Эрцгерцог, узнав 26 июня о переправе через Рейн у Келя, выступил во главе 24 батальонов и 29 эскадронов на поддержку своей Верхне-рейнской армии, оставив для наблюдения за Журданом 36 000 человек под начальством Вартенслебена и 26 000 человек в гехтсгеймском укрепленном лагере для прикрытия Майнца. Он соединился с генералом Латур за р. Альб, и у него под командованием оказалось 44 батальона и 80 эскадронов, а именно: на его левом фланге, в горах, под командованием генерала Кайма, 18 батальонов и 19 эскадронов; в центре, перед Эттлингеном, 13 батальонов и 28 эскадронов; на правом фланге, под командованием генерала Латура, 10 батальонов и 29 эскадронов и три батальона с четырьмя эскадронами в наблюдательных отрядах.
С такими значительными силами он предполагал атаковать 10-го французскую армию и сбросить ее в Рейн. Но генерал Моро упредил его. 9-го Сен-Сир форсировал Ротенсоль, разбил Кайма, отбросил саксонцев на Неккар. Эрцгерцог, узнав об этом, приказал двинуть свой центр и правый фланг против Дезэ. Дезэ в деревне Мальш сдержал эрцгерцога. Он проявил много отваги, продержался большую часть дня и лишь вечером отошел на другую позицию, немного позади. Такое энергичное сопротивление озадачило неприятеля, который, опасаясь, что его отрежет генерал Сен-Сир, уже дошедший до Нейенбурга, начал 10-го отступление на Пфорцгейм, выделив десять батальонов на пополнение гарнизонов Филиппсбурга и Мангейма. На следующий день он продолжал свой путь на Штутгарт, где переправился через р. Неккар, преследуемый генералом Сен-Сиром. Со своей стороны генерал Ферино овладел биберахской позицией на Кинциге, перешел через Шварцвальд и прибыл в Виллинген. Противник совершенно очистил всю местность между Рейном и Шварцвальдом. В городах Шварцвальда были поставлены французские гарнизоны.
Как только в главной квартире Самбро-маасской армии узнали, что Рейнская армия произвела переправу через Рейн, генерал Клебер 29 июня выступил из Дюссельдорфа. Ему была придана дивизия Гренье, переправившаяся через Рейн в Кельне. В Лимбурге у него был бой, и 8 июля он переправился через Лан. Главнокомандующий Журдан с остальной армией присоединился к нему на нейвидском мосту, оттеснил генерала Вартенслебена, имея небольшие авангардные стычки, и переправился через Лан тремя колоннами по трем мостам: гиссенскому, вецларскому и лейнскому. В Фридберге, после ожесточенного боя, противник был им разбит, и 12-го Журдан переправился через Нидду, вышел на равнины Майна, занял позицию перед Франкфуртом и заключил с Вартенслебеном перемирие на несколько дней для переговоров о сдаче Франкфурта, открывшего свои ворота. Но это дало время противнику выиграть два перехода и уйти на Верхний Майн. Франкфурт был хорошо вооружен, обильно снабжен боевыми и съестными припасами. Форт Кенигсштейн, расположенный в одном переходе от Франкфурта на большом кельнском шоссе, сдался 21 июля. В нем находились 93 пушки и 600 человек гарнизона.
Журдан, получив инструкцию правительства, оставил Марсо перед крепостями с 30 000 человек, а сам только с шестью дивизиями, в составе 50 000 человек, двинулся вперед, вглубь Германии. Он следовал по окраине Тюрингенских гор, окаймляющих Саксонию, и таким образом удалялся от Дуная. 21 июля его авангард вступил в Швейнфурт, а главная квартира прибыла туда 26-го. Вюрцбург и его цитадель, занятые 3000 человек князя-епископа, капитулировали 24-го, и гарнизон сложил оружие. Форт Кенигсгофен капитулировал 3 августа. Генерал Вартенслебен с 31 000 человек отступил на Бамберг, не оказывая сопротивления. Самбро-маасская армия последовала за ним, переправилась через Регниц в Бамберге и разбила его в бою у Форхгейма 6 августа. Эго вынудило его отступить за р. Вильс. Французская главная квартира 11 августа расположилась в Лауфе. Форт Ротенберг, лежащий на шоссе из Байрейта в Амберг, капитулировал. В нем оказалось 43 орудия. 15 августа французы двинулись на Зульцбах и Амберг. Целый день им пришлось вести бой. Четыре дивизии были введены в дело. Противник очистил свои позиции на Вильсе и отступил за р. Наб у Шварценфельда, все больше удаляясь от армии эрцгерцога. 19-го французская армия была уже по ту сторону Вильса. Генерал Бернадотт был откомандирован в Неймаркт, на шоссе из Регенсбурга в Нюренберг, в 10 лье от Регенсбурга: две французские армии овладели левым берегом Дуная, и их можно было рассматривать как соединившиеся. 20-го главнокомандующий с пятью дивизиями двинулся на Наб. На вольферингенских высотах противник выдержал жаркий бой, но ночью очистил их.