японской войне) и был включен в список офицеров подводного плавания. В 1910 г. он возвращается на Балтику и вновь исполняет обычные обязанности офицера-подводника того времени. Нехватка кадров в то время была столь велика, что на одного офицера выпадало исполнение обязанностей сразу по нескольким должностям. Помимо командования ПЛ «Окунь» ему приходится временно исполнять обязанности флаг-офицера и ревизора дивизиона, штурманского офицера бригады, командира ПЛ «Кайман». В 1912 г. его назначают командиром ПЛ «Дракон» — эта лодка в то время относилась к самым крупным субмаринам отечественного флота. А новый командир этой лодки получил новое звание — старший лейтенант. Назначение это не было случайным. В 1912 г. на манёврах «Дракон» не смог даже погрузиться при приближении цели, а при атаке не смог занять позицию для стрельбы. «Кайман» же под командованием Гудима отличился, и его послали исправлять положение.
С началом Первой мировой войны лодки типа Лэка считались устаревшими и не привлекались к действиям в открытой части моря. Их задачей считалось прикрытие столицы (Петрограда) с моря. Надо сказать, что служба подводников в то время была исключительно тяжела. Даже небольшие волны заливали ограждение рубки, отдохнуть было практически негде, бензиновые двигатели были взрывоопасны, устарелые лодки плохо держались в шторм. Ведь ещё при постройке этих лодок выяснилось, что их конструкция рассчитана с ошибками, и для обеспечения достаточной плавучести их пришлось обшивать деревом и снимать часть оборудования. Однако, как это часто бывает в истории, именно лодки этого типа достигли первого в истории отечественного подводного флота успеха. Действуя с Аландских островов, они перехватывали суда, идущие вдоль шведского побережья с грузом железной руды в Германию. Этими старыми лодками в 1915 г. были остановлены и приведены в российские порты три германских судна. Но в это время (в январе 1915 г.) Н. Гудим получил новое назначение — на самую современную ПЛ в составе Балтийского флота «Акула».