Из года в год в северную часть Тихого океана уходили корабли Сибирской флотилии. Наиболее часто для патрулирования этих вод применялись мореходные канонерские лодки и военные транспорты, как обладающие достаточной мореходностью и автономностью. Обычно к подходу стада котиков к о. Тюлений туда высаживались моряки, имевшие запас продовольствия на 1,5 года, а осенью, с уходом котиков в море, караул снимался. Нахождение в карауле приравнивалось к плаванию на корабле, и офицер — начальник караула получал выслугу в морском цензе, что было немаловажно в то время.
Однако надёжной защиты меховых промыслов обеспечить не удалось. Как вскрыл в 1895 г. вновь назначенный начальник порта контр-адмирал Энгельм, караул часто вступал в сговор с промысловой артелью и вместо секачей и холостяков допускал забой самок и котят, да и сами забивали некоторое количество котиков, контрабандно переправляемых в Лондон Лейтенант Тобизин (начальник караула 1894 г.) пытавшийся расплатиться шкурами котиков, добытых его подчинёнными, за испорченный провиант и, пойманный на незаконном промысле, был отдан под суд. Суд закончился ничем из-за гибели главного подозреваемого. Лейтенант покончил жизнь самоубийством, и, хотя было установлено, что им было забито и продано за границу 3000 котов, без главного подозреваемого и свидетеля завершать было нечего{30}.
По инструкции для командира крейсера 1899 г. американским судам запрещалось приближаться на 30 миль к Командорским островам и о. Тюлений, а к побережью Сибири — на 10 миль, задержанные суда должны были передаваться куттерам Береговой охраны США{31}.
После того как в 1891 г. Великобритания (Канада) и США запретили бой морского зверя в восточной части Берингова моря в российских водах увеличилась активность браконьеров. С середины 90-х гг. XIX века было несколько случаев захвата браконьеров на о. Тюлений караулом. Так, 26 июня 1901 г. отличился караул под командованием штабс-капитана по Адмиралтейству Феклина. Предводителем браконьерской артели оказался бывший служащий компании Хатчинсона Г. Томсен, знавший режим охраны о. Тюлений. Он решил сам организовать промысел и купил шхуну{32}. В 1902 г. 25 октября была задержана группа браконьеров со шхуны «Ишикава-мару». Они спустили на воду вельбот и пытались тайно высадиться на остров, но, перехваченные караулом, сдались без сопротивления{33}.
Помимо русских кораблей в 30 милях от Тюленьего крейсировали английские корабли и иногда даже американские. Так, в 1894 г. начальник караула доносил о появлении английских КЛ «Пловер» и «Редпол»{34}. Увеличение зоны охраны позволило улучшить охрану ценного зверя, захваты браконьеров участились и патрульными кораблями. После Русско-японской войны Тюлений перешёл к японцам, и эпопея его защиты флотом была завершена.
Тяжёлыми были условия плавания патрульных кораблей у берегов Берингова моря. Архивные дела хранят описания таких походов. Дело в том, что военных кораблей постоянно не хватало, ещё в 1884 г. комиссия под председательством контр-адмирала Кроуна пришла к выводу о необходимости учреждения специальной таможенной крейсерской флотилии. В ней необходимо иметь 2 таможенных крейсера (это аналог американского куттера — судна сравнительно небольшого водоизмещения) и несколько военных постов{35}, но специальные таможенные суда появились на Дальнем Востоке только перед Первой мировой войной. Это были специальные охранные суда (иногда их относят к классу таможенных крейсеров[5]) «Лейтенант Дыдымов» и «Витус Беринг». Они числились за Приамурским управлением государственных имуществ и приступили к охране морских промыслов с 1907 г. и несли специальный кормовой флаг{36}. Для охраны котиковых лежбищ на Командорских островах с конца XIX века выставляется специальный пост от Министерства внутренних дел. Старший надзиратель за котиками этого поста Н.Н. Лукин-Федотов в 1905 г. успешно руководил обороной острова от японцев{37}.
Из-за малого состава Сибирской флотилии приходилось посылать случайные корабли. Так, в 1887 г. в состав кораблей Сибирской флотилии вошёл построенный в Норвегии специальный минный заградитель «Алеут». По своему парусному вооружению он именовался шхуной Корабль предназначался для постановки и охраны минных заграждений у Владивостока. Для этого он снабжался двумя паровыми катерами. Он имел водоизмещение 842 т и скорость 12 узлов. Автономность по углю у него была всего трое суток, поэтому для дальних переходов приходилось грузить уголь в специальных мешках (вместимость около 6 пудов каждый). Их было заказано 300 штук{38}. Во время перехода на Дальний Восток корабль выдержал сильный шторм в Атлантическом океане. Видимо, это подвигло морского министра отправить 13 августа этот корабль для осмотра Берингова моря и снятия в конце октября караула с о. Тюлений{39}. По плану после осмотра Берингова моря «Алеут» должен был до 25 октября 1887 г. снять караул с острова. Однако в назначенный срок караул снят не был, для его перевозки был направлен корвет «Витязь» под командованием С.О. Макарова, а в отношении шхуны появилось предположение, что она затёрта льдами в северных широтах. Были отправлены задания всем консулам в портах США для опроса моряков и выяснения судьбы «Алеута». Моряки шхуны «Элиза» сообщили, что встречали российский корабль у берегов Чукотки в районе залива Провидения. Руководство мероприятиями по оказанию помощи морякам взял на себя император Александр III. Местными властями на Чукотке и Камчатке были высланы специальные команды для осмотра побережья, были заложены склады продовольствия в местах, где мог высадиться потерпевший бедствие экипаж. Но 7 декабря поступило сообщение о возвращении «Алеута», задержанного штормами, в Петропавловск-Камчатский. Начатые поисковые мероприятия были свёрнуты. На компенсацию убыли в связи с этими мероприятиями (павших собак, закупленные припасы и т.д.) пришлось потратить 1038 руб. 59 коп.{40} В телеграмме к управляющему Морским министерством царь писал: «Благодарю за истинно радостное известие. Слава Богу, что “Алеут” вернулся благополучно. Весьма интересно будет прочесть рапорт командира Александр»{41}.