После краткой стоянки и осмотра в Ньюкасле «Ермак» направился в Баренцево море. В ночь на 8 июня вблизи южной оконечности Шпицбергена ледокол впервые встретился с полярными льдами. При столкновении со льдами в корпусе открылась течь, и Макаров принял решение вернуться в Ньюкасл. При осмотре корабля выяснилось, что сломана одна из лопастей носового винта. После короткого совещания с инженерами было принято решение снять носовой винт как не оправдавший себя в полярных морях. После ремонта, занявшего месяц, адмирал вновь отправился в полярные моря. Но вновь при попытке пробить паковые льды корабль получил повреждения. Во время плавания экспедиция Макарова встречалась с экспедициями других стран, корабль осмотрели знаменитые учёные из разных стран, включая принца Монакского. Сделав ряд научных наблюдений, корабль возвратился назад и 16 августа прибыл в Ньюкасл. Во время плавания в Атлантике кораблю удалось пережить тяжёлый шторм, когда крен достигал 45 — 47°, а частота качки составляла до 16 качаний в минуту. Штормом сбило метеобудку на ходовом мостике, в трюме возник пожар, и лично адмирал руководил ликвидацией последствий аварий.
Возвращение «Ермака» в Ньюкасл вызвало волну выступлений недоброжелателей. Была создана комиссия во главе с недоброжелателем Макарова адмиралом Бирилёвым Ф.Ф. Врангеля поразило то злорадство, с которым бывшие сторонники говорили о неудаче адмирала и сравнивали его с неудачей строительства первого жёсткого дирижабля графа Ф. Цеппелина LZ-1 в Германии. Как всегда, такие критиканы не видели дальше своего носа, и «Ермак» и построенные Цеппелином воздушные корабли уже через несколько лет стали символом своего времени, а некоторым из недругов пришлось на себе испытать силу ударов с воздуха кораблей германского графа. Его имя стало синонимом жёсткого дирижабля и именем нарицательным. Жаль, что такого не произошло с ледоколами. Да и противники Макарова не обратили внимания на тот факт, что корабль совершил длительное плавание во льдах Баренцева моря и доказал возможность активного плавания в замёрзших морях.
Комиссия Бирилёва вела работу не по разбору реального положения дел, а стремилась доказать, что сама идея большого ледокола и его конструкция неверны. Но Макаров не сдавался, и для реабилитации себя в глазах общественного мнения он пишет книгу «“Ермак” во льдах», где опроверг все выводы комиссии. Снятый во время плавания фильм был продемонстрирован царю и членам его семьи с комментариями С.О. Макарова. В это время ледокол завершил ремонт, а фирма начала проектирование новой носовой оконечности для «Ермака» с учётом отказа от носовой машины. Причём эти работы были выполнены за счёт Армстронга.
Вернувшись в Кронштадт, ледокол приступил к работе. Уже 13 ноября ему пришлось выводить из внезапно замёрзшего Морского канала затёртые льдом суда Успешно осуществил «Ермак» снятие с мели крейсера «Громобой» (крейсер вынесло на мель льдом). Особенно отличился «Ермак» при спасении броненосца береговой обороны «Апраксин», выскочившего на камни острова Гогланд Следуя к Гогланду, «Ермак» вывел изо льдов на чистую воду затёртый в них крейсер «Адмирал Нахимов». Уже одни эти события показали необходимость наличия такого корабля в составе флота на Балтике. Стоимость спасённых кораблей многократно превосходила стоимость постройки ледокола. Успехи на Балтике способствовали реальной оценке дел. Созданная постоянная комиссия во главе с адмиралом Чихачёвым признала необходимость усиления его конструкции и проведения нового плавания в Карское море, но не рекомендовала плавания корабля в высоких широтах. В это время «Ермак» вошёл в историю первого практического применения радио в ходе операции по спасению рыбаков на оторванной льдине 24 января 1900 г. В мае того же года «Ермак» убыл в Ньюкасл для переоборудования. Получив новую носовую часть, корабль успешно работал в зимнюю навигацию 1901 г. Был поднят вопрос о новой полярной экспедиции. После долгих споров было решено новый поход «Ермака» направить на изучение Новой Земли и её восточной оконечности. В это время вышла книга адмирала, посвященная первому плаванию. Среди адресатов, которым она была отправлена, был и старший брат адмирала Яков Осипович. По его мнению, плавание было ужасным, о чём он и написал Степану Осиповичу.