Турецкий флот постепенно приходил в замешательство. К исходу дня его боевая линия оказалась разбитой. Корабли неприятеля вновь обратились в бегство, но теперь уже беспорядочное. Выходя из боя, они разворачивались и уходили в разные стороны, при этом попадая под особо страшные продольные залпы русской артиллерии. Пример в бегстве с места сражения подал новенький, впервые вышедший в море 74-пушечный корабль «Капитание», на котором имел свой флаг Саит-бей. Турки были подавлены храбростью русских моряков, невиданной до того тактикой ведения морского боя адмирала Ушак-паши.
Стремясь полностью разгромить турецкую эскадру, адмирал Ушаков приказал поднять сигнал «Гнать неприятеля», а сам стал преследовать флагманский корабль турок. Султанский флот уходил в ночь, против обыкновения не зажигая на судах огни. На это султанские капитаны пошли в страхе погони, стараясь как можно быстрее слиться с темнотой. Им повезло: усилившийся ветер поднял волну.
После 22 часов адмирал Ушаков приказал ставить корабли на якорь, а мелким судам укрыться у близкого берега. Когда полностью стемнело, он велел зажечь фонари, чтобы при ветре корабли не разбрелись кто куда. Экипажи получили команду отдыхать. Однако огонь фонарей собрал ночью к месту якорной стоянки русских кораблей блуждавших в море турок. Наш 44-пушечный фрегат «Амвросий Медиоланский» оказался в окружении почти десятка турецких кораблей. Русский флот стоял в ночи не дальше, чем на ружейный выстрел от крайних турецких фрегатов. Когда же заалел рассвет, с флагманского султанского корабля увидели опасное соседство. Грохнула сигнальная пушка и флот капудан-паши Хусейна вновь обратился в бегство. Ему опять повезло – турецкие корабли оказались под ветром.
Русские продолжали преследовать противника. Османский флот, потеряв всякое управление, в крайнем беспорядке рассыпался по морю, помышляя только о своем спасении. Но не всем турецким кораблям удалось уйти от настойчивого преследования Ушакова.
Еще до полудня 29 августа удалось окружить флагманский корабль «Капитание» и 66-пушечный корабль «Мелеки-Бахри» («Владыка морей»). Последний сдался 46-пушечному «Иоанну Богослову», после залпа которого турки замахали в знак сдачи в плен белыми тряпками. Трофей оказался неплохим: корабль был недавней постройки и мало пострадал в бою. После ремонта он вошел в состав Черноморского флота под названием «Иоанн Предтеча». Лучший же турецкий корабль «Капитание» захватить не удалось. Он шел к мелководью у Кинбургской косы – адмирал Саит-бей все еще надеялся, что капудан-паша придет ему на помощь. На своем флагмане Ушаков поднимает флажный сигнал: «Стараться взять корабль в плен». Русские корабли в конце концов окружили получивший сильные разрушения от артиллерийского огня и заметно потерявший ход «Капитание». Однако турки упорно продолжали отстреливаться. Тогда подошедший линкор «Рождество Христово» дал залп одним бортом, в короткое время сбил на турецком флагмане все три мачты, и, уступив место следовавшему за ним «Святому Георгию», прошел несколько вперед, развернулся и снова стал бортом против носа турецкого корабля, готовясь произвести еще один залп. Но в это время неприятель сдался.
В своем донесении Ф. Ф. Ушаков так писал об этом бое: «Люди неприятельского корабля, выбежав все наверх, на бак и на борта и поднимая руки кверху, кричали на мой корабль и просили пощады и своего спасения. Заметя оное, данным сигналом приказал я бой прекратить и послать вооруженные шлюпки для спасения командира и служителей, ибо во время бою храбрость и отчаянность турецкого адмирала Саит-бея были столь беспредельны, что он не сдавал своего корабля до тех пор, пока не был весь разбит до крайности, заливался водою, все три мачты сбиты долой по палубу, и густой дым, от влепившегося в корму его брандскугеля, начал показываться так, что до распространения пожара передовые шлюпки едва успели взять только упомянутого адмирала Саит-бея, капитана корабля «Капитание» Мегмет-Тарке-Заим-Мустафу-Агу и 18 человек чиновников, другие же шлюпки, за объятием корабля огнем, пристать не могли и при скрепчавшем ветре и нашедшем шквале с поспешностью удалились на другие суда, после чего оный корабль в непродолжительном времени взорвало на воздух».
Интересно, что своим спасением адмирал Саит-бей был обязан пленным русским матросам, находившимся на его корабле, и которые, увидев турецкого адмирала в опасности, успели, сквозь дым и пламя, вынести его на верхнюю палубу и закричали уже отвалившим русским шлюпкам, чтобы они возвратились для принятия почетного пленника. Так пленные русские матросы пленили турецкого адмирала.