У некоторых народов Сибири, наверное уже в древности, когда возникали недолговечные племенные союзы, княжества или государства, шаманство не раз возвышалось до уровня официального культа. Так, возможно, что шаманство было государственным культом в державе древних тюрков. Но с распадом непрочных политических объединений религиозная жизнь вновь возвращалась к прежним формам.
Самостоятельный процесс преобразований в шаманстве у многих народов нашей страны был прерван мировыми религиями — исламом, буддизмом, христианством. Эти религии имели хорошо налаженную организацию духовенства и пользовались поддержкой властей. Все они стремились покончить с шаманством.
Ислам был занесен арабами в Среднюю Азию в VIII в. и окончательно утвердился вскоре после завоевания края полчищами Чингисхана. У нас нет исторических источников, которые описывали бы борьбу ислама с шаманством, но сам дух мусульманского средневекового фанатизма позволяет предполагать, что искоренение язычества проводилось с непримиримой целеустремленностью. Так, еще в конце XIX в. в Каракалпакии настроенные духовенством верующие забрасывали камнями шаманов, одетых в женское платье.
Калмыки приняли ламаизм в XVI в. Как отголосок борьбы с шаманством дошел до нас закон, принятый калмыцкими феодалами в 1640 г.: „Кто пригласит к себе шамана или шаманку, то с пригласившего человека взять его лошадь и с прибывшей шаманки взять ее лошадь; буде кто увидит и не возьмет (по лошади у них), то и с того взять лошадь”. К бурятам ламаизм стал проникать из Монголии в XVII в. Ламаистское духовенство с помощью властей разрушало древние капища, устраивало гонения на шаманов. „Бедные шаманисты всюду были преследуемы. Ни леса, ни горы не укрывали их от мести лам, целыми стадами рыскавших по всему Забайкалью и даже в окрестностях Иркутска”.
Борьбу с шаманством вела и православная церковь, с XVII–XVIII вв. начавшая активно внедрять христианство в жизнь коренных народов европейского Севера и Сибири. Лишь к концу XIX в. в миссионерской деятельности наступил перелом — получила признание мысль, что надо добиваться сознательного усвоения христианской веры „инородцами”. Но в самом начале в способах не стеснялись. Было и насильственное крещение, и разрушение почитаемых мест, и прямое преследование тех, кто сохранял свою прежнюю религию, — в первую очередь шаманов. Одной из причин восстания ненцев и хантов в 1841 г. было недовольство насильственной христианизацией.
Натиск миссионеров, равно как и разрушение традиционного быта, нанесли тяжелый удар по древнему культу. Наблюдатели прошлого века говорят о повсеместном упадке шаманства. Само коренное население было убеждено, что сила шаманов убывает и они не могут делать того, что делали прежние шаманы. Однако шаманство, тесно связанное с привычными верованиями и всем бытовым укладом, продолжало жить. Шаманы „инородцев” порой пользовались популярностью и у русских. Известны случаи, когда за помощью к шаманам обращались даже священники.
При этом шаманство не могло избежать влияния мировых религий. Чем прочнее утверждались новые религии в жизни народа, тем сильнее было это влияние.
В Средней Азии и Казахстане шаманство приняло мусульманский облик. Противоречия между муллами и шаманами оставались, но это была уже профессиональная конкуренция, а не столкновение разных идеологий. Своим мировоззрением шаманы не отличались от прочих правоверных мусульман. Шаманы, начиная обряд, обращались сначала к Аллаху, к различным мусульманским святым и лишь потом — к своим духам-помощникам, которые считались разновидностью джиннов, столько раз упомянутых в священной книге ислама — Коране.
Узбекские шаманы начинали камлание пением таких фраз:
Бисмилла — это сокращенная мусульманская формула „бисмиллахи-р-рахмани-р-рахим” — „во имя Аллаха, милостивого, милосердного”. Ее положено произносить перед началом любого дела. Похожими фразами начинали свое обрядовое песнопение и шаманы других среднеазиатских народов.