В том же году в соответствии с постановлением коллегии НКЮ СССР Михаил Давидович направляется на работу в Ленинград, где в марте 1946 г. назначается заведующим кафедрой уголовного права Ленинградского государственного университета, которую возглавляет в течение 17 лет. Под руководством М. Д. Шаргородского кафедра вскоре становится одним из ведущих научных коллективов в области уголовного и исправительно-трудового права. Под редакцией М. Д. Шаргородского и с его участием выходят несколько учебников по Общей и Особенной частям уголовного права. В 1962 г. кафедра выпускает первый Комментарий к Уголовному кодексу РСФСР 1960 г. В 1968 г. выходит первый том пятитомного Курса советского уголовного права, завершенного изданием уже после смерти М. Д. Шаргородского. Этот фундаментальный труд и по сей день остается настольной книгой для отечественных криминалистов, поскольку представляет собой наиболее полное и глубокое изложение научных идей по различным проблемам уголовного права.
У М. Д. Шаргородского учились и под его руководством защитили кандидатские диссертации 45 человек, многие из них впоследствии стали докторами наук. Учениками М. Д. Шаргородского были такие известные ученые, как Н. А. Беляев, А. С. Горелик, М. С. Гринберг, П. С. Дагель, М. Е. Ефимов, И. И. Карпец, Н. С. Лейкина, В. С. Прохоров, В. В. Орехов, В. Г. Смирнов и другие. Мне также посчастливилось в 1960–1963 гг. учиться под руководством М. Д. Шаргородского.
Как научного руководителя Михаила Давидовича отличали исключительная порядочность и доброжелательность, готовность оказать всяческую поддержку своим ученикам и коллегам. Он никогда не навязывал своего мнения, предоставляя ученикам полную творческую самостоятельность, не стеснялся признать подчас правоту оппонентов в научном споре. Нас всегда восхищала его интеллигентность и огромная эрудиция, вежливость и деликатность, умение вести дискуссию и отстаивать свое мнение при максимальной корректности и уважительности по отношению к противоположной позиции и к ее сторонникам. При всей своей внешней мягкости он был глубоко принципиальным человеком и ученым, сумевшим даже в сложное время оставаться образцом чести и благородства, быть верным своим убеждениям.
Однако вернемся во вторую половину 40-х годов, оказавшуюся весьма плодотворной в научной деятельности М. Д. Шаргородского. В 1947 г. в «Ученых трудах Всесоюзного института юридических наук» была опубликована большая статья «Причинная связь в уголовном праве», в которой отчетливо проявился научный стиль ученого: глубокое философское обоснование предлагаемых решений, обращение к трудам предшественников, использование зарубежных источников, материалов практики. В итоге исследования автор пришел к следующим выводам: «1. Причинность, как и субъективная вина, является необходимым элементом для установления ответственности. 2. Существует реальная, объективная, находящаяся вне разума человека причинная связь. 3. Никакой разницы между причинами и условиями нет, однако не все причины равноценны. 4. Вопрос о случайности должен решаться как об объективной категории, и в случаях объективной случайности исключается ответственность за результат. 5. Для уголовно-правовой ответственности, отвлекаясь от остальных причин, нужно изучать только те, которые, вызывая результат, связаны с ним виною субъекта». В последующих работах ученый не раз будет возвращаться к проблеме причинной связи в уголовном праве, развивая и уточняя свою позицию.
В том же году выходит фундаментальная монография М. Д. Шаргородского «Преступления против жизни и здоровья» (32 п. л.), которую автор посвятил памяти отца, расстрелянного фашистами в 1941 г. в Одессе. Книга написана в лучших традициях дореволюционных российских криминалистов. Этот труд энциклопедичен: использованы законодательные источники, начиная от Талмуда и Корана, законов Хаммурапи и Ману, Дигест Юстиниана вплоть до действовавших в тот период уголовных кодексов Дании, Кубы, Китая, Франции, Италии, Швейцарии, Турции, Ирана, Японии и других зарубежных стран; статистические данные о преступлениях против жизни и здоровья в США, Швейцарии, Чехословакии, Германии, Франции, Италии, Болгарии, Венгрии, Греции, Швеции, Голландии, Финляндии, Новой Зеландии; 245 литературных источников, включая 78 изданий на немецком, французском и английском языках.