Принимал о. Иосиф в той же келье, где и покойный старец; исповедовал сидя на том же месте — на кровати, где покойный батюшка по нездоровью всегда занимался полулёжа. У изголовья теперь стоял большой портрет старца Амвросия, очень верно изображенный. Вся эта обстановка много говорила душе. К тому же старец Иосиф и по смирению и по своей любви к отцу Амвросию, никогда ничего не говорил от себя, а всегда ссылался на пример из жизни своего наставника. Сам он сильно скучал без старца и любил вспоминать о нём; и нередко эти дорогие воспоминания обрывались на полуслове… «Всё прошло и всё проходит», — заканчивал о. Иосиф с глубоким вздохом, и тихая грусть светилась в его кротких очах… Очень характерен его ответ на слова одной духовной дочери, что мол, столько скорбей выпало на его долю. Старец Иосиф сказал: «Какие скорби при Батюшке? Я их тогда не чувствовал, а вот теперь…», — и он от волнения не докончил.
Первым и самым тяжелым бременем легла на старца Иосифа, конечно, осиротелая Шамординская обитель. Неустроенная, необеспеченная, она пережила тяжелое время. Много было тогда волнений, смущений и прочего, и много испытал и видел о. Иосиф скорбей из-за неё. Но всё он победил своим терпением и смирением. Враг рода человеческого делал своё дело, и многие духовные люди обнаружили свою немощь человеческую, но о. Иосиф один остался неуязвимым и невозмутимым. Он при помощи Божией сумел остаться в хороших, искренних отношениях со всеми, кто прямо или косвенно показывал ему своё недружелюбие и никогда ни о ком из них не обмолвился ни одним словом, и, в конце концов, заставил всех признать его превосходство духовное и внушить к себе одно уважение.
При жизни старца Амвросия о. Иосиф не принимал никакого участия в делах Шамордина; но по кончине его, как сказано было выше, он почувствовал такую жалость к этой обители, какой и сам не ожидал, как говорил впоследствии. Он принял, так сказать, на свои руки это детище батюшки о. Амвросия. Настоятельница обители, верная и преданная ученица о. Амвросия, с глубоким расположением стала теперь во всех делах монастырских советоваться со старцем Иосифом, и по-прежнему в обители ничего не делалось без воли старца и его благословения. Лишенная зрения, игуменья Ефросиния единственную поддержку и утешение находила в старце Иосифе, и ему одному поверяла всё, что ложилось на её душу тяжёлым бременем. Удивительный пример отношения к старцу являла собой эта настоятельница: сама духовная старица, опытная и мудрая, ровесница по летам и 8-ю годами старше о. Иосифа по монашеству, она глубоко смирялась перед ним, как пред указанным Богом старцем. Она часто ездила к нему, ещё чаще писала (несмотря на свою слепоту, она писала старцу всегда сама по подложенной линейке), и постоянно в каждом деле призывала его молитвенную помощь наравне с драгоценным именем батюшки Амвросия.
Вскоре о. Иосиф и официально был утверждён духовником Шамординских сестёр наравне с скитоначальником старцем о. Анатолием, и потому два раза в год — Петровским и Успенским постами — приезжал в Шамордино для исповеди духовных детей старца Амвросия, перешедших теперь к нему (а в зимнее время сёстры ездили к нему).
Для скорбных сестёр приезды эти служили большой радостью. Его встречали и провожали, как покойного батюшку Амвросия. Такою же тесною толпой окружали они его, также сопровождали во время осмотра монастыря и также нежно и усердно заботились о покое того, кто с такою любовью принял на себя все тяжелые заботы о них. Батюшка Иосиф сделался для них вторым отцом: их нужды, их скорби были для него своими, их душевное спасение — дорого.
В Шамордине он никогда почти не оставался ночевать, сколько его ни упрашивали. «Нет, — говорил он, — хоть и поздно, а как-то приятно ехать по той дороге, по которой ездил батюшка и аз с ним». Сколько любви к старцу и глубокой грусти по нём скрывалось в этих словах!