В ноябре 1880 г. С.О. Макаров был назначен старшим воинским начальником в Красноводске. Ему подчиняются там и сухопутные подразделения — столь велика была роль его участка работы в успехе экспедиции. Все задачи по организации перевалки грузов ложатся на его плечи. Через Красноводск идут шпалы, рельсы, платформы для строящейся Закаспийской железной дороги, снабжение и войсковые грузы, дрова и продовольствие, производится эвакуация раненых. За этот, вроде бы незаметный, труд по обработке грузов Скобелев издаёт специальный приказ, в котором благодарит С.О. Макарова и всех каспийских моряков за выполнение порученного им задания. В приказе говорится: «Моряки были и есть герои». Так что героизм не только в том, чтобы участвовать в боях, но и в том, чтобы обеспечить эту возможность другим. Однако и в этой напряжённой обстановке Макарову придётся заниматься исследовательской работой — руководить испытанием опреснителей новой конструкции. При подготовке экспедиции в Петербурге он изучал возможность использования в ней электрических фонарей.
30 августа 1881 г. за труды в Ахалтекинской экспедиции Макаров получает орден Св. Анны 2-й ст. (это та самая чеховская Анна на шею) и медаль в честь взятия Геок-тепе.
Закончилась эпопея, где Степан Осипович с блеском проявил свои административные дарования. Его труд — большая доля того, что вместо отпущенных царём трёх лет экспедиция завершилась на год раньше и сэкономила миллионные суммы.
После составления отчёта о проделанной работе Макарова ждало новое назначение. Оно явилось для него абсолютно неожиданным. Согласно полученному им официальному распоряжению его отправляли для поправки здоровья жены в район с тёплым климатом, каковым «случайно» оказался Стамбул (его тогда в переписке чаще называли старым именем Константинополь). На удивлённый же запрос только что женившегося офицера, даже и не помышлявшего о такой просьбе, ему была вручена секретная инструкция{223}, где ему ставились следующие задачи:
— Собрать сведения гидрографические и метеорологические о берегах Босфора и возможности высадки там десанта, где и какими силами.
— Определить время года и состояние погоды, наиболее благоприятные для этих операций-
— Должно ли предшествовать десанту разрушение с судов каких-либо укреплений, их сила и размеры военно-морских сил, нужных на эти действия и для охранения десанта.
— Изучить, какие наступательные операции могут быть предприняты с моря на Босфоре, какие суда нужны для этого, их число и остальные усилия.
— Изучить возможности нападения миноносками на суда у Золотого Рога, при каких условиях эта операция выполнима, род и число потребных миноносок и прочее.
— Изучить условия заграждения Босфора минами в различных масштабах. Составить план таких заграждений и перечислить необходимые для этого средства.
— Собрать возможно точные и подробные замечания обо всех укреплениях пролива и подступах к нему. Макарову предписывалось: «Вы войдёте в сношения с офицерами Генерального штаба, командированными в Турцию Военным министерством, и окажете им всеми доступными для вас мерами содействие в решении поставленных им задач, равно как воспользуетесь их сведениями в разработке вопросов, указанных вам выше».
Инструкцию и сами действия надлежало хранить в строжайшем секрете от иностранцев, а собранные сведения отправлять в Россию только с судовыми (корабельными) офицерами.
Поводом для столь спешных работ в Босфоре было ухудшение отношений с Англией после занятия нашими войсками Геок-тепе, т.е. соперничество в борьбе за Центральную Азию, которое могло перерасти в открытое столкновение между двумя крупнейшими империями. У русских же на памяти были события Восточной (Крымской) войны, когда весь юг России оказался под угрозой ударов английского флота, вошедшего в Чёрное море. Кроме того, другие иностранные державы (например, Германия) начали проводить в Босфоре свои исследования. 10 октября 1881 г. посольство в Турции доложило об этих исследованиях, а уже 15-го самому боевому офицеру флота сообщили, что здоровье его жены «требует назначения его командиром «Тамани». Задачи, поставленные С.О. Макарову, были сложны, и, давая их, в Морском министерстве, видимо, считали, что дают направления работы, в каждом из которых если и будет сделано что-нибудь, то уже хорошо. Макаров же, не откладывая дел в долгий ящик, так организовал работу своих подчинённых и прежде всего офицеров, трудясь сам больше всех, что поставленные задачи с блеском были разрешены. Были собраны сведения об инженерных сооружениях, рейдах и якорных стоянках, рыболовстве и мореплавании, вооружённых силах Турции, особенно в районе Босфора. Подготовлены планшеты для командиров миноносок, атакующих Босфор с обстановкой на нём. Изучены берега и подобраны места для высадки десанта. В ходе выходов в море вместе с армейскими офицерами Генерального штаба осмотрены берега Румелии и Анатолии, прилегающие к Босфору.