15 мая новый начальник Генштаба А. М. Василевский, сменивший вечером 11 мая 1942 года Б. М. Шапошникова, приказывает — «Керчь не сдавать, организовать оборону по типу Севастополя». Но было уже поздно.
Ни выехавший по приказу Ставки в район расположения штаба Крымского фронта в Керчь главком Северо-Кавказского направления С. М. Буденный, ни представитель Ставки ВГК Л. З. Мехлис уже не могли положительно повлиять на развивающиеся по трагическому сценарию события.
В Крымской трагедии было безвозвратно потеряно около 250 тысяч советских солдат и командиров, что составляло 65 % всего личного состава войск фронта. Со слов генерала, военного контрразведчика Н. К. Мозгова, Петр Иванович Ивашутин рассказывал ему о нескольких неприятных встречах с Мехлисом в Крыму.
«Как армейцев, так и военных контрразведчиков возмущало то, — говорил Ивашутин, — что Мехлис во время пребывания на посту представителя Ставки ВГК занимался тем, что искал среди командиров разных степеней шпионов, вредителей и предателей, в отношении которых организовывал бессудные расстрелы.
Была информация, что нередко и сам нажимал на курок. Офицеры роптали, что Мехлис по ночам пишет доносы на командиров и отправляет их в Москву — Сталину.
По его пасквилю был снят с должности начальник штаба фронта Федор Иванович Толбухин — исключительно порядочный человек, с которым мы встретились позже на Украине. Снят был за то, что посчитал, что идея Мехлиса неподготовленного наступления будет чревата тяжкими последствиями. Так оно и вышло, но он уже доложил Сталину. Не обладая военной подготовкой, он постоянно встревал, вмешивался в действия командующего и других военачальников…
После провала операции, чувствуя и свою вину в этом, казалось, он искал смерти, разъезжая на „газике“ по передовой…
Я видел его измазанным, пыльным, почерневшим во время провала операции. Вот такой образ оставлен им в моей памяти…»
Но Мехлису не суждено было погибнуть от пули или осколка и тем самым разделить судьбу многих из тех, чьи жизни были ему доверены зимой 1942 года, как бы самому Льву Захаровичу этого ни хотелось. В памяти людской он навсегда останется зловещей, а не героической фигурой и одним из главных виновником катастрофы Крымского фронта в мае 1942 года.
В ночь на 20 мая на корабли под огнем минометов и пулеметов погрузились последние подразделения, прикрывавшие эвакуацию остатков войск Крымского фронта на Таманском полуострове.
Директивой Ставки Крымский фронт и Северо-Западное направление были ликвидированы. Остатки войск направились на формирование нового Северо-Кавказского фронта. Его командующим назначили маршала С. М. Буденного.
После разгрома немцами в мае 1942 года Крымского фронта Мехлис всю вину и ответственность за поражение возложил на командиров и командующего генерал-лейтенанта Козлова Д. Т. По существу он дистанцировался от неудач фронта.
Сталин по этому поводу направил шифротелеграмму Мехлису, в которой подверг его поведение резкой критике. В частности, в этом грозном рескрипте он писал: «Вы держитесь странной позиции постороннего наблюдателя, не отвечающего за дело Крымфронта. Эта позиция очень удобна, но она насквозь гнилая. На Крымском фронте вы — не посторонний наблюдатель, а ответственный представитель Ставки, отвечающий за все успехи и неуспехи фронта и обязанный исправлять на месте ошибки командования.
Вы вместе с командованием отвечаете за то, что левый фланг фронта оказался из рук вон слабым. Если „вся обстановка показывала, что с утра противник будет наступать“, а вы не приняли всех мер к организации отпора, ограничившись пассивной критикой, то тем хуже для вас. Значит, вы еще не поняли, что вы посланы на Крымфронт не в качестве Госконтроля, а как ответственный представитель Ставки. Вы требуете, чтобы мы заменили Козлова кем-то вроде Гинденбурга. Но вы не можете не знать, что у нас нет в резерве Гинденбургов. Дела у вас в Крыму несложные, и вы могли бы сами справиться с ними.
Если бы вы использовали штурмовую авиацию не на побочные дела, против танков и живой силы противника, противник не прорвал бы фронта, и танки не прошли бы. Не нужно быть Гинденбургом, чтобы понять эту простую вещь, сидя два месяца на Крымфронте.
И. Сталин».
После разгрома немцами Крымского фронта Мехлис был снят с постов заместителя Наркома обороны и начальника Главного Политического управления Красной Армии и понижен в звании на две ступени до корпусного комиссара.