Не принял надлежащих мер секретности и безопасности штаб командующего союзным флотом адмирала Джеррама. Из базы вечером вышел голландский пароход с капитаном, знавшим всю систему охраны базы. Подходы к порту патрулировали два французских эсминца, на входе, в качестве брандвахты, стоял лоцманский катер. У пирсов стояли французские и британские корабли.
Пользуясь ночной темнотой, имея для маскировки ложную четвёртую трубу, «Эмден» вошёл на рейд Пенанга. Войдя в порт, германский крейсер сблизился с «Жемчугом». Его приближение было замечено русскими сигнальщиками, и вахтенный офицер вызвал наверх старпома. Первым узнал корабль боцман, неоднократно видевший германца в портах Азии. Но было поздно. «Эмден» выпустил торпеду, которая попала именно в то котельное отделение, где находились действующие котлы. Корабль обесточился, и на нём погасло освещение. От взрыва и сотрясения корпуса произошла ещё одна неприятность. Связана она с тем, что на крейсере было допущено на первый взгляд незначительное нарушение — ключи от артиллерийских и торпедных погребов, находившиеся в каюте старшего офицера, хранились не в шкафчике (как это предписывалось уставом), а висели на крючках. От сотрясения их сбросило на палубу, а в темноте Кулибин не мог их найти. Несмотря на неразбериху, экипаж вступил в бой. Вахтенный офицер открыл огонь из дежурного орудия; несмотря на отсутствие ключей, матросы взломали замки на двери погреба и начали подачу снарядов наверх. Всего удалось подать два снаряда. В это время «Эмден», обстреливавший город и порт, решил окончательно разобраться с «Жемчугом». Развернувшись, германский командир выпустил вторую торпеду, которая решила судьбу русского крейсера. Потопив подвернувшуюся на пути шаланду, рейдер направился к выходу из базы. Там ему встретились французские корабли. Артиллерийским огнём германские комендоры потопили миноносец «Муске» (мушкет), а миноносец «Пистоле», пытавшийся преследовать противника, потерял с ним контакт в полосе дождя.
Капитан 2-го ранга Черкасов, услышав артиллерийские залпы, попытался пробраться в порт, но, прибыв туда, увидел лишь торчащую из воды мачту своего корабля. Поскольку дело происходило в порту, большинство моряков было спасено. Впоследствии моряки Сибирской флотилии работали по подъёму с затонувшего корабля артиллерии, при этом погибли водолазы.
После прибытия команды в Россию над командиром и старшим офицером был суд. По приговору Кулибина разжаловали в рядовые, а Черкасова приговорили к заключению в крепости. По ходатайству жены приговор изменили, и Черкасов в качестве рядового был отправлен на Кавказский фронт для службы на флотилии, действовавшей на озёрах Закавказья. Кулибин, действуя в морской пехоте на фронте, заработал Георгиевский крест, был восстановлен в звании и служил на тральщиках Балтики. Командир был помилован Временным правительством в ходе амнистии в апреле 1917 г.
А «Эмден» попытался уйти из Индийского океана, напоследок хлопнув дверью. Его командир решил уничтожить телеграфный кабель, связывающий Австралию с Европой. Для этого был высажен десант на острова Кокос, где находилась радио- и телеграфная станция. Однако персонал радиостанции успел передать сообщение о нападении в эфир до того, как десант уничтожил её. Радиограмма была принята находившимся неподалеку войсковым конвоем, в охранении которого находился крейсер «Сидней». Этот корабль полным ходом направился к островам. Мюллер попытался уйти, но после артиллерийского боя, в котором у германских моряков не было даже шансов на победу — столь велико было преимущество британского корабля в скорости и вооружении, горящий «Эмден» выбросился на риф, где его останки находятся до сих пор. Этот бой стал первой победой молодого австралийского флота[25].
25
Но, что интересно, во Второй мировой уже новый «Сидней» допустил непростительную беспечность и погиб со всем экипажем в бою с германским вспомогательным крейсером «Корморан», подпустив его на малую дистанцию.