Задачи и направления оперативной деятельности данного подразделения ничем не отличались от функций предшественника. Согласно проекту, в связи с реформой силовых ведомств Л. П. Берия и В. Н. Меркулов должны были представить свои предложения о назначении руководящего состава по НКВД СССР и НКГБ СССР.
Как видно из документов, проект не прошел. Поэтому к 4 апреля В. Н. Меркулов подготовил его новый вариант за № 340/Б с объяснительной запиской, направленной на утверждение в Государственный Комитет Обороны (ГКО) И. В. Сталину.
В этом варианте проекта определенные ранее задачи и наименование нового управления военной контрразведки не изменялись. Дополнительно предлагалось в управлении СМЕРИНШа усилить технические отделы и создать новые подразделения с функциями по работе в тылу противника. По-видимому, последнее обстоятельство с учетом наличия отдельного зафронтового управления в составе НКГБ не позволило Верховному Главнокомандующему согласиться с очередными предложениями руководства НКВД СССР.
Никаких сведений о дискуссии по поводу реформы органов безопасности, о чем писали некоторые «свидетели» того сложного процесса, не сохранилось, но очевидно, что И. В. Сталин не допустил проволочек и принял решение вернуться к реформе по той же схеме, которая была проведена накануне войны.
Это решение выглядело логичным, так как военная обстановка и оперативная ситуация в 1943 году диктовали необходимость объединения усилий руководства обороной государства и обеспечением безопасности в армии и на флоте. Нужны были перемены и в самих структурах огромного и неповоротливого аппарата НКВД СССР, обеспечивавшего охрану тыла фронта и коммуникаций, курировавшего стратегические стройки, места заключения и располагавшего для этого специальными войсками разного назначения.
13 апреля у И. В. Сталина проходит новое совещание с руководством НКВД СССР в том же составе, а через день нарком обороны приглашает своего будущего заместителя по главку военной контрразведки.
Наконец два руководителя НКВД СССР, В. Н. Меркулов и В. С. Абакумов, представили в ГКО на имя И. В. Сталина для утверждения проекты Постановления ЦК ВКП(б) и СНК СССР об организации Главного управления контрразведки СМЕРШ Наркомата обороны, Управления контрразведки СМЕРШ Наркомата Военно-морского флота и Отдела контрразведки СМЕРШ Наркомата внутренних дел СССР, а также Положения о ГУКР СМЕРШ НКО СССР и его органах на местах. Причем СМЕРШ в первом из названных проектов расшифровывался как «Смерть шпионам!».
Наименование СМЕРШ подчеркивало, что во главу всех задач военной контрразведки ставится «бескомпромиссная борьба с подрывной деятельностью иностранных разведслужб против сражающейся Красной Армии».
Эта идея, скорее всего, родилась в недрах ведомства и была одобрена И. В. Сталиным.
18 и 19 апреля он принимает Берия, Меркулова и Абакумова, и вопрос о создании нового органа военной контрразведки был окончательно согласован.
19 апреля 1943 года проект постановления СНК (третий вариант), отработанный в НКВД и согласованный с Верховным Главнокомандующим, был подписан уже без исправлений, за исключением того, что И. В. Сталин утвердил его как глава правительства, а не представитель ГКО.
Согласно постановлению Совнаркома за № 415–138 сс, из ведения НКВД СССР были изъяты Управление особых отделов, в том числе и Морской отдел данного подразделения, на базе которых образовались Главное управление контрразведки (ГУКР) СМЕРШ НКО и Управление контрразведки СМЕРШ НК ВМФ. Одновременно в системе НКВД СССР на базе 6-го отдела Управления особых отделов был организован Отдел контрразведки СМЕРШ НКВД СССР, который обеспечивал безопасность учреждений и войск Наркомата внутренних дел.
Контрразведка СМЕРШ НКО СССР, по сути, решала те же задачи, что и бывшее УОО НКВД СССР. Они были конкретизированы в соответствующих пунктах постановления:
— борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии;
— принятие через командование необходимых оперативных и иных мер «к созданию на фронтах условий, исключающих возможность безнаказанного прохода агентуры противника через линию фронта с тем, чтобы сделать линию фронта непроницаемой для шпионских и антисоветских элементов»;
— борьба с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях армии, с дезертирством и членовредительством на фронтах, проверка военнослужащих и других лиц, бывших в плену и окружении противника, а также «выполнение специальных заданий народного комиссара обороны».