В действительности церковников привлекало сюда множество богатых и свободных земель, важные торговые пути. Что касается обороны крепости, то основной боевой силой здесь были стрельцы, переселенные из Москвы вместе со своими семьями Иваном Грозным, и местное население.
Печорская крепость сыграла значительную роль во время Ливонской войны (1558 - 1583 годы). Первое боевое крещение крепость получила в 1581 году, когда многочисленная армия польского короля Стефана Батория осаждала древний Псков. Все попытки овладеть городом оставались безуспешными, а смелые вылазки псковичей изматывали силы осаждающих. Помимо всего в лагере противника начал ощущаться недостаток продовольствия, теплой одежды, боеприпасов. Задержка жалованья раздражала наемных солдат.
Для подъема боевого духа войск и пополнения иссякших запасов продовольствия и боеприпасов Бато-рий приказал своим наемникам осадить и взять Изборск и Печорскую крепость, чьи гарнизоны в тылу неприятеля мешали снабжению королевской армии.
5 ноября 1581 года польское войско, окружив Печорскую крепость с восточной и южной сторон, сразу же начало бить из трех пушек по одной из крепостных стен. На другой день противнику удалось пробить стену и подвести сюда свои войска.
Защитники крепости под предводительством воеводы Юрия Нечаева мужественно оборонялись. Потеряв много убитыми и ранеными, враг был вынужден отступить. В этом сражении были взяты в плен Кранс-бек, Кетлер и другие польские военачальники.
Баторий, узнав о поражении своих войск под Печорами, решил послать туда новый отряд с четырьмя пушками под командованием опытного военачальника венгра Борнемиссы. Король предупредил его, что если крепость не будет взята, то обратно отряду лучше не возвращаться.
Борнемисса, прибыв к Печорской крепости, прежде всего разделил свой отряд на две части: венгров с четырьмя пушками поставил на новом месте, а немцев, которые были при первой осаде, с тремя пушками оставил на прежнем месте. Теперь крепостную стену начали бить в двух местах, чтобы дезорганизовать защитников и ослабить их сопротивление.
После двухдневной стрельбы из пушек северо-западная стена была пробита до самой земли. Немцы и венгры начали штурмовать крепость одновременно с двух сторон, рассчитывая, что защитники не смогут выдержать такого натиска. Битва продолжалась более пяти часов, но крепость устояла.
14 ноября противник предпринял новый штурм участка стены, прилегающей к Никольской башне. Некоторым солдатам противника удалось даже забраться на башню. С другой стороны крепости осаждающие пытались выломать железные ворота. Но защитники сражались стойко. Им помогали женщины, старики и дети, заряжая ружья и пищали, обливая врагов кипятком. Войска Батория не выдержали такого отчаянного сопротивления и, оставив убитых, с позором бежали от крепости.
Не сумев штурмом взять Печорскую крепость, противник решил овладеть ею путем продолжительной осады. Но все было напрасно. Мужественные защитники крепости с честью выполнили свой долг. Двухмесячная осада закончилась позором для врага.
Что касается Изборска, то он оказался во власти Батория. Хотя в летописях об этом ничего не говорится, но в мирном договоре 1582 года Изборск упоминается среди других городов, захваченных Бато-рием и подлежащих возвращению России.
За время своей военной истории Печорская крепость только один раз была в руках врага. Это произошло в 1592 году. Внезапно напавшие шведы захватили крепость, сожгли в ней все деревянные постройки и разграбили монастырь. Но уже через сутки неприятель был выбит из крепости.
Начало XVII века было тяжелым временем для Руси. Между русскими феодалами шла ожесточенная борьба за московский престол. Вокруг Москвы полыхало пламя крестьянской войны. Этим и воспользовались враги.
С 1611 по 1655 год Печорская крепость вела почти непрерывную оборону против войск польских, литовских и шведских захватчиков, каждый раз выходя победителем из этих сражений.
В 1611 году начал свои разорительные набеги на Псковскую землю польский авантюрист Лисовский. Отряд под его командованием подошел к Печорской крепости, захватил острог [1] и торговые лавки, но был отбит. Поражения Лисовского под Печорами и Изборском ослабили его силы и заставили уйти к литовской границе. Однако еще долго русские города и села страдали от набегов его войск.