Юрий Николаевич не прожил на родине и трех лет, в 1960 г. он умирает еще нестарым от разрыва сердца.
Дандарон продолжает намеченные исследования. В сотрудничестве с ламами — консультантами он разбирает и систематизирует тибетский фонд БИОНа — один из богатейших подобных фондов не только в СССР, но и в мире. Появляются первые публикации, посвященные описанию собраний фонда и отдельным авторам. В начале 60–х идет кропотливая работа по подготовке тибетского словаря.
К этому времени словарь Якоба Шмидта, изданный в 1839 г. стал библиографической редкостью и был слишком узок по содержанию для предстоящей научной работы. Словарь Ю. Н. Рериха существовал в черновике и охватывал только начало алфавитного списка слов. Поэтому Дандарону и Б. В. Семичову в план научной работы среди других тем была поставлена задача подготовить к изданию краткий тибетско — русский словарь. Основная часть работы выпала на долю Бидии Дандаровича. Он расписал на карточки толковый тибетско — тибетский — китайский словарь "Шойдаг", ставший основой нового словаря. Роль Б. В. Семичова при этом была оригинальна — как старший по должности он отвечал перед партийным начальством не только за научное качество издания, но и за его идеологичскую выдержанность. И Семичов помимо филологической проверки словаря, спасая издание от запрета, вынужден был изъять из словника многие буддийские термины. На последнем этапе работы к изданию в качестве главного редактора был подключен московский тибетолог Юрий Михайлович Парфионович. В 1963 г. в Москве словарь был издан мизерным тиражом в 2500 экземпляров, в синем переплете. Его так и называли сокращенно: "Синий словарь", или "Словарь
Дандарона". Создатели словаря потом много смеялись по поводу досадного и удивительного промаха — в словаре был пропущен важнейший глагол yod — есть. На долгие годы вплоть до 1987 г., когда вышел последний, десятый, том словаря Ю. Н. Рериха, словарь Дандарона был главным пособием для его учеников и начинающих буддологов. В 1996 г., когда буддизм был уже широко распространен по всей территории России, словарь переиздали в количестве 1000 экземпляров в кармапинском издательстве "Алмаз".
Пока шла кропотливая работа со словарем, выходят первые научные публикации: в 1960 г. — брошюра "Описание тибетских рукописей и ксилографов", статья "Тибетский фонд нашего института", в 1962 году — краткое описание "Источника мудрецов". Полный перечень опубликованных и неопубликованных работ, а также сочинений, переводов и редакций, предназначенных только для практикующих и отдельно ряд работ только для учеников можно прочесть в разделе "Список работ Б. Д. Дандарона" настоящей публикации
В 1964 г. писатель Балдан Санжин предложил Дандарону написать повесть об истории присоединения Бурятии к России. Поскольку недавно реабилитированного человека не допускали к изданиям художественного типа, Санжин предложил Бидии Дандаровичу соавторство. Отдельные главы были написаны в основном Дандароном. Как правило, Бидия Дандарович приходил к Балдану Санаиевичу домой, садился в кресло и начинал без всякой подготовки и каких‑либо предварительных записей рассказ, а Санжин тут же печатал на машинке. Дар рассказчика и импровизатора проявился вполне: повесть была написана сходу, без каких‑либо в дальнейшем переделок. Назвали её "За великой правдой".
Однажды младшая дочь Бидии Дандаровича Сэржима, пораженная красочностью рассказов отца о буддийских подвижниках, спросила его: "Папа, откуда ты всё это знаешь?" — "А я там был", — последовал ответ (1971 г.). Тогда же одна из дочерей пришла в кабинет отца и спросила: "Мы пишем сочинение о любимом писателе, а у тебя кто любимый писатель?" — "Цзонхава", — ответил он.
В 1965 г. представилась командировка в Москву. Остановиться было негде. Константин Михайлович Черемисов попросил А. М. Пятигорского принять Бидию Дандаровича у себя. Именно там, у Александра Моисеевича Пятигорского, познакомилась с Дандароном Октябрина Федоровна Волкова, буддолог и санскритолог. Ее поразила скромность и царственное благородство рослого бурята; "как принц", — резюмировала она первое впечатление от встречи с Дандароном.