Эмиграция из Тулона была весьма значительной. Неаполитанские, английские и испанские корабли были переполнены. Это вынудило их бросить якорь на Иерском рейде и расположить беглецов биваком на островах Поркероль и Левант. Говорят, что их насчитывалось около 14 000 человек.
Дюгоммье отдал приказ не снимать белого знамени с фортов и бастионов рейда, что ввело в заблуждение многие военные корабли и коммерческие суда, подвозившие припасы для противника. В течение месяца после взятия города не проходило ни одного дня, чтобы не захватывались обильно нагруженные суда. Один английский фрегат уже было причалил к Большой башне. Он вез несколько миллионов денег. Его сочли уже захваченным и два морских офицера на ботике подплыли к нему, взошли на палубу и заявили капитану, что фрегат в качестве приза находится в их власти. Капитан посадил в трюм обоих смельчаков, перерезал причальные канаты и сумел выбраться без больших повреждений. В конце декабря, вечером, около 8 часов, начальник артиллерии, находясь на набережной, заметил подходившую английскую шлюпку. Офицер, сойдя с нее, спросил, где квартира адмирала лорда Худа. Он оказался капитаном прекрасного брига, пришедшего с депешами и с вестью о прибытии подкреплений. Судно было взято и депеши прочтены.
Народные представители, по законам того времени, учредили революционный трибунал; но все виновные бежали вместе с неприятелем; те же, кто решился остаться, чувствовали себя невиновными. Однако трибунал арестовал несколько человек, случайно не успевших уйти с неприятелем, и казнил их в наказание за совершенные ими злодеяния. Но восьми — десяти жертв было мало. Прибегли к ужасному средству, характеризующему дух той эпохи: было объявлено, что всем, кто при англичанах работал в арсенале, надлежит собраться на Марсово поле для записи фамилий. Дали понять, что это делается с целью принять их вновь на службу. Почти 200 человек старших рабочих, конторщиков и других мелких служащих поверили этому и явились; их фамилии были записаны и тем было удостоверено, что они сохраняли свои места при англичанах. Тотчас же на том же поле революционный трибунал присудил всех их к смерти. Батальон санкюлотов и марсельцев, вызванный туда, расстрелял их. Подобный поступок не нуждается в комментариях. Но это была единственная массовая казнь. Неверно, что кого бы то ни было расстреливали картечью. Начальник артиллерии и канониры регулярной армии не стали бы в этом участвовать. В Лионе эти ужасы совершили канониры революционной армии. Декретом Конвента Тулонскому порту было дано новое название — «порт Гора» — и было приказано разрушить все общественные здания, за исключением признанных необходимыми для флота и гражданского управления. Этот сумасбродный декрет начал приводиться в исполнение, но с большой медлительностью. Было разрушено лишь пять или шесть домов, через некоторое время снова восстановленных.
Английская эскадра простояла на Иерском рейде месяц или полтора. В Тулоне не было ни одной мортиры, которая могла бы стрелять больше чем на 1500 туазов, а эскадра стояла на якоре в 2400 туазах от берега. Если бы в то время в Тулоне было несколько мортир системы Вилантруа или таких, какими стали пользоваться впоследствии, эскадра не смогла бы стоять на рейде. В конце концов, взорвав форты Поркероль и Портро, неприятель ушел на рейд Порто-Феррайо, где высадил значительную часть тулонских эмигрантов.
Весть о взятии Тулона в тот момент, когда этого менее всего ожидали, произвела огромное впечатление на Францию и на всю Европу. 25 декабря Конвент устроил национальный праздник. Взятие Тулона послужило сигналом для успехов, ознаменовавших кампанию 1794 г. Несколько времени спустя Рейнская армия овладела Вейссембургскими линиями и сняла блокаду с Ландау. Дюгоммье с частью войск отправился в Восточные Пиренеи, где Доппе делал одни только глупости. Другая часть этих войск была послана в Вандею. Большое число батальонов вернулось в Итальянскую армию. Дюгоммье отдал приказ Наполеону следовать за ним; но из Парижа были получены другие распоряжения, возлагавшие на него обязанность заняться сперва перевооружением средиземноморского побережья, в особенности Тулона, а затем отправиться в Итальянскую армию в качестве начальника артиллерии.