В Тулоне разнеслась весть, что военный совет решил очистить город. Недоумение и тревога достигли крайних пределов. Жители совсем не заметили взятия Малого Гибралтара. Они знали, что ночью против него велась атака, но не придавали этому никакого значения. В то время, когда они ждали избавления, убаюкивая себя надеждой на скорое прибытие подкреплений — им пришлось начать думать об оставлении своих домов, своей отчизны! — Военный совет распорядился взорвать форты Поме и Ла-Мальг. Форт Поме был взорван в ночь с 17-го на 18-е. Очищение фортов Фарон, Мальбоске, редутов Руж и Блан и Сент-Катрин произошло в ту же ночь. 18-го все эти форты были заняты французами.
17-го перед рассветом, в то время, как шел штурм Малого Гибралтара, Лапуап захватил гору Фарон после довольно горячей схватки и обложил форт. В этом деле отличился Лагарп — полковник Овернского полка, впоследствии дивизионный генерал, убитый в итальянском походе. Положение вещей было настолько неясно, что, когда войска узнали о взрыве форта Поме, распространился слух, будто это произошло в связи со случайным пожаром в пороховом погребе. Владея Мальбоске и другими фортами, окружавшими Тулон, кроме форта Ла-Мальг, где еще находился противник, армия днем 18-го числа придвинулась к валам крепости. Весь день город обстреливался из нескольких мортир.
Англо-испанская эскадра, сумевшая выйти с рейдов, крейсировала за их пределами. Море было покрыто шлюпками и малыми судами противника, направлявшимися к эскадре. Им приходилось двигаться мимо французских батарей; несколько судов и значительное число шлюпок были пущены ко дну.
Вечером 18-го по страшному взрыву узнали об уничтожении главного порохового погреба. В то же мгновение в арсенале показался огонь в четырех — пяти местах, а полчаса спустя весь рейд был объят пламенем. То были подожжены девять французских линейных кораблей и четыре фрегата. На несколько лье кругом горизонт находился как бы в огне; было видно как днем. Зрелище было величественное, но ужасное. Каждую секунду ждали взрыва форта Ла-Мальг, но его гарнизон, боясь быть отрезанным от города, не успел заложить мины. Той же ночью в форт вошли французские стрелки. Тулон был объят ужасом. Большая половина жителей поспешно покинула город. Те, кто остался, забаррикадировались в домах, опасаясь мародеров. Армия осаждающих стояла в боевом порядке на гласисе.
18-го в 10 часов вечера полковник Червони взломал ворота и с патрулем в 200 человек вошел в город. Им был обойден весь Тулон. Повсюду царила величайшая тишина. В порту валялись груды багажа, на погрузку которого у бежавших жителей не хватило времени. Разнесся слух, что подложены фитили для взрыва пороховых погребов. Были посланы дозоры из канониров, чтоб проверить это. Затем вошли в город войска, назначенные для его охраны. В морском арсенале оказался чрезвычайный беспорядок. 800—900 галерных каторжников с величайшим усердием занимались тушением пожара. Ими была оказана громадная услуга; они противодействовали английскому офицеру Сиднею Смиту, которому был поручен поджог судов и арсенала. Этот офицер очень плохо исполнил свою обязанность, и республика должна быть ему признательна за те весьма ценные предметы, которые сохранились в арсенале. Наполеон отправился туда с канонирами и оказавшимися в наличии рабочими. В течение нескольких дней ему удалось потушить пожар и сохранить арсенал. Потери, которые понес флот, были значительны, но имелись еще огромные запасы. Были спасены все пороховые погреба, за исключением главного. Во время изменнической сдачи Тулона там находился 31 военный корабль. Четыре из них были использованы для перевозки 5000 матросов в Брест и Рошфор, девять были сожжены союзниками на рейде, а тринадцать оставлены разоруженными в доках. С собой союзниками было уведено четыре, из которых один сгорел в Ливорно. Боялись, как бы союзники не взорвали док и его дамбы, но на это у них не хватило времени. Тринадцать кораблей и фрегатов, сгоревших на рейде, образовали ряд заграждений. В течение восьми или десяти лет производились попытки их удалить, и, наконец, неаполитанским водолазам удалось это исполнить при помощи распиливания остовов, удаляя их кусок за куском. Армия вошла в город 19-го. Семьдесят два часа она находилась под ружьем, в дождь и слякоть. В городе ею было произведено много беспорядков как бы с разрешения начальства, надававшего солдатам обещаний во время осады. Главнокомандующий восстановил порядок, объявив все имущество Тулона собственностью армии и приказал снести все в центральные склады как из частных складов, так и из покинутых домов. Впоследствии республика конфисковала все это, выдав в награду каждому офицеру и солдату годовой оклад жалованья.