Однако Наполеону ежедневно ставил препятствия невежественный штаб, всячески пытавшийся отвлечь его от выполнения принятого советом плана и требовавший то направить пушки совсем в противоположную сторону, то обстреливать бесцельно форты, то сделать попытку забросить несколько снарядов в город, чтобы сжечь пару домов. Однажды главнокомандующий привел его на высоту между фортом Мальбоске и фортами Руж и Блан, предлагая расположить здесь батарею, которая сможет обстреливать их одновременно. Тщетно пытался начальник артиллерии объяснить ему, что осаждающий получит преимущество над осажденным, если расположит против одного форта три или четыре батареи и возьмет его, таким образом, под перекрестный огонь. Он доказывал, что поспешно оборудованные батареи с простыми земляными укрытиями не могут бороться против тщательно сооруженных батарей, имеющих долговременные укрытия, и, наконец, что эта батарея, расположенная между тремя фортами, будет разрушена в четверть часа и вся прислуга на ней будет перебита. Карто, со всей надменностью невежды, настаивал на своем; но, несмотря на всю строгость воинской дисциплины, это приказание осталось неисполненным, так как оно было неисполнимо.
В другой раз этот генерал приказал построить батарею опять-таки на направлении, противоположном направлению общего плана, притом на площадке перед каменной постройкой, так что не оставалось необходимого пространства для отката орудий, а развалины дома могли обрушиться на прислугу. Снова пришлось ослушаться.
На батареях Горы и Санкюлотов сосредоточилось внимание армии и всего юга Франции. Огонь с них велся ужасный. Несколько английских шлюпов было потоплено. С нескольких фрегатов были сбиты мачты. Четыре линейных корабля оказались настолько сильно поврежденными, что пришлось ввести их в док для починки. Главнокомандующий же, воспользовавшись моментом, когда начальник артиллерии отлучился на 24 часа для посещения марсельского арсенала и ускорения отправки некоторых необходимых предметов, приказал эвакуировать эту батарею под предлогом, что на ней гибло много канониров. В 9 часов вечера, когда вернулся Наполеон, эвакуация батареи уже началась. Опять пришлось неповиноваться. В Марселе была одна старая кулеврина, давно служившая предметом любопытства. Штаб армии решил, что сдача Тулона зависит только от этой пушки, что она обладает чудесными свойствами и стреляет по меньшей мере на два лье. Начальник артиллерии убедился, что эта пушка, к тому же чрезвычайно тяжелая, вся перержавела и не может нести службы. Однако пришлось затратить немало сил и средств, извлекая и устанавливая эту рухлядь, из которой сделали лишь несколько выстрелов.
Раздраженный и утомленный этими противоречивыми распоряжениями, Наполеон письменно попросил главнокомандующего ознакомить его с общими предначертаниями, предоставив ему исполнение их в деталях по вверенному ему роду оружия. Карто ответил, что согласно плану, принятому им окончательно, начальнику артиллерии надлежит обстреливать Тулон в продолжение трех дней, после чего главнокомандующий атакует крепость тремя колоннами. По поводу этого странного ответа Наполеон написал доклад народному представителю Гаспарену, изложив все то, что следовало предпринять для овладения городом, то есть повторив сказанное им на военном совете. Гаспарен был умным человеком. Наполеон очень уважал его и многим был обязан ему в течение осады. Гаспарен отослал переданный план с нарочным в Париж, и оттуда с тем же курьером было привезено приказание, чтобы Карто тотчас же покинул осадную армию и отправился в Альпийскую. На его место был назначен генерал Доппе, командовавший армией под Лионом, который был только что взят. Во временное командование вступил генерал Лапуап как старший. 15 ноября он расположил свою главную квартиру в Олиуле и за несколько дней командования приобрел уважение войск.
Начальник артиллерии выставил девять пушечных и мортирных батарей; две — наиболее мощные — на двух параллельно расположенных холмах, под названием Катр-Мулен и Саблетт, вдали от форта Мюрграв, для поддержки трех батарей: «Бесстрашные люди», «Патриоты юга» и «Смелые», расположенных в 100 туазах от форта, но не на господствующей высоте. Батареи Брега обстреливали Саблеттский перешеек и Лазаретную бухту. Канонада происходила ежедневно. Ее целью было замедлить работу противника над еще большим усилением Малого Гибралтара. Батареи осаждающих вскоре добились превосходства, и это побудило осажденных сделать вылазку для их уничтожения. Вылазка была произведена 8 ноября против батарей Саблетт и Катр-Мулен. От последней они были оттеснены, но батарея Саблетт была взята и орудия на ней заклепаны.