Но и экспедиция с ограниченными целями не принесла успеха. Ледовая обстановка в этом году была исключительно тяжёлой. 8 июля в 60 милях к западу от Северной Сульменевой губы ледокол был зажат льдами и попал в ловушку, в которой пробыл до 6 августа. Только изменение ветра позволило вырваться из западни. В дальнейшем ледокол совершил два плавания к берегам Земли Франца-Иосифа и успешно выполнил своё задание по съёмке западных берегов Новой Земли.
Во время ледовой стоянки совершались выходы на лёд с научными целями. Среди одного из таких походов адмиралу представилась возможность продемонстрировать своё хладнокровие и личную смелость. Будучи в плавании на ледоколе «Ермак», С.О. Макаров отрицательно относился к охоте на белых медведей, считая её ненужной, но через несколько дней после того как он отругал охотников за ненужную добычу, ему самому пришлось лицом к лицу столкнуться с разъяренным зверем Подпустив его на 5 метров и не потеряв уверенности, Степан Осипович вынул браунинг и уложил медведя выстрелом в голову. Вес того был 20 пудов (больше 320 кг), из него сделали чучело и поставили на входе в кают-компанию ледокола.
Но плавание 1901 г. дало противникам Макарова новые козыри, и царь принял решение ограничить плавание «Ермака» только водами Балтики, а ведение им передать от адмирала Отделу торгового мореплавания. Попытки вновь организовать экспедицию при жизни адмирала успеха не имели. Однако возможности ледокола как исследовательского судна были продемонстрированы. Макаров считал, что путешествия на собаках не могут дать должного эффекта. «Нельзя заниматься наукой в условиях, когда затруднительно даже внести несколько строк в записную книжку и когда все силы надо расходовать на потребности, вызываемые самим передвижением», — говорил он. Но неуспех первых плаваний ледокола привёл к тому, что исследования Арктики продолжались на деревянных судах. Была построена шхуна «Заря», на которой Э. Толль отправился на поиски Земли Санникова и погиб во время санного похода во льдах, подтвердив выводы адмирала. Поэтому исследования арктических вод начинают проводить специально построенными ледокольными судами «Таймыр» и «Вайгач».
Успешной была работа «Ермака» по проводке ледоколом коммерческих судов на Балтике. Оказывал он помощь и аварийным судам в 1908 г, среди которых был и крейсер «Олег». Постоянно росло число судов, проведённых через льды. В навигацию 1907/08 гг. их было 106, а в 1912/13 гг. свыше 200! Продолжает он спасать унесённых в море рыбаков (например, в январе 1911 г.). Летом 1905 г. была предпринята попытка нового поход в Карское море, но у Югорского Шара ледокол ударился о не нанесённый на карту риф и получил пробоину, но сумел сняться с него своими силами, перейти в Ньюкасл на ремонт и вернуться на Балтику.
Особого упоминания заслуживает роль «Ермака» в Ледовом походе Балтийского флота. Только благодаря этому ледоколу были спасены большинство кораблей Балтики, ставших впоследствии основой Советского флота. Макарова критиковали, что задуманный им корабль дорог, но как оценить стоимость спасённых им в 1918 г. военных кораблей? По оценкам, она достигала 500 миллионов золотых рублей! Если бы его не было, то Россия навсегда бы лишилась ВМФ. Кстати, после революции «Ермака» пытались переименовать в «Степана Разина», но это имя не прижилось, а после окончания боевых действий на Балтике ледокол вернулся к своему прямому делу — проводке судов во льдах и при необходимости к спасательным работам. В 1929 г., когда замёрзло всё Балтийское море, ледокол был зафрахтован Германией для оказания помощи более 100 вмёрзшим во льды судам. Пришлось выводить изо льда даже германские ледоколы.
В 1930-х гг. усилия всей Советской страны были обращены на освоение Северного морского пути. В 1934 г. среди ледоколов, действующих в Арктике, появляется и «Ермак». На его борту начинает базироваться небольшой гидросамолёт-амфибия Ш-2. В 1938 г. ледокол понадобился для спасения дрейфующей станции СП-1. Форсированным темпом был завершён ремонт, и ледокол отправился в Гренландское море для спасения И. Папанина и его товарищей. Хотя первыми к льдине подошли «Таймыр» и «Мурман», но в Ленинград полярников доставил «Ермак». Но в Арктике сложилась неблагоприятная ледовая обстановка. В лёд вмёрзли 25 судов, в том числе и ледоколы. Главной силой в спасении пяти вмёрзших в лёд караванов стал «Ермак». С 1 июля ему удалось вывести караваны и 17 судов на чистую воду. В августе удалось пробиться к каравану с ледокольным пароходом «Садко» на широте 82°45', но удаётся вывести лишь два судна из трёх. Имевший повреждения руля «Седов» пришлось оставить на зимовку из-за того, что льдинами обломало вал и винт правой машины «Ермака». В этот день «Ермак» установил рекорд свободного плавания во льдах, достигнув 83º5' северной широты. Ему удалось вывести «Садко» и «Малыгина» из ледовою плена, несмотря на аварию левой линии вала.