Расходились они и во взглядах на тактику плавания во льдах. Адмирал намеревался идти напролом, а учёный был убеждён, что льды надо обходить, а если и пробиваться, то не напролом, а при помощи взрывов. И, наконец, весьма важным было то, что оба претендовали на руководство экспедицией. Макаров был убеждён, что все вопросы — и административные, и научные, которые будут возникать во время рейса, должен решать только он. Менделеев же не допускал мысли, что во время плавания он будет находиться в подчинении адмирала. Поэтому он настаивал, чтобы все научные вопросы решались самостоятельно руководителем научной группы, который бы имел равные с начальником экспедиции права в выборе маршрута. Кончилось это тем, что Менделеев отказался от участия в экспедиции. Удар для планов похода был тяжёлый. Мало того, что экспедиция лишилась поддержки столь авторитетного лица. Вместе с Менделеевым отказались от плавания на ледоколе и другие члены научной группы. Кроме того, у Менделеева, как руководителя службы мер и весов страны, находились многие научные инструменты, подготовленные для экспедиции. Пришлось срочно подбирать новый научный состав.
Друг С.О. Макарова Ф.Ф. Врангель безуспешно попытался примирить конфликтующие стороны. Менделеев, считая, что он сам построит ледокол, а Макаров — это зазнавшийся выскочка, страдающий манией величия, от сотрудничества отказался. Позже Менделеев предложил выделить ему ледокол, оборудованный нефтяным отоплением, что позволило бы снизить численность экипажа Льды он собирался преодолевать с помощью взрывчатки и установленных на корабле специальных фрез для его резки. для наблюдения за льдами корабль снабжался бы привязным аэростатом. Надо сказать, что проект великого учёного был явно нереален: запас взрывчатки для взламывания льда по всему маршруту был бы столь велик, что его просто негде было разместить на корабле (сейчас взрывчатку для борьбы с ледовыми сжатиями применяют только в крайних случаях); хотя воздушная разведка сейчас неотъемлемая часть ледового плавания (современные линейные ледоколы имеют вертолётный ангар и вертолёты на борту), но привязной аэростат требовал весьма значительной команды (20 — 30 человек) для своего обслуживания, больших запасов химикатов и оборудования для получения водорода и значительное место для своего размещения, что хранение его на ледоколе было нереально; о фрезах уж вообще можно говорить как о фантастике. В сравнении с ними предложения адмирала были более реальными и выполнимыми. Впоследствии, после плавания в Арктику, С.О. Макарову удалось наладить отношения с Дмитрием Ивановичем, адмирал даже подарил ему свою книгу «“Ермак” во льдах», но во время неудач, когда поддержка Менделеева была остро нужна, отношения между ними были не блестящие.
С 8 мая 1899 г. началось плавание в Арктику. Первоначально «Ермак» направился в Ньюкасл для устранения вибрации, подкрепления корпуса и замены ослабевших заклёпок. Макаров наметил большую научную программу. Для её выполнения были подобраны новые специалисты: астроном Пулковской обсерватории Ф.Ф. Витрам для определения координат объектов в Карском море; лейтенант К.Ф. Шульц, будучи старшим офицером ледокола, участвовал в гидрологических исследованиях и занимался киноустановкой и киносъёмкой[43]; геологическими исследованиями должен был заниматься Э.В. Толль, известный полярный исследователь; лейтенант И.И. Ислямов занимался хронометрами и астрономическими измерениями и определением льдов; судовой врач А.Г. Чернышёв производил зоологические исследования; сверхштатный астроном Пулковской обсерватории Б.П. Осташенко-Кудрявцев занимался магнитными измерениями, изучал льды и рефракцию в море; межевой инженер К.А. Цветков производил топографическую съёмку и специально изучал поверхность льдов; художником экспедиции был Е.И. Столица. В работах учёных участвовали и штурманы ледокола. В поход отправился и представитель завода-строителя Галетой. По финансовым причинам не смог пойти в поход А.Н. Крылов (страховая фирма грозила ликвидировать его страховку в случае похода). Для непрерывного измерения и фиксации температуры забортной воды «Ермак» впервые в мире был снабжён термографом.
43
При изучении действий «Ермака» во льдах для фиксации процесса взламывания льда С.О. Макаров впервые в мировой научной практике применил киносъёмку! Был использован аппарат фирмы Патэ.