На пенсии Яков Осипович купил себе поместье в Новгородской губернии, но не ужился с соседями, продал своё имение и жил в городе. С братом они поддерживали переписку, от него в подарок он получил книгу о плавании «Ермака» в полярные моря, его Степан Осипович назначил душеприказчиком в своём завещании при уходе в поход на «Витязе». Умер Яков Осипович в 1909 г.
Но непонятно, почему плавание с братом продолжалось всего месяц? Ответ на это, как мне кажется, можно найти в воспоминаниях академика А.Н. Крылова, посвященных С.О. Макарову. В них рассказана история о том, как при выходе из Петербурга по морскому каналу из-за внезапного стопорения машины только молниеносная реакция командира и отработка экипажа позволили отдать якорь и остановить «Витязь» в полутора метрах от стенки канала.
Вызванный на мостик механик пытался оправдаться, что у него перегревались подшипники и была угроза выхода из строя машины. Но С.О. Макаров заявил, что остановка машины может быть произведена только по разрешению мостика, а механика приказал посадить под арест в каюте до прихода в Кронштадт, он был предупреждён, что ему нет доверия, а по приходе он будет списан с корабля. В воспоминаниях А.Н. Крылова этот случай относится к 1886 г., когда Яков на «Витязе» уже не служил, но в этот год в плавание корвет вышел из Кронштадта, а в историческом журнале корабля нет данных о смене такого специалиста, как инженер-механик корабля. В документах всего плавания им являлся штабс-капитан Загуляев{179}. Скорее всего, так как А.Н. Крылов писал брошюру через 60 лет после события, то дату указал неверно. Мне думается, что карьеру своему брату Степан Осипович портить не стал. Дело было оформлено, как бы это сейчас сказали, «по собственному желанию», а брата перевели с повышением
Женился С.О. Макаров после Русско-турецкой войны 1877—1878 гг. Со своей будущей женой он познакомился на борту находившегося под ею командованием «Великою Князя Константина», когда перевозил семьи русских дипломатов в Одессу. Капитолина Николаевна Якимовская воспитывалась в иезуитском монастыре в Бельгии, её вкусы и интересы не совпадали с пристрастиями мужа. Но предложение от героя войны, георгиевскою кавалера и флигель-адъютанта императора было принято, а через 5 месяцев после знакомства в Одессе состоялась свадьба. Впоследствии разница в характерах отрицательно сказалась на семейной жизни адмирала. Жена подолгу жила во Франции, быстро тратила заработки мужа, ему, даже отправляясь на войну, приходилось постоянно напоминать ей о необходимости экономии{180}.
В собственной семье адмирала было трое детей. Старшая дочь Ольга прожила недолго. В 1887 г., когда «Витязь» зашёл во Владивосток, его командир получил известие о смерти дочери, «составлявшей его радость и утешение в жизни более чем всё и вся», как вспоминал адмирал А. Вирениус, в те годы старший офицер корвета{181}. Эта девочка была названа в честь королевы Греции, дочери Великого князя Константина Николаевича, генерал-адмирала российского флота. Его имя носил корабль, на котором Макаров прославился своими рейдами по Чёрному морю. Поэтому при крещении дочери Макарова королева была восприемницей, а представляли её посол в Константинополе и жена греческого посланника.