Грамоте начала его учить старшая сестра Александра, особенно его любившая; поэтому, когда его отдали в училище, то он уже умел читать и вообще учился хорошо. «В училище, — рассказывал сам батюшка, — меня не наказывали; а один раз учитель велел мне наказать моего меньшего брата Петра, — так мне это было очень трудно и после на душе нехорошо».
Мать всех маленьких детей водила с собой в церковь и дома заставляла молиться вместе с нею. По рассказам самого старца, он с малого детства любил бывать в церкви, где он даже пел на клиросе. «Помню, как бывало мать будила меня, чтобы идти к утрени и обедни, а мне не хочется рано вставать с постели; но делать нечего, надо было вставать. За то в церкви и после весь день так было мне хорошо и весело на душе!»
Потом ещё опять рассказывал: «Дома тоже мать заставляла меня читать акафист Спасителю или Божией Матери. Иногда, бывало, стоишь, молишься, а в окно увидишь: ведут медведя по улице, шум, народу много, и страшно так станет, и ещё усерднее начнёшь молиться». При этом иногда его спрашивали посетители: неужели им, детям, не хотелось подойти к окну и поглазеть на диковинку? «Нет, этого нельзя было, — у нас мать строгая была», — говорил он.
Иван с детства был болезненный, золотушный; отчего на одно ухо всегда плохо слышал и был близорук. Кроме того, с ним часто случались разные приключения. Ещё когда он был маленьким, его сестра по нечаянности посадила на очень горячую лежанку. В другой раз он сам обварился кипятком. Ещё один мальчик с разбегу сбил Ивана с ног; вследствии чего он откусил себе кончик языка. От природы он был очень резвым и весёлым ребёнком.
Его сестра, впоследствии монахиня, рассказывала, что маленький Ваня был очень ласковым ребёнком. Своей нежной и чуткой душой он как-то умел чувствовать чужое горе; между тем как прирождённая скромность и застенчивость не позволяли ему высказываться. Так он, бывало, когда заметит, что кто-либо из домашних ходит скучный, то всё будет тереться молча около этого человека, всё будет прижиматься и ласкаться.
Отец всегда говорил про него: «Из этого мальчика выйдет что-нибудь особенное». А надо заметить, что о ком из своих детей Ефим Емельянович говорил что-нибудь, то после сбывалось в точности. Между прочим он выражал и тогда желание, чтобы кто-нибудь из его детей пошел в монашество. И вот первая откликнулась на его желание дочь его Александра (впоследствии монахиня Леонида), а за нею после, в своё время, и сын Иоанн. Законоучитель Вани, очень хорошей жизни протоиерей, с другой стороны, тоже говорил про мальчика: «Вот посмотрите, из него выйдет что-нибудь необыкновенное». Так с самого раннего детства все замечали на нём особую печать благоволения Божия.
В четыре годика Ваня лишился своего доброго отца, который умер внезапно. Но и под крылышком нежно любящей матери малюткам жилось хорошо.
Когда Ване было 8 лет, он, играя однажды с товарищами, вдруг изменился в лице, поднял голову и руки к верху и тут же упал без чувств. Его принесли домой и уложили; когда он пришел в себя, то его стали спрашивать, что с ним случилось? Мальчик сказал, что он увидал на воздухе Царицу. «Да почему же ты думаешь, что видел Царицу?» — спросили у него. «Потому что на ней была корона с крестиком», — отвечал он. «Ну, а почему же ты упал?» — снова спросили у него. На это он, потупив глазки, тихо сказал: «Около неё было такое солнце… я не знаю, не знаю, как сказать!» — добавил он быстро и заплакал.
Дивное видение это оставило глубокие следы в душе 8-ми летнего ребёнка. Он с тех пор совсем изменился, сделался тих, задумчив и стал уклоняться от детских игр, находясь неотлучно при матери; взгляд его кротких глаз сделался ещё глубже, и в его детском сердечке загорелась живая вера и любовь к Царице Небесной.
Вскоре после этого в их селе случился большой пожар, а они незадолго перешли в новый, только что отстроенный дом. Ребёнок видел испуг домашних и сам понимал опасность. Не зная к кому обратиться за помощью, он стал протягивать ручки к находившийся вблизи их дома церкви, во имя Покрова Пресвятой Богородицы и кричать: «Царица Небесная! Оставь нам наш домик, ведь он совсем новенький!» Детская молитва эта была услышана, — всё кругом сгорело, а дом Литовкиных остался цел.
Старший брат Иоанна Семён был к этому времени уже женат, и сестра Анна вышла замуж; а через два года мать отвезла свою дочь Александру в Борисовскую пустынь и там, поручив её Царице Небесной, оставила. Все домашние были очень опечалены отъездом кроткой и любящей девушки, но Ваня больше всех скорбел и плакал о разлуке с любимой сестрой.